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新物种均一化文库测序
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晶能生物
均一化文库测序简介:均一化cDNA文库是指某一特定组织或细胞的所有表达基因均包含其中,且在cDNA文库中表达基因对应的cDNA的拷贝数相等或接近。构建均一化的cDNA文库的主流方法是基于基因组DNA在拷贝数上具有相对均一化的性质,通过cDNA与基因组DNA饱和杂交而降低在文库中高拷贝存在的cDNA的丰度;均一化处理后文库的高丰度表达 cDNA 是处理前的0.3%~2.5%,基本满足节约筛选的要求。
技术路线
生物信息服务RNASeq-C01 测序数据质量评估(QC)RNASeq-C02 转录本的组装和统计RNASeq-C03 UniGene编码蛋白框(ORF/CDS)预测RNASeq-C04 UniGene注释(Uniprot、Interprot、Nr、GO、KEGG、COG/KOG等)RNASeq-C05 微卫星重复序列(SSR)预测分析其他样品要求
1)样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品。2)样品量:细胞样品请提供至少1×107个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。3)样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥7。4)样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。5)样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。
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