ChIP-seq测序/circRNA测序/转录组测序

ChIP-seq测序/circRNA测序/转录组测序

ChIP-seq测序
ChIP-seq采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后，分离与其结合的基因组DNA片段，并通过高通量测序，在全基因组范围内寻找目的蛋白特异结合的DNA位点，且可基于多个样品进行差异比较分析及特异蛋白结合位点的序列偏好性分析。
ChIP-seq优势：
用于在全基因组范围中研究蛋白特异结合的DNA片段，组蛋白修饰和表观遗传修饰的技术，研究这三个主题有助于洞悉蛋白对基因表达的调控以及染色体的功能结构。具有“覆盖全，周期快，分析科学”的优势，已广泛应用于人、小鼠、酵母、水稻、拟南芥等物种的研究。
ChIP-seq操作步骤：
1、研究对象的选取；
2、提取DNA样本，DNA量≥20ng;
3、ChIP-seq文库构建；
4、PE150测序（10-20Mb）;
5、信息分析，通过对IP下来的合格DNA样本，建库测序，获得高质量reads，根据SCC曲线判断IP效果，通过motif分析判断IP的特异性以及分析的可信性，高效预测相关基因，进行功能富集分析、预测特异蛋白的功能，组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。
服务周期：
50天
案例分析
案例：雌激素受体结合异常与乳腺癌临床试验的相关性研究
雌激素受体（ER）可与相关基因结合形成复合体并移位到细胞核结合下游基因激活它们转录，为肿瘤生长助力。在许多乳腺患者体内，就是因为该受体影响了基因的功能，从而引发致癌连锁反应。现在常用的他莫昔芬等乳腺癌治疗药物，就是通过阻断雌激素受体对基因的作用而发挥效果。但在不少患者身上，这种药物的效果并不理想。本研究基于高通量平台的染色质免疫共沉淀技术ChIP-seq全基因组范围内寻找ER结合位点，从而鉴定雌激素结合模式是否在患者肿瘤中存在差异。 

circRNA测序
环状 RNA（circRNA）是一类特殊的 RNA 分子，也是 RNA 领域的研究热点。与传统的线性 RNA（linear RNA，含 5’和 3’末端）不同，circRNA 分子呈封闭环状结构，不受 RNA 外切酶影响，表达更稳定，不易降解。近几年的研究表明，circRNA 在生物的生长发育、疾病的发生发展、对外界环境的抵御等方面具有重要的调控作用。由于 circRNA 的闭合环状特性，通过去除 total RNA 中的 rRNA 和线性 RNA 分子，可以特异地富集 circRNA 分子后测序，更有针对性地分析受检样本中特定的 circRNA 谱、circRNA 剪接模式、组间差异和分子功能等。
服务特色

• 应用范围广：可以检测几乎任何动植物的 circRNA
• 环状 RNA 全覆盖：高深度覆盖，可以检测到低丰度的 circRNA
• 生物信息学分析：强大的生物信息学团队，提供circRNA 鉴定、circRNA 功能预测、circRNA 分子标志物筛选等深入分析易读性强的数据报告

推荐测序模式

• Hiseq X Ten，PE150   
• 推荐10 Gb/样本

转录组测序
转录组测序是基于HiSeq平台，对待特定组织或者细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序，即可研究已知基因，亦能发掘新基因，全面快速地获得mRNA序列和风度信息。


案例分析
案 例 通过RNAseq技术全面解析乳腺癌组织中的可变剪切形式
乳腺癌组织由特定形式的转录本发挥特殊功能，本研究应用RNAseq技术获得了三种典型乳腺癌组织TNBC、non-TNBC和HER2阳性乳腺癌的转录本信息。该研究发现了新可变剪切形式和可变剪切后的新转录本，进一步研究发现，乳腺癌组织与正常乳腺组织在转录本表达水平和启动子转移水平存在显著差异，并RT-PCR验证CDK4，LARP1 , ADD3和PHLPP2等转录本形式。该研究第一次系统研究了不同亚型乳腺癌组织转录本利用可变剪切形式和转录本特异表达的情况。

威斯腾实验服务流程


威斯腾生物服务项目

分子生物学检测	蛋白质与免疫学	动物实验
实时荧光定量PCR	单克隆抗体制备	帕金森疾病模型
免疫共沉淀（Co-IP）	多克隆抗体制备	抑郁症动物模型
ELISA（酶联免疫吸附法）技术	Western-blot 实验服务	脊髓损伤模型
生化指标检测	蛋白双向电泳实验服务	脑外损伤模型
双荧光素酶报告基因检测	原核蛋白表达纯化	骨神经损伤模型
染色质免疫共沉淀（ChIP）	真核蛋白表达纯化	心肌缺血模型
GST pull Down	ITRAQ定量蛋白质组学	心力衰竭模型
	SLAC蛋白组学	肺动脉高血压动物模型
		高血压模型
病毒包装	实验课题整体外包	粥样动脉硬化模型
过表达/干扰慢病毒包装纯化	整体课题外包	大脑中动脉阻塞模型
过表达/干扰腺病毒包装纯化	细胞整体实验外包	慢性之气管炎模型
逆转录病毒包装纯化	动物整体实验外包	过敏性哮喘模型
腺相关病毒包装纯化		肺炎大鼠模型
		肝炎-肝硬化-肝癌模型
蛋白芯片	原代细胞培养	肝纤维化模型
细胞因子芯片	骨髓间充质干细胞培养	胆结石模型
BioPlex悬浮芯片	脂肪干细胞培养	急性胰腺炎模型
生长因子芯片	心肌成纤维细胞培养	急性肾衰竭模型
炎症因子芯片	软骨细胞培养	体内血栓模型
血管生成因子芯片	血管内皮细胞培养	关节炎模型
凋亡因子芯片	神经元细胞培养	I型和II型糖尿病模型
趋化因子芯片	内皮组细胞原代培养	裸鼠成瘤
HuProt TM 20K人类蛋白组芯片		基因编辑动物
	电生理相关服务	动物整体实验服务
	膜片钳实验
细胞生物学检测	高通量测序	代谢组学
细胞原代培养	mRNA测序	气相色谱GC/MS
MTT检测	LncRNA测序	液相色谱LC/MS
细胞凋亡检测	全基因组测序	核磁共震NMR
细胞周期检测	RNA-Seq测序
细胞克隆形成实验	外显子测序	影像学相关实验
Transwell细胞迁移/侵袭	16s扩增子测序	Micro-CT
流式分选	Small RNA测序	小动物活体成像
CCK8/XTT检测	宏基因组测序	核磁共振
台盼蓝检测细胞活性	单细胞测序	PET-CT
药物筛选细胞学实验	circleRNA测序
细胞粘附性检测	甲基化测序	基因编辑动物
细胞划痕实验		条件性敲除小鼠/大鼠
细胞生物学整体实验		全基因敲除小鼠/大鼠
细胞成管实验
病理检测	CRISPR/Cas9细胞敲除/敲入	基因芯片
扫描电镜	基因定点突变细胞系	LncRNA芯片
透射电镜	单基因敲除细胞系	miRNA芯片
HE染色	多基因敲除细胞系	mRNA芯片
免疫组化	目的基因敲入细胞系	甲基化芯片（限人和小鼠来源样本）
Tunel（原位末端凋亡法）检测	报告基因敲入细胞系	SNP芯片（限人和小鼠来源样本）
激光共聚焦	miRNA/LncRNA敲除细胞系
免疫荧光
Masson染色	CRISPR/Cas9动物敲除/敲入	科研设计指导&文章评估/润色
原位杂交	基因敲除大鼠/小鼠	科研文献论著翻译
荧光原位杂交	基因敲入大鼠/小鼠	论文翻译润色服务
特殊染色（PSA、茜素红、阿尔新蓝等）		临床实验/科研实验设计方案指导
行为学检测	药物筛选服务项目	药效学评价
旷场实验	高通量自动药物筛选平台	抗肿瘤药物药效学评价
重复性刻板行为检测	细胞高内涵药物筛选平台	心血管系统药物药效学评价
动物跑台检测	蛋白质组学靶标研发平台	泌尿系统药物药效学评价
强迫游泳	分子药理研究平台	内分泌系统药物药效学评价
	生物膜片钳药物筛选平台	抗炎免疫药物药效学评价
	常规药物体外筛选

【本平台合作项目】
分子生物学、细胞生物学、病理染色检测、细胞敲除&敲入、模式与转基因动物、SPF动物保种、免疫学检测、影像学检测、原代培养、细胞药筛、CRISPR/Cas9基因编辑、基因芯片、高通量测序、蛋白组学、代谢组学、高通量高内涵筛选、药效学评价、药理毒理学实验、慢病毒包装与稳转株建立、SiRNA与纳米载药、ChIP、CO-IP、生物信息学分析、知识产权服务！