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研载生物科技
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肿瘤SNPs统计分析
肿瘤SNPs统计分析
1 分析目的
统计分析肿瘤样本中的体细胞单核苷酸变异(SNPs)信息,对比肿瘤vs正常,挖掘肿瘤样本中的SNPs分布以及基因的突变频率
2 数据来源
UCSC Xena 数据库中的肿瘤体细胞突变数据集
3 分析方法
对下载数据区分SNPs和small INDELs,首先分析整体上不同类型SNPs的分布趋势(直方图),然后细分不同染色体的SNPs的分布,研究肿瘤的SNPs分布是否与某一特定染色体相关;挑选关键的部分基因,研究其突变频率的特点
4 交付文件
(1)所有样本SNP的信息、基因发生变异的频率信息(Excel)
(2)SNPs分布趋势图;基因突变频率分布图
5分析结果示例图


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文献和实验为什么要做血管生成实验? 血管生长是肿瘤发生的关键步骤。无论原发性肿瘤还是继发性肿瘤,一旦生长直径超过1~2mm,都会有血管生成,这是由于肿瘤细胞自身可分泌多种生长因子,诱导血管生成。 由于肿瘤组织这种新生血管结构及功能异常,且血管基质不完善,这种 微血管容易发生渗漏,因此肿瘤细胞不需经过复杂的侵袭过程而直接穿透到血管内进入血流并在远隔部位形成转移。越来越多的研究表明,良性肿瘤血管生成稀少,血管生长缓慢;而大多数恶性肿瘤的血管生成密集且生长迅速,因此,血管生成在肿瘤的发展转移过程中起到重要作用
在利用人类和实验动物等个体生物评估药物时,测量值会受年龄和生长环境等各种因素的影响,因而很难对来自多个样本的数据进行统计分析。 类器官和细胞球等三维细胞培养模型,可近似模拟器官或组织的体内结构和功能,并可在体外大规模培养。因此,使用这些模型的统计分析结果是高度可再现的。由于三维细胞培养模型能够再现肿瘤中的细胞异质性,所以三维细胞成像分析有助于药物的评估。 利用三维细胞成像分析评估药效的工作流程可分为以下三个阶段(图1): 制备、培养和处理三维细胞培养模型 采集细胞图像 进行统计分析
了 Brangwynne 和 Hyman 教授 2009 年发表在Science 上的文章,发现 Brangwynne 博士清楚地拍到了线虫单细胞胚胎中 P granule的流动过程,在此基础上,测量其颗粒追踪/表面张力/黏度等参数,统计分析了线虫 germ cell 发育过程中 P granule 在 A-P 轴的运动趋势和颗粒大小,既有视频有数据,证明了体内大分子物质存在相变的现象[26-28]。 图 1. 秀丽线虫单细胞胚胎中 GFP:PGL-1 定位特征 细胞内液液相分离(LLPS)自 2009 年











