circRNA

CIRCRNA测序产品概述

circRNA（Circular RNA，环形RNA分子）是最近发现的一类特殊的lncRNA，circRNA是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子，其广泛存在与动物和植物中的。circRNA表达具有组织特异性；其独特的环状结构使其能够逃逸RNAse酶的降解，具有很强的胞内稳定性，能够长效行使转录“调控者”的职能。circRNA具有高度保守性，部分具有快速的进化性改变。大多数来源于外显子，少部分由内含子直接环化形成。 circRNA-seq在研究疾病发病机制和开发疾病新型诊断与治疗等方面有重大的研究意义。

应用领域

1、在转录和转录后水平，表观遗传水平调控基因表达
2、X染色体沉默、基因组印记研究
3、作为生物标志物进行疾病检测和测控
4、细胞分化、个体发育等发育生物学领域

测序策略

样本要求

样本类型：完整且无污染的Total RNA;
Total RNA需求量：Total RNA ≥ 10.0 μg;
RNA浓度： ≥200 ng/μL;
RNA纯度：OD_260/280=1.8-2.2，OD_260/230 ≥2.0；RIN ≥7.0， 28S：18S ≥1.0;

样本寄送

Total RNA或者组织样本必须采用干冰进行运输，确保样本到达实验室时仍有干冰剩余，否则严重影响RNA质量

技术流程

常见问题

Q circRNA测序的生信分析是怎样的？
本公司通过高效富集circRNA，借助最主流软件对circRNA进行鉴定，并通过分析来源基因，以深化对项目物种circRNA的功能研究。

分析内容	解决问题
参考序列比对	分析测序reads比对率和覆盖度
circRNA鉴定	发现样本中存在的circRNA
circRNA来源基因分析	有助于明确哪些基因能够形成circRNA
circRNA表达水平定量	circRNA在各个样本中的表达水平
差异表达分析	样本之间差异表达的circRNA
GO、KEGG富集分析	明确来源基因的具体生物学功能
miRNA结合位点预测	circRNA发挥海绵效应的基础

Q circRNA的形成机制是什么？
circRNA通过非经典剪接方式进行反向剪接形成。一种模型认为pre-RNA 的转录过程中由于RNA发生了部分折叠，拉近了原本非相邻的外显子，从而发生了外显子跳跃( exon skipping ) ，使得被跨越的区域形成了环形RNA中间体，进一步通过套索剪接形成由外显子构成的环形RNA分子。另一种模型认为，位于内含子区域的反向互补序列导致了内含子区域配对介导反向剪接从而形成环形RNA分子。