恒定场和脉冲场电泳技术的比较
选择合适的电泳技术对于在 NGS 测序中获得成功的下游结果至关重要。实验数据表明，恒定场技术（如安捷伦片段分析仪）和脉冲场技术（如 Agilent Femto Pulse 系统）均可用于测序文库的质量分析。然而，Femto Pulse 系统为 10–20 kb 及以上范围内的高分子量 (HMW) DNA、基因组 DNA (gDNA) 和剪切样品提供了更准确的分子量测定。
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Agilent Femto Pulse 系统为以高准确度分析高分子量 DNA 样品提供了出色的解决方案。利用脉冲场电泳技术，该系统能够为高达 165 kb 的 DNA 样品提供准确的定量和定性分析，这对于评估长读长测序文库的质量以及在长读长 NGS 中预测平均读长至关重要。
与其他基于非变性凝胶的分析仪器相比，Femto Pulse 系统的突出优势是能够为核酸弥散条带和片段提供更出色的灵敏度。这使它能够检测低丰度样品，成为高灵敏度分析 RNA 或 cfDNA 样品的理想仪器。
特性：
- 更宽的分子量测定范围 — 在约 1.5 小时内分离高达 165 kb 的高分子量 DNA 弥散条带和片段。
- 飞克级灵敏度 — 可检测低至 50 fg/µL 的核酸，核酸弥散条带的灵敏度提高至 10 倍，核酸片段的灵敏度提高至 100 倍。
- 精简的工作流程 — 利用自动化毛细管电泳取代脉冲场凝胶电泳，可加快长读长 NGS 文库制备和 BAC 分析。
- 样品前处理简单 — 较少的移液步骤和稳定的试剂，大幅减少样品降解。
- 样品容量大 — 可同时容纳多达三个 96 孔样品盘，能够对多达 288 个样品进行无人值守分离。
- 所需样品量少 — 仅需 2 µL 珍贵样品，能够以优异的灵敏度实现出色的检测。
性能指标：
工作原理：
长读长测序文库的 Agilent Femto Pulse 的分子量测定比较
长读长测序结果可通过文库分子量选择进行优化，排除低于指定阈值的片段。可从 Agilent Femto Pulse 系统生成的电泳图中确认分子量选择成功，并提供弥散条带平均分子量。通过 Oxford Nanopore MinION 测序的进一步验证与 Femto Pulse 报告的弥散条带平均分子量一致，确定了系统对长读长测序文库的分子量测定准确度。
以摩尔数而非质量数显示用于长读长测序的 DNA 数据
当通过质量分析评估高分子量 DNA 样品时，分析软件产生的结果图像往往低估了样品内的较小片段。这种不准确的估计会影响测序预测结果，因为文库中的较小片段相比较大片段会得到优先测序。Femto Pulse 系统使用基于摩尔数的图形化显示和弥散条带分析来准确定量涵盖大分子量范围的片段，改善了对长读长测序长度的预测。
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