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    全转录组测序(mRNA+miRNA+lncRNA)

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    全转录组测序(mRNA+miRNA+lncRNA)

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      mRNA
      主要研究策略:
      1.收集癌组织以及癌旁组织,并提取其mRNA;2.将癌旁和癌组织中的mRNA进行对比,筛选两组之间的差异表达基因mRNA;3.通过生物信息学如GO功能分析了解差异基因富集在某种生物学功能、途径以及其定位;KEGG pathway分析差异mRNA其在癌症通路中的相关通路;4.找到mRNA分子作为肿瘤的致癌基因或抑癌基因;5.优点:与临床相结合,科研成果对药物研究如抑制剂的开发具有指导作用,易发文章。


      主要分析内容:
      1. 测序数据过滤以及参考基因组对比;
      2. 新转录本预测以及差异表达基因检测;
      3. 差异表达基因维恩图分析、层次聚类分析;
      4. 差异表达基因GO功能分析、 Pathway功能分析。

      技术参数:
      1. 样本类型:组织、细胞、血液等;
      2. 测序策略:HiSep PE 150


       
      miRNA
      主要研究策略:
      1.探究某miRNA与肿瘤的增殖相关的具体调控机制;
      2.寻找在抑制或促进肿瘤细胞凋亡方面发挥作用的miRNA;
      3.探究肿瘤的血管形成、肿瘤的转移等肿瘤微环境相关的发生机制;
      4.探究某种疾病的能量代谢、免疫等相关机制;
      5.寻找与肿瘤基因组不稳定性的相关性等。


      主要分析内容:
      1. 数据产出统计和质量评估;
      2. reads与参考序列比对;
      3. 表达丰度统计;
      4. 表达水平分析;
      5. 差异表达基因筛选;
      6. miRNA靶基因预测:
      7. miRNA靶基因GO富集分析。
      技术参数:
      1.样本类型:血清、血浆、细胞培养上清、组织等;
      2.测序策略:HiSep SE50



      LncRNA
      主要研究策略:
      1.编码蛋白的基因上游启动子区转录,干扰下游基因的表达;
      2.抑制RNA聚合酶Ⅱ或介导染色质重构以及组蛋白修饰,影响下游基因(蓝色)的表达;
      3.与编码蛋白基因的转录本形成互补双链,干扰mRNA的剪切,形成不同的剪切形式;
      4..与编码蛋白基因的转录本形成互补双链,在Dicer酶的作用下产生内源性siRNA;
      5.与特定蛋白质结合,lncRNA转录本可调节相应蛋白的活性;
      6.作为结构组分与蛋白质形成核酸蛋白质复合体;
      7.结合到特定蛋白质上,改变该蛋白质的细胞定位:
      8.作为小分子RNA(如miRNA、piRNA)的前体分子。


      主要分析内容:
      1. 数据产出统计和质量评估;
      2. 序列比对与拼接;
      3. lncRNA表达丰度统计与表达水平分析;
      4. 差异性lncRNA的筛选及验证;
      5. 预测结合的mRNA;
      6. GO富集及KEGG分析。
      技术参数:
      1.样本类型:组织、细胞、全血等;
      2.测序策略:HiSep PE 150





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