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lncRNA测序

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      研载生物

    • 服务名称

      lncRNA测序

    • 规格

    一、服务介绍 
    长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指长度大于200 nt的RNA,位于细胞核内或胞浆中,不参与蛋白质编码功能,以RNA形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平,在生命活动中具有重要作用。
    长链非编码RNA测序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一种使用特定方法降低样本中rRNA 的丰度,对富集到的 RNA进行文库构建,再对高通量测序仪产出的数据进行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性获得样本中几乎全部的lncRNAs信息,对lncRNAs的类别、功能进行全方位的深入分析,从而快速全面准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)相关 lncRNA信息。
    二、测序流程 
    1.总RNA提取
    2.片段化
    3.去除tRNA
    4.连接3’/5’接头
    5.反转录
    6.PCR扩增
    7.文库定量
    8.上机测序
    9.数据质检
    10 生物信息学分析
    三、生物信息学标准化分析
    已知lncRNA鉴定
    计算已知lncRNA表达量及样品间lncRNA表达差异分析
    预测新lncRNA
    计算新lncRNA表达量及样品间新lncRNA表达差异分析
    新lncRNA二级结构预测
    四、样品要求 
    1样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品。
    2样品量:细胞样品请提供至少1×107个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。
    3样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥7。
    4样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
    5样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。
    五、质量承诺
    提供可靠数据和分析结果。
     

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    • 读一文掌握LncRNA研究套路

      质的修饰水平 5. 与mRNA配对结合,影响翻译,剪切,mRNA的稳定性(类似miRNA功能) 作用 1. Co-location,也称cis作用 2. Co-expression, 也称trans作用 • LncRNA研究基本技术 1. 芯片或测序寻找新的lncRNA 2. 生物信息学分析 3. lncRNA定位 4. 过表达或敲减功能验证 5. lncRNA互作机制研究 • LncRNA的生物信息学分析 1. 基本处理 Ø

    • lncRNA研究策略与技术

      研究背景: 长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一类不编码蛋白的RNA分子,长度在200 bp以上,起初被认为是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能;近期的研究表明lncRNA具有保守的二级结构,可以与蛋白、DNA和RNA相互作用,参与多种生物学过程的调控,尤其在肿瘤当中发挥了重要的调控角色,如染色质修饰、转录激活和抑制、转录后调解以及作为miRNA的诱导分子干扰基因的表达等。随着高通量测序技术的发展,越来越多的lncRNA被注释

    • 大家好,我是一条佛系的 lncRNA

      了作为一条 RNA 的使命,我这颗静如止水的心也按捺不住了,我也渴望被发掘,我也渴望被研究,我也渴望完成我的使命,让大家深入的了解我。终于,机会来了,一位年轻的科研工作者从众多的 RNA-SEQ 的数据中发现了我们,进行不同时期的实时荧光量 PCR 的检测之后,他决定对我这条期特异性表达的非编码 RNA 进行研究。我终于守得云开见月明,有了被研究的价值。由于我的长度大于 200bp,所以我的主人称我为长链非编码 RNA,简写为 lncRNA。我很喜欢我的名字。然而研究的过程并非一帆风顺。我的主人首先需要

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