mRNA转录组测序分析

1 个关键药物，实现小鼠全能干细胞体外捕获和长期维持，北大杜鹏 Cell 报道新技术

来，为了验证动态剪接体变化是否控制着体外全能 / 多能干细胞的转化。他们在小鼠多能 ESCs 中使用合成 siRNA 敲降了属于不同剪接体亚基的 14 个剪接因子，后续的检测结果显示，剪接体的抑制可普遍激活小鼠 ESCs 中的全能基因。 图片来源：Cell 为了进一步验证上述发现，他们对这些细胞进行了全转录组测序分析。正如预期的那样，剪接体抑制通常激活全能性标记，如 ZSCAN4s 和 ZFP365；然而，核心多能性因子的表达，包括 POU5F1, NANOG，SOX2 和 ZFP42 却出现表达降低

SLAM-seq给您的不仅仅是RNA-seq！

其序列和结构影响转录的延伸、暂停和停顿，以及发挥染色体修饰结合和增强子的作用。nascent RNA- seq方法旨在区分新近转录的RNA和其它RNAs，这些方法可以分为4类：溴尿苷(BrU)免疫共沉淀深度测序分析（ BRIC-seq ），4sU-seq，瞬时转录组测序（ TT-seq），代谢标记法（SLAM-seq）(图2)。                                                                                    

Nat Methods 2020 年度技术方法：空间转录组到底是什么，怎么做，怎么用

派」—— 什么是空间转录组？ 品尝一杯果汁，我们可以通过味道判断有橙子、苹果、草莓或者其他类型水果的存在，但我们却无法得知每种水果的具体比例。正如 Nature Methods 在报道中提到的一样：传统的转录组测序就如同制作这样一杯水果冰沙，我们需要把所研究的样本研磨成匀浆。最终得到的是组织细胞中平均的 mRNA 基因表达情况，这种分析会把细胞间的差异屏蔽掉。研究人员无法分辨出某些基因的上调或下调是来自某个细胞亚群还是来自整个细胞群体。随着技术的进步，单细胞测序技术应运而生。该技术最大的革新在于把单个