非模式生物基因功能注释

第一代测序平台Sanger得到的是EST， 第二代高通量测序平台Roche 454, Hiseq 2000, Ion Torrent, 得到短中片段序列（75bp-800bp）， 通常需要组装成EST甚至全长转录本,我们需要对EST进行基因注释才能了解序列包含的功能信息。

1. Blast 同源比对:Blastx进行同源基因比对， 选择的数据库通常是NCBI 非冗余的蛋白质数据库和Uniprot蛋白质数据库。如果客户测序的物种，在数据库中存在相近的模式生物， 那么直接将EST序列比对到该模式生物。
2. GO注释:EST进行GO功能归类， 下载GO数据库， 针对GO数据库中的每个GO节点包含的EST数目。
3. KEGG KO和Pathway注释:KO是KEGG Ortholog， 跨物种的同源基因家族，将EST赋予KO注释， 从而得到KEGG Pathway注释。
4. COG/KOG注释:COG是 KOG 通过Uniprot的注释结果， 得到COG和KOG的注释功能归类。
5. 基因相互关系网络注释：利用STRINGS蛋白质相互关系网络， 根据COG/KOG与COG/KOG相互作用得到EST与EST相关关系网络。利用GO与GO的调控关系， 构建EST与EST相关关系网络。利用KO与KO的调控关系， 构建EST与EST相关关系网络。 如果客户只关系某几个Pathway(代谢，发育等)，我们可以将所关注的 Pathways整合成一个网络。如果客户测序的物种， 在数据库中存在相近的模式生物， 那么直接将EST序列比对到该模式生物， 构建模式生物的基因网络图。