lncRNA测序

LNCRNA测序产品概述

lncRNA（long noncoding RNA）是长度超过 200 nt的长链非编码 RNA，通过与DNA、RNA或蛋白质结合，在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达，与人类疾病发生发展有密切联系。lncRNAs通常较长，具有mRNA样结构，经过剪接，具有polyA尾巴与启动子结构，分化过程中有动态的表达与不同的剪接方式。LncRNA-seq主要分析研究细胞或组织在某个特定时期转录出的所有 lncRNA 和 mRNA。

应用领域

1、在转录和转录后水平，表观遗传水平调控基因表达
2、X染色体沉默、基因组印记研究
3、大规模种质资源鉴定
4、细胞分化、个体发育等发育生物学领域

测序策略

样本寄送

Total RNA或者组织样本必须采用干冰进行运输，确保样本到达实验室时仍有干冰剩余，否则严重影响RNA质量。

样本要求

样本类型：完整且无污染的Total RNA;
Total RNA需求量：人，小鼠，大鼠样品Total RNA ≥ 2.0 μg；真核植物样本（跟、茎叶、花种子）样品Total RNA ≥ 5.0 μg
RNA浓度： ≥200 ng/μL;
RNA纯度：OD260/280=1.8-2.2，OD260/230 ≥2.0;动物样本：RIN ≥7.0，植物样本：RIN ≥6.5,28S：18S ≥1.0
样本纯度：OD260/280=1.8~2.0;

技术流程

常见问题

Q 长链非编码RNA是什么，以及它们的作用？
哺乳动物基因组序列的约5%～10%被稳定转录，蛋白质编码基因仅约占1%，其余4%～9%的序列都转录为非编码RNA。而非编码RNA(non-coding RNA) 是指不能翻译为蛋白的功能性RNA分子。长链非编码RNA为这4%～9%中长度大于200nt的非编码RNA。它们的作用主要体现在四个方面：第一，影响周边基因的表达；第二，调控蛋白质活动及定位；第三，产生小分子RNA；第四，对其他RNA的调控作用。
Q LncRNA有什么特征表现？
1、lncRNA通常较长，具有mRNA样结构，有些具有poly(A)尾巴，有些没有poly(A)尾巴，分化过程中有动态的表达与不同的剪接方式，与编码基因相比，lncRNA表达量更低。
2、组织特异性：不同组织之间的lncRNA表达量不同。
3、时空特异性：同一组织或器官的不同生长阶段，其中的lncRNA表达量也会变化。
4、ncRNA启动子同样可以结合转录因子，如Oct3/4，Nanog，CREB，Sp1，c-myc，Sox2与p53，局部染色质组蛋白同样具有特征性的修饰方式与结构特征。
5、大多数的lncRNA在组织分化发育过程中，都具有明显的时空表达特异性，如有人针对小鼠的1300个lncRNA进行研究，发现在脑组织中的不同部位，lncRNA具有不同的表达模式。
6、在肿瘤与其他疾病中有特征性的表达方式。