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    转录组lncRNA 测序(含 mRNA-seq)

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    转录组lncRNA 测序(含 mRNA-seq)

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      lncRNA测序分析
      长链非编码RNALongnon-coding RNALncRNA)是长度大于200个核苷酸的非编码RNA,其在细胞内数量比较多,大约是为mRNA3-100倍。LncRNA与细胞周期、分化以及个体发育、生殖、性别调控、衰老、疾病等密切相关。LncRNA作用机制多元,一直是研究的热点。

      主要研究策略:
      可根据以下作用机制进行具体科研分析
      1、编码蛋白的基因上游启动子区转录,干扰下游基因的表达;
      2、抑制RNA聚合酶II或者介导染色质重构以及组蛋白修饰,影响下游基因(蓝色)的表达;
      3、与编码蛋白基因的转录本形成互补双链,干扰mRNA的剪切,形成不同的剪切形式;
      4、与编码蛋白基因的转录本形成互补双链,在Dicer酶的作用下产生内源性siRNA;
      5、与特定蛋白质结合,lncRNA转录本可调节相应蛋白的活性;
      6、作为结构组分与蛋白质形成核酸蛋白质复合体;
      7、结合到特定蛋白质上,改变该蛋白质的细胞定位;
      8、作为小分子RNA(如miRNApiRNA)的前体分子。

      lncRNA测序分析内容
      1、数据产出统计和质量评估;
      2、序列比对与拼接;
      3lncRNA表达丰度统计与表达水平分析;
      4、差异性lncRNA的筛选及验证;
      5、预测结合的mRNA
      6. 
      GO富集及KEGG分析。

      技术参数
      1. 样本类型:细胞、全血、组织等。
      2. 推荐数据量:12G clean reads
      3. 测序策略:HiSeq PE150

      RNA测序分析合作研究项目:
      案例:从测序到投Nature旗下期刊文章3个月
      研究人员培养并工程化改造了牛角膜内皮细胞,使其发生上皮-间质转化,并研究该过程中细胞内各通路的变化,确定其机制,其中最关键的一步就是对样品进行转录组测序。然而因牛育种过程不同使得个体差异大,且注释不完善,属于典型的非模式物种个体,使用传统的算法根本无法对测序数据进行准确的分析。201611月初送样到承启生物,使用本公司自主研发的FANSe算法进行高容错mapping,可得到能被实验完美认证的差异表达基因,进而指导进一步的功能验证实验,最终实验顺利获得成功。该研究人员从对测序分析结果出来、所有表型功能实验全部完成、文章写作投稿到接收录用仅用了三个月的时间,可谓快!准!狠!避免了反复实验造成的时间、人力和财力浪费!
       

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