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武汉康测科技有限公司
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ChIP测序 | 核酸-蛋白互作研究
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核酸-蛋白互作研究系列产品:ChIP测序、 RIP测序、 CLIP测序、 MeRIP测序
简介
ChIP-seq是将染色质免疫共沉淀与高通量测序相结合的技术,通过蛋白免疫相互作用,用抗体把和染色质相互作用的蛋白(如组蛋白、转录因子等)沉淀下来,捕捉到细胞内动态的、瞬时的蛋白质与DNA之间的相互作用,从而所获取与其相结合的DNA序列,确定各种转录影响因子以及非组蛋白染色体结合蛋白在染色质上的具体位置。可以一次性得到目的蛋白在整个基因组上的结合分布,得到目的蛋白精确的结合位点以及结合基序等信息,若同时辅以转录组测序,则可以得到目的蛋白对全细胞基因表达的调控模式,大幅提高对目的蛋白的功能认识。
作为国内核酸-蛋白互作研究服务的领跑者,公司已完成1000多项ChIP-seq、RIP-seq、CLIP-seq实验及测序分析服务,包括动物(人、小鼠、大鼠、羊、鸡、斑马鱼等)、植物(水稻、拟南芥、小麦、二穗短柄草、马铃薯、番茄、苹果等)、微生物(大肠杆菌、禾谷镰刀菌等)近50余种物种的CHIP-seq和RIP-seq,其中组蛋白ChIP-seq成功率接近100%,转录因子ChIP-seq成功率超过95%,RIP-seq、CLIP-seq成功率接近95%。
技术优势
- 优化的ChIP实验体系,ChIP建库起始量低至1~30ng DNA;
- 专攻IP(ChIP、RIP、CLIP)的博硕团队,拥有十年丰富的项目经验积累;
- 为客户选择抗体提供辅助指导,并对抗体进行质检、效价分析,提供文章发表质量的IP报告;
- 特有的Peak calling技术;
- 提供个性化的分析报告,可根据客户需要提供关联分析、解析目的蛋白调控机制。
建库方法 技术流程

分析结果展示

A:IP质检结果(input:样品裂解液中目的蛋白检测结果,IP:抗体富集目的蛋白检测结果,IgG:IgG富集目的蛋白结检测果);
B:Reads在基因上下游的分布,结合峰主要位于转录起始位点(TSS)上游区域(ChIP_1/2/3为3个生物学重复);
C:Peak在基因组各功能区的分布;
D:Peak的Motif分析。
本公司是由加州大学圣地亚哥分校(UCSD)、武汉大学、华中农业大学博士团队创建的高新技术企业。截至2017年底,团队核心成员已在Nature、Cell、Molecular Cell、Nat. Struct. Mol. Biol.、Proc Natl Acad Sci USA、Cell Reports等国际期刊发表文章十余篇。公司秉承技术创新、服务至上的核心理念,与多所985/211院校、中国科学院的实验室建立了长期合作关系。
公司研发团队于2017年成功开发出绝对定量转录组(KC-DigitalRNA)、免疫组库(KC-IRQuant)、16S rDNA绝对定量、ctDNA检测(KC-SMP)等4项建库技术,并成功申请发明专利和配套数据分析系统的软件著作权。UID(UMI)绝对定量高通量测序服务平台为广大科研工作者提供转录组(mRNA、lncRNA)/TCR/BCR/ctDNA/肠道微生物多样性等多种绝对定量测序服务。
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文献和实验等将 ChIP 与高通量测序技术结合,发明了 ChIP-seq ,能够在全基因组范围内检测与蛋白相互作用的 DNA 区域。 2017 年 Henikoff 等发布 CUT&RUN 技术,使用微球菌核酸酶(micrococcal nuclease, MNase)进行染色质切割替代 ChIP-seq中的超声打断,使得蛋白-DNA 互作研究从 ChIP-seq 所需的 104 级别降到 100-1000 个细胞。 2019 年 Thomas G Fazzio 教授等发布 uliCUT&RUN
,建议细胞活力大于 90% 以上。经过 PFA 交联过的细胞同样也适用于 CUT&Tag ,但我们不建议使用 PFA 交联的细胞进行实验,因为经过交联的细胞有可能会引起表位覆盖,从而降低数据质量。 3.针对于 Tn5 切割开放染色质区域的特性,CUT&Tag 是否更加适合于开放染色质区域的研究,异染色质上的位点是否适用? CUT&Tag 是 ChIP-seq 的替代技术,主要用于分析全基因组范围内的 DNA-蛋白质相互作用。容易将 ATAC-seq 技术与CUT
浅析染色质免疫沉淀(ChIP)技术在 DNA 与蛋白质相互作用研究中的重要性
染色质免疫沉淀(ChIP)是研究蛋白质-DNA 相互作用的一项强大技术,广泛用于多个领域的染色质相关蛋白的研究(如组蛋白及其异构体,转录因子等),特别适用于已知启动子序列或整个基因位点的组蛋白修饰分析研究。这项技术采用特定抗体来富集存在组蛋白修饰或者转录调控的 DNA 片段,通过多种下游检测技术(定量 PCR ,芯片,测序等)来检测此富集片段的 DNA 序列。 ChIP 技术自诞生之后,已成功的应用于人或动物细胞和组织 [1] 、植物组织 [2] 、酵母 [3] 以及细菌、质粒
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