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目标区域甲基化测序
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目标区域甲基化测序
简介
Bisulfite（亚硫酸氢盐）处理是表观遗传学研究的经典实验方法，能够将基因组中未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶，通过 PCR 进一步转化成胸腺嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变。目标区域甲基化测序（TargetedRegion Bisulfite Sequencing）使用亚硫酸氢盐处理后测序（Bisulfite Sequencing PCR， BSP），首先将 Bisulfite处理基因组 DNA，然后在目标区域两侧设计 PCR 引物并对目标区域进行扩增，对 PCR 扩增产物进行测序就可以判断目标区域 CpG 位点是否发生甲基化修饰。
全基因组甲基化测序成本相对昂贵，目标区域甲基化测序只需针对感兴趣的区域进行研究，设计一对引物就可同时检测该区域内多个 CpG 位点，不仅大大降低了甲基化研究的成本，还能提高目标区域的测序深度，从而增加检测准确性，获得检测区域的单碱基分辨率的甲基化信息。可用于研究特定 DNA 区域甲基化与特定表型之间的关联，与转录组测序结合还有助于甲基化修饰对基因表达调控机制的研究。
康测技术优势
- 500~1000X 高测序深度，精确计算每个位点 C 的甲基化程度
- 一次检测大量样本
- 高通量，同时检测多个区域多个位点
建库方法 技术流程
分析结果展示
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文献和实验酶的区域性甲基化特异性分析 (ERMA) 酶 的区域性甲基化分析是一种定量区域性CpG甲基化密度研究方法。基因组DNA在亚硫酸氢钠处理后，感兴趣的区域由包含dam位点的引物扩增。扩增后的PCR产物与14 C标记的SAM及dam甲基转移酶温育，作为标准DNA定量的内参照。之后将3 H标记的SAM和M．SssI甲基转移酶温育。在每个检测中使用具有确定甲基化位点细胞系DNA的标准混合物，每个样品的3 H／14 C比值转化为所测序列的甲基化密度百分比。该方法不能
酶的区域性甲基化分析是一种定量区域性CpG甲基化密度研究方法。基因组DNA在亚硫酸氢钠处理后，感兴趣的区域由包含dam位点的引物扩增。扩增后的PCR产物与14 C标记的SAM及dam甲基转移酶温育，作为标准DNA定量的内参照。之后将3 H标记的SAM和M．SssI甲基转移酶温育。在每个检测中使用具有确定甲基化位点细胞系DNA的标准混合物，每个样品的3 H／14 C比值转化为所测序列的甲基化密度百分比。该方法不能确定单独CpG位点的甲基化状况。
第一部分 基因组DNA的提取这一步完全可以购买供细胞或组织使用的DNA提取试剂盒，如果实验室条件成熟，自己配试剂提取完全可以。DNA比较稳定，只要在操作中不要使用暴力，提出的基因组DNA应该是完整的。此步重点在于DNA的纯度，即减少或避免RNA、蛋白的污染很重要。因此在提取过程中需使用蛋白酶K及RNA酶以去除两者。使用两者的细节：1、蛋白酶K可以使用灭菌双蒸水配制成20mg/ml；2、RNA酶必须要配制成不含DNA酶的RNA酶，即在购买市售RNA酶后进行再处理，配制成10mg/ml。否则可能
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