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- 2025年12月31日
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上海英拜
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非模式生物基因功能注释
- Blast 同源比对:Blastx进行同源基因比对， 选择的数据库通常是NCBI 非冗余的蛋白质数据库和Uniprot蛋白质数据库。如果客户测序的物种，在数据库中存在相近的模式生物， 那么直接将EST序列比对到该模式生物。
- GO注释:EST进行GO功能归类， 下载GO数据库， 针对GO数据库中的每个GO节点包含的EST数目。
- KEGG KO和Pathway注释:KO是KEGG Ortholog， 跨物种的同源基因家族，将EST赋予KO注释， 从而得到KEGG Pathway注释。
- COG/KOG注释:COG是 KOG 通过Uniprot的注释结果， 得到COG和KOG的注释功能归类。
- 基因相互关系网络注释：利用STRINGS蛋白质相互关系网络， 根据COG/KOG与COG/KOG相互作用得到EST与EST相关关系网络。利用GO与GO的调控关系， 构建EST与EST相关关系网络。利用KO与KO的调控关系， 构建EST与EST相关关系网络。 如果客户只关系某几个Pathway(代谢，发育等)，我们可以将所关注的 Pathways整合成一个网络。如果客户测序的物种， 在数据库中存在相近的模式生物， 那么直接将EST序列比对到该模式生物， 构建模式生物的基因网络图。
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文献和实验外周 T 细胞免疫调节亲合力模式与自我非我辨别 自我非我辨别(self non-self discrimination)和控制免疫 反应的类型、强度及其范围(controlling the magnitude and classofimmune responses)，是免疫系统用以控制对任何一种可能的外界抗原发生有效的免疫反应，却不损伤自身组织和器官的两种同等重要的调节途径。为确保免疫系统的最佳功能状态，两者既彼此关联，又相互区别。免疫相关疾病的发生和发展往往是由于这两个
有效提高非模式生物蛋白质组鉴定的新策略 ——逐次修正基因组法
物种基因组的差异大约在5%左右的情况并正确输出研究物种的参考蛋白质组。在二级质谱鉴定中，利用修正后的蛋白质数据库能够显著的提高蛋白和肽段的鉴定效率。新策略大幅度提高了非模式生物功能蛋白质组的分析。 （本课题相关测序服务由上海伯豪生物技术有限公司提供）。 原文出处：Wu XH, Xu LN, Gu W, Xu Q, He QY, Sun XS , Zhang G. Iterative Genome Correction Largely Improves Proteomic
Nature：2000 年前的 8 坨粪便，揭示肠道微生物进化与慢性病发展间的联系
的相似度显著高于工业化样本。 具体来说，拟杆菌门和疣微菌门在工业化样本中较古粪便和非工业化样本更为富集。不过，与古粪便相比，工业样本中的厚壁菌门、变形菌门和螺旋体明显较少。同样地，物种级别的主成分分析也表明，古粪便样本与非工业化样本具有明显的相似性，与工业化样本则有明显的区别。 图片来源：Nature 上述的分析结果是基于参考微生物基因组数据库进行的，而这些数据库的原始数据大多来自工业化样本，而古粪便样本在数据库中所占的比例很低。因此，为了发现那些无法通过参考方法识别的微生物物种，他们对古粪便
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