转录组lncRNA 测序（含

mRNA-seq）

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更新日期 2021年11月29日

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lncRNA测序分析
长链非编码RNA（Longnon-coding RNA，LncRNA）是长度大于200个核苷酸的非编码RNA，其在细胞内数量比较多，大约是为mRNA的3-100倍。LncRNA与细胞周期、分化以及个体发育、生殖、性别调控、衰老、疾病等密切相关。LncRNA作用机制多元，一直是研究的热点。

主要研究策略：
可根据以下作用机制进行具体科研分析
1、编码蛋白的基因上游启动子区转录，干扰下游基因的表达；
2、抑制RNA聚合酶II或者介导染色质重构以及组蛋白修饰，影响下游基因（蓝色）的表达；
3、与编码蛋白基因的转录本形成互补双链，干扰mRNA的剪切，形成不同的剪切形式；
4、与编码蛋白基因的转录本形成互补双链，在Dicer酶的作用下产生内源性siRNA;
5、与特定蛋白质结合，lncRNA转录本可调节相应蛋白的活性；
6、作为结构组分与蛋白质形成核酸蛋白质复合体；
7、结合到特定蛋白质上，改变该蛋白质的细胞定位；
8、作为小分子RNA（如miRNA、piRNA）的前体分子。

lncRNA测序分析内容
1、数据产出统计和质量评估；
2、序列比对与拼接；
3、 lncRNA表达丰度统计与表达水平分析；
4、差异性lncRNA的筛选及验证；
5、预测结合的mRNA；
6. GO富集及KEGG分析。

技术参数
1. 样本类型：细胞、全血、组织等。
2. 推荐数据量：12G clean reads
3. 测序策略：HiSeq PE150
RNA测序分析合作研究项目：
案例：从测序到投Nature旗下期刊文章3个月
研究人员培养并工程化改造了牛角膜内皮细胞，使其发生上皮-间质转化，并研究该过程中细胞内各通路的变化，确定其机制，其中最关键的一步就是对样品进行转录组测序。然而因牛育种过程不同使得个体差异大，且注释不完善，属于典型的非模式物种个体，使用传统的算法根本无法对测序数据进行准确的分析。2016年11月初送样到承启生物，使用本公司自主研发的FANSe算法进行高容错mapping，可得到能被实验完美认证的差异表达基因，进而指导进一步的功能验证实验，最终实验顺利获得成功。该研究人员从对测序分析结果出来、所有表型功能实验全部完成、文章写作投稿到接收录用仅用了三个月的时间，可谓快！准！狠！避免了反复实验造成的时间、人力和财力浪费！
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