- ¥6000
- RNA-Seq de novo 分析服务
- 上海
- 2026年01月13日
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- 技术资料
- 服务名称：
RNA-Seq de novo 数据分析服务
- 提供商：
上海英拜生物科技
生物信息分析服务结果报告
1、 原始数据产出统计
2、过滤掉低质量reads后的数据统计
3、高级生物信息分析结果报告
利用Trinity (Version: r2011-08-20) 进行de novo assembly, Trinity参数：--min_kmer_cov 2 -- min_contig_length 100 --run_butterfly。拼接后的转录本，通过PERL脚本去冗余，在同一个component ID的序列中选择最长的一个isoform代表该locus的转录本，得到Unigene集。
3.1、 Unigene长度分布统计
3.2、基因注释
3.3、对Unigene进行蛋白预测
3.4、Unigene的GO功能分类
3.5、Unigene的COG功能分类
3.6、 Unigene表达差异分析
3.7、 GO功能显著性富集分析
3.8、差异表达基因GO功能分类与比较
3.9、Unigene的KEGG信号通路分析
3.10、ko功能显著性富集分析
4、分析方法备注
解压缩文件：
为方便下载，所有文件都在linux下使用“tar –zcvf”压缩后上传，后缀为.tar.gz。这些文件可以用 以下方法解压缩：
Unix/Linux用户: tar -zxvf *.tar.gz
Windows用户: 推荐使用winRAR软件
Mac用户: shell: tar -zxvf *.tar.gz或者推荐使用stuffit expander
注意：本公司生物信息专员具体丰富的数据分析经验，分析过多种物种的RNA-Seq数据。数据分析部经理的RNA-Seq分析文章发表于BMC杂志（第一作者）。
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文献和实验)而不是腺嘌呤(A，黑色)。因此，在随后的数据分析过程中，可以通过T>C突变信息区分已有的RNA和新合成的RNA。 SLAm-seq可对新合成（s4U-标记）的转录本进行定量 用100μM （毒性浓度远低于EC50值）的s4U对小鼠的胚胎干细胞（mESC）进行标记 (图4)。RNA代谢标记24 h后，提取总RNA，并进行烷基化处理以及3 '端mRNA测序(Quant-seq)。Quantseq可对含poly A 结构的RNA生成靠近3’端序列的文库，每个转录本只产生一个文库片段，可对mRNA进行准确
芥菜型油菜种皮转录组De Novo拼接及类黄酮生物合成基因的鉴定
课题组完成的。该研究首次实现芥菜型油菜种皮转录组测序，研究中所获得的基因不仅有利于阐明芥菜型油菜种皮着色的分子机制，且为该物种今后的基因组学研究提供了基础。研究中所涉及的Illumina HiSeq 2000测序服务以及数据分析服务由上海伯豪生物技术有限公司提供。 转录组测序及De Novo拼接：对SY以及NILA的转录组进行测序，在去除接头序列、低质量的序列等后，得到高质量的reads，结果见下表： Figure 2 Overview of the Brassica
Chip-Seq Findpeaks http://vancouvershortr.sourceforge.net RNA-Seq Cufflinks http://cufflinks.cbcb.umd.edu 测定转录本丰度 Tophat http://tophat.cbcb.umd.edu 剪接点定位 De Novo 拼接 Oases http://www
