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- 2025年07月14日
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概述
全基因组Survey 分析是指对于没有基因组参考序列的物种，正式启动基因组项目前，基于小片段文库的低深度测序数据，通过K-mer分析，可有效评估基因组大小、GC含量、杂合度高低及重复序列含量等信息。应用
1.是进行全基因组测序的基础和前提，为后续全基因组de novo测序及组装策略的制定提供依据；2.通过基因组Survey分析，可对基因组进行初步组装，然后进行SSR标记开发及同源注释等高级分析。
技术流程
样本要求
样本类型：无降解，无RNA污染的DNA样品样本总量：≥ 2 μg DNA
样本浓度：≥ 30 ng/µl
样本纯度：OD260/280=1.8~2.0
策略
测序平台:HiSeq PE150文库：小片段文库
测序深度
50X常见问题
Q 做全基因组survey有什么意义?
通过 Survey 可以知道基因组大小、GC 含量及重复序列等情况,为后续测序、组装研究提供指导。Survey 一般建 500bp 小片段文库，测 50X，这些数据是不会浪费的，可以用于后期组装。
Q 全基因组survey结果展示中对全基因组大小预估是怎样的？
mer深度分布服从泊松分布，根据曲线获得K-mer深度期望值，用于估计基因组大小。一般来说我们会选择K-mer分布最多的峰为主峰，主峰所对应的深度值为K-mer深度期望值。基因组大小=K-mer总数/K-mer期望深度值。如下表示例：
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文献和实验molrep 有哪位战友知道怎么做全基因组的基因knock-down,我听说有全基因组的shRNA文库,怎么用这个东西呢,谢谢 bigbang_0_0 做转染，然后看你们所期待的表型有什么变化即可 freecell 何不参考一下这篇文献？ http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B8G3Y-4TT80P4
海边海鸥 偶的题目大致是研究某一细菌产生ESBLs,其基因组中含有耐药基因，但是表型（药敏试验仍对该类抗生素敏感）阴性。可能存在某些机制使该耐药基因未表达。打算进行该两株的全基因组测序，想请教一下主要从哪几方面考虑未表达的可能性。谢谢大家:) 海边海鸥 怎么没有建议呢？ zhujoker 我来胡说2句吧，不知道细菌基因组有没有甲基化修饰，自己不做细菌，所以不能确定（但是偶刚才查一下的确好像
A Survey of Venous Thrombosis Models
Animal models have played a crucial role in the development of new antithrombotic drugs during the past few decades. Through the use of these animal models, the differentiation between the anticoagulant and antithrombotic effects
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