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新物种均一化文库测序
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晶能生物
均一化文库测序
简介：均一化cDNA文库是指某一特定组织或细胞的所有表达基因均包含其中，且在cDNA文库中表达基因对应的cDNA的拷贝数相等或接近。构建均一化的cDNA文库的主流方法是基于基因组DNA在拷贝数上具有相对均一化的性质，通过cDNA与基因组DNA饱和杂交而降低在文库中高拷贝存在的cDNA的丰度；均一化处理后文库的高丰度表达 cDNA 是处理前的0.3%～2.5%，基本满足节约筛选的要求。
第一，在经济上具有广泛的应用空间，可以节约大量试验成本。
第二，增加克隆低丰度mRNA的机会，适用于分析各种发育阶段或各种组织的基因表达及突变检测。
第三，与原始丰度的mRNA拷贝数相对应的cDNA探针与均一化的cDNA文库作杂交，可以估计出大多数基因的表达水平及发现一些组织特异的基因。而以往的文库构建，忽略了mRNA丰度的影响。
第四，可以用于遗传图谱的制作和进行大规模的原位杂交，作为优化的文库系统还可以用于大规模的测序或芯片制作等研究。
技术路线
生物信息服务
RNASeq-C01 测序数据质量评估(QC)
RNASeq-C02 转录本的组装和统计
RNASeq-C03 UniGene编码蛋白框（ORF/CDS）预测
RNASeq-C04 UniGene注释（Uniprot、Interprot、Nr、GO、KEGG、COG/KOG等）
RNASeq-C05 微卫星重复序列（SSR）预测分析
其他
样品要求
1）样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。
2）样品量：细胞样品请提供至少1×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。
3）样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥7。
4）样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
5）样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。
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文献和实验文库具有以下4方面的优点：第一，在经济上具有广泛的应用空间，可以节约大量试验成本。第二，增加克隆低丰度 mRNA 的机会，适用于分析各种发育阶段或各种组织的基因表达及突变检测。第三，与原始丰度的 mRNA 拷贝数相对应的 cDNA 探针与均一化的 cDNA 文库作杂交，可以估计出大多数基因的表达水平及发现一些组织特异的基因。而以往的文库构建，忽略了 mRNA 丰度的影响。第四，可以用于遗传图谱的制作和进行大规模的原位杂交，作为优化的文库系统还可以用于大规模的测序。 现在，在构建均一化
的 RNA 样本作为起始材料测序结果会产生强烈的 3' 偏好性。因此，rRNA耗尽或 3' mRNA-Seq 是处理降解 RNA 的首选方法。 2. 文库制备过程中的 Poly(A) 富集 还可以通过在逆转录过程中使用 oligo(dT)在文库制备过程中选择聚腺苷酸化的转录本。通过oligo(dT)进行反转录，cDNA 主要从 mRNA 的 poly(A) 尾部的 3' UTR 开始生成。这消除了通过上述基于磁珠的方法选择poly (A) 的要求。因此，该原理通常用于 3' mRNA-Seq
cherytmmu 大家知道基因芯片是在一定介质上的微阵列，一般一个2x2cm的介质能够点样6000个基因，点上的基因一般是通过PCR扩增而来的，有些点基因的功能甚至是不知道的，那我的疑问是这么多基因是怎么选择的，是通过cDNA文库扩增的吗，还是根据覆盖范围筛选出来的组合，这种基因芯片能够适用不同的物种吗？我想有这方面疑问的肯定有很多人，有做过这方面工作的站友能够给大家讲解这方面的知识吗，谢谢！ ebio66 目前对于新物种
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