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精准医学旨在针对每位患者的个体差异来调整疾病的预防和治疗方法，实现这一目标需要实现精准诊断作为前提。人体在分子水平（蛋白质，RNA，DNA，代谢中间产物）的变化含有大量潜在的诊断信息和治疗靶标，通过组学（比如蛋白组，基因组，代谢组）的方式采集更多的分子证据，可以基于不同分子证据的综合反映来对疾病进行更加精准的判断和治疗。未来从单一生物标记物过度到多重生物标记物（即分子特征），预期可以显著提高诊断的准确性；多种靶向药物的联合治疗也会越来越常见。比如早期诊断，对疾病实现精准的早期诊断将大大的提高疾病的治愈率，提高病人的生活质量，有效降低社会医疗负担。除了早期诊断，生物标志物还可以为医生提供更多可操作的信息，比如实现基于Biomarker证据的最佳治疗方案选择（预测性生物标志物）和疾病进展监测的预后判断（预后生物标志物）。问题是临床样本中包含丰富的信息，我们如何发现这些信息并和临床疾病联系起来？如何选择有效的技术手段进行筛选？
为了更好的筛选Biomarker和治疗靶标，研究开始需要提出定义明确的临床科学问题，比如区分患病和健康人群，比如更加细致的区分疾病发生发展或治疗的某一具体阶段。
二、研究案例思路分析
在临床问题的解决上，大规模的临床样本应用筛选时必经的过程，样本量通常随着研究要求的证据充分性的要求而不断增加。下面我们以国际同行认可的发表在高分学术期刊上的2篇文章来分析如何使用珍贵的临床样本从蛋白水平进行研究思路，解析主要包含4个方面：
案例1（心血管病领域），影响因子18分（文献及图片来源：Circulation. 2018;137:2741–2756. DOI: 10.1161/CIRCULATIONAHA.118.034365）
- 提出明确科学问题
- 针对科学问题如何选择样本
- 采用的技术手段
灵敏度和精度更高的DIA（Data independent acquisition也称为SWATH）进行定量验证。分别比较LAD 和 AA的 FP（纤维斑块） vs NL（正常） 样本蛋白量的变化。样本数量LAD (FP n=15; NL n=30) 和 AA (FP n=9; NL n=18)
- 研究结果
案例2 （肿瘤领域）影响因子13分（文献及图片来源：NATURE COMMUNICATIONS | (2018) 9:1012 | DOI: 10.1038/s41467-018-03121-2 |www.nature.com/naturecommunications）
- 提出明确科学问题
- 针对科学问题如何选择样本
- 采用的技术手段
- 研究结果
三，案例总结
结合以上案例，我们发现研究者提出了明确的临床科学问题，针对所关心的科学问题，都设计了100-200例的临床样本进行筛选，采用蛋白组学的技术（DIA技术，也有深度label free（高成本）技术）进行，最终结果能对疾病进行分类分型，筛选获得biomarker或治疗靶标。不仅仅局限在心血管和肿瘤领域，在其他比如阿尔茨海默等神经系统疾病也开始有研究涉足。
四， 类似研究采用DIA蛋白组学技术为什么是更优的选择？
DIA（data-independent acquisition）蛋白组技术是新一代的蛋白组定量分析筛选检测技术，结合了DDA（data-dependent acquisition）蛋白组定量广度和靶向蛋白组SRM定量精度的优势，能够用于大量生物样本的筛选检测，可重复性更高。DIA蛋白组技术在2015年也被Nature Methods杂志评为前景非常看好的研究技术。
- DIA分析确定的荷质比（m / z）窗口内的所有肽段信息，所以DIA不会损失肽段信号，采集更加完整。（文献来源：Technical advances in proteomics: new developments in data-independent acquisition. F1000Res, 2016. 5.）
- DIA在一级质谱和二级质谱同时定量，所以蛋白定量更加准确。（文献来源：Technical advances in proteomics: new developments in data-independent acquisition. F1000Res, 2016. 5.）
- DIA技术的可重复性更高，可对大量生物样本进行检测；数据记录更加完整，可二次挖掘（文献来源：Mol Cell Proteomics, 2015. 14(5): p. 1400-10.）
4、DIA蛋白组学技术进行大量样本数据采集分析时，单位成本更低。但同时对实验平台整体的质谱仪器硬件设备和分析软件的要求提高。
目前大量临床样本进行蛋白水平的分析在研究上属于未充分探索的领域，也会越来越成为一种研究趋势，所以DIA蛋白组学技术的出现和成熟使大多数实验室从技术和成本上实现该类型的研究成为可能。
凯基因已建立了完善的蛋白质组学技术平台，针对各种临床和生物研究样本，建立了高效可靠的蛋白质组学筛选研究方法和技术体系。2018年吉凯基因与科学服务领域的赛默飞世尔科技签署战略合作协议。共同建立了前沿的蛋白质组和代谢组学研究方法手段，以帮助科学家系统性解决蛋白组研究领域所遇到的复杂问题进行深度研发。
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