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- 2025年07月16日
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mRNA
主要研究策略：1.收集癌组织以及癌旁组织，并提取其mRNA；2.将癌旁和癌组织中的mRNA进行对比，筛选两组之间的差异表达基因mRNA；3.通过生物信息学如GO功能分析了解差异基因富集在某种生物学功能、途径以及其定位；KEGG pathway分析差异mRNA其在癌症通路中的相关通路；4.找到mRNA分子作为肿瘤的致癌基因或抑癌基因；5.优点：与临床相结合，科研成果对药物研究如抑制剂的开发具有指导作用，易发文章。
主要分析内容：
- 测序数据过滤以及参考基因组对比；
- 新转录本预测以及差异表达基因检测；
- 差异表达基因维恩图分析、层次聚类分析；
- 差异表达基因GO功能分析、 Pathway功能分析。
技术参数：
- 样本类型：组织、细胞、血液等；
- 测序策略：HiSep PE 150
主要研究策略：
1.探究某miRNA与肿瘤的增殖相关的具体调控机制；
2.寻找在抑制或促进肿瘤细胞凋亡方面发挥作用的miRNA；
3.探究肿瘤的血管形成、肿瘤的转移等肿瘤微环境相关的发生机制；
4.探究某种疾病的能量代谢、免疫等相关机制；
5.寻找与肿瘤基因组不稳定性的相关性等。
主要分析内容：
- 数据产出统计和质量评估；
- reads与参考序列比对；
- 表达丰度统计；
- 表达水平分析；
- 差异表达基因筛选；
- miRNA靶基因预测：
- miRNA靶基因GO富集分析。
1.样本类型：血清、血浆、细胞培养上清、组织等；
2.测序策略：HiSep SE50
LncRNA
主要研究策略：
1.编码蛋白的基因上游启动子区转录，干扰下游基因的表达；
2.抑制RNA聚合酶Ⅱ或介导染色质重构以及组蛋白修饰，影响下游基因（蓝色）的表达；
3.与编码蛋白基因的转录本形成互补双链，干扰mRNA的剪切，形成不同的剪切形式；
4..与编码蛋白基因的转录本形成互补双链，在Dicer酶的作用下产生内源性siRNA；
5.与特定蛋白质结合，lncRNA转录本可调节相应蛋白的活性；
6.作为结构组分与蛋白质形成核酸蛋白质复合体；
7.结合到特定蛋白质上，改变该蛋白质的细胞定位：
8.作为小分子RNA（如miRNA、piRNA）的前体分子。
主要分析内容：
- 数据产出统计和质量评估；
- 序列比对与拼接；
- lncRNA表达丰度统计与表达水平分析；
- 差异性lncRNA的筛选及验证；
- 预测结合的mRNA；
- GO富集及KEGG分析。
1.样本类型：组织、细胞、全血等；
2.测序策略：HiSep PE 150
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文献和实验质的修饰水平 5. 与mRNA配对结合，影响翻译，剪切，mRNA的稳定性(类似miRNA功能) 作用 1. Co-location，也称cis作用 2. Co-expression, 也称trans作用 • LncRNA研究基本技术 1. 芯片或测序寻找新的lncRNA 2. 生物信息学分析 3. lncRNA定位 4. 过表达或敲减功能验证 5. lncRNA互作机制研究 • LncRNA的生物信息学分析 1. 基本处理 Ø
组织中 mRNA，lncRNA 和 miRNA 的表达谱。 之后进行 GO 和 KEGG 途径分析失调的 mRNA 的主要功能。并进行 Kaplan-Meier 存活分析以确定差异表达的 lncRNA / mRNA / miRNA 对总体存活的影响。 随后，本研究构建了一个竞争性内源 RNA（ceRNA）网络，其中包括66 个失调的 lncRNAs，24 个 miRNA 和 55 个 mRNA 。并通过 qRT-PCR 分别在 30 对样品中在 ceRNA 网络中证实了四种失调的 lncRNA，三种异常
标志物，核酸包括 DNA、mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA 等，这些组分参与了细胞的各种代谢以及生理活动的变化。 图二 外泌体组分分布（图片来源于网络） 一、为什么要研究外泌体？ 外泌体是细胞与细胞间通讯中起关键作用的胞外基质成分，广泛参与细胞间物质运输与信息传递，调控细胞生理活动；同时，外泌体具有抗原提呈、免疫逃逸等免疫调节作用和诱导正常细胞转化，促进肿瘤发生及转移的作用；此外，外泌体还可以作为“天然的纳米粒子”来进行药物递送，装载的药物类型包括小分子化学药物、蛋白质和肽、核酸
