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miR和功能/信号通路的调控网络 microRNA Targ

et GO/Pathway Network
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    MicroRNA对基因功能的调控网络——MicroRNA Target GO Network


    根据差异MicroRNA和被调控靶基因的显著性功能,利用MicroRNA和靶基因功能的属性,构建MicroRNA Target GO Network。该网络反映目标MicroRNA对基因功能的作用关系。根据网络中各MicroRNA的位置函数计算出网络特征值。特征值最高的MicroRNA处于网络的枢纽性地位,该MicroRNA对多个基因功能和样本状态有重要的调控价值,同时,评价GO在网络中的特征值,可以发现差异MicroRNA所调控的核心功能。




    MicroRNA对Pathway的调控网络—MicroRNA Target Pathway Network


    根据差异MicroRNA和被调控靶基因的显著性通路,利用MicroRNA和靶基因通路的属性,构建MicroRNA Target Pathway Network。该网络反映目标MicroRNA对Pathway的作用关系。根据网络中各MicroRNA的位置函数计算出网络特征值。特征值最高的MicroRNA处于网络的枢纽性地位,该MicroRNA对多个Pathway和样本状态有重要的调控价值,同时,评价Pathway在网络中的特征值,可以发现差异MicroRNA所调控的核心通路。



    文章案例1:本文章研究心肌梗死,体外构建心肌梗死大鼠模型,对正常和梗死组织进行miRNA芯片检测,得到12个差异miRNA,对这些miRNA进行靶标预测,并构建MicroRNA Target Gene Network、MicroRNA Target GO Network和MicroRNA Target Pathway Network,通过三种分析工具定位出核心miRNA-384-5p及靶标PIK3CD , 且该miRNA参与凋亡相关通路。后期通过简单的功能实验加以验证。(数据分析由中康博提供)

    参考文献:Yanyan Bao et al. MicroRNA-384-5p regulates ischemia-induced cardioprotection by targeting phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, catalytic subunit delta (PI3K p110d). Apoptosis. 2013.


    文章案例2: 血管紧张素II刺激成纤维细胞增殖并导致心脏重塑,但作用机制仍不清楚。研究采用miRNA芯片和表达谱芯片检测小鼠心脏中miRNA和mRNA的表达,整合miRNA与mRNA数据,在3d和7d分别构建MicroRNA Target Gene Network,发现let7i-5p在两个时间点中都出于核心地位,且对应的靶标基因多与炎症纤维化相关,与研究思路相符。后期通过功能实验和荧光素酶报告实验验证miRNA及靶标的功能及靶向结合关系。最后结果表明,let-7i作为血管紧张素II诱导的心脏炎症和纤维化的新型负调节剂,主要通过抑制心脏中白细胞介素-6和多种胶原蛋白的表达来发挥作用。

    参考文献:Xia Wang et al. MicroRNA Let-7i Negatively Regulates Cardiac Inflammation and Fibrosis. Cardiac Fibrosis. 2016.

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