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根据KEGG数据库中的Pathway间的相互作用关系，构建差异基因参加的显著性Pathway之间的作用网络，确定显著性Pathway主要的分布（比如免疫、肿瘤等等）利用图论的方法分析确定网络中的核心Pathway群及其所属的靶基因。
文章案例
研究确定了一种新型转录因子（Activating Transcription Factor 3），发现它能防止心脏重塑发展。构建WT或ATF3KO小鼠，从中各自分离成纤维细胞，并进行转录组测序，通路富集分析发现ATF3参与调控众多通路。为进一步筛选出核心通路，研究构建通路网络图（Pathway Network）发现下游效应性通路MAPK signaling pathway。（转录组测序+数据分析由中康博提供）
参考文献：Yulin Li et al. Cardiac Fibroblast-Specific Activating Transcription Factor 3 Protects Against Heart Failure by Suppressing MAP2K3-p38 Signaling. Circulation. 2017.
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文献和实验如何用 pathway builder tool 软件做出漂亮的信号通路图？
细胞信号通路图是科研研究过程中最常见也是最常用到的，今天小编给大家安利这个 pathway builder tool 软件，简单易学，即便是零基础的同学，也可以做出漂亮的信号通路！优点：操作简单，任何系统下都能使用。缺点：软件反应比较慢，分子结果不够全面，比如没有 LncRNA 与 microRNA 分子图。一、软件功能简单了解1. 下拉软件右侧 Templetes 对话框，会出现各种信号通路模式图①PATHWAY TEMPLATES 下方四张图为简单的信号通路模式图②PREMADE
相关专题 AKT大家一定不陌生，即蛋白激酶B，细胞凋亡重要因子。本文精选了Nature子刊、世界公认的顶尖综述期刊——Nature Reviews Cancer上关于akt pathway的信号通路 图。 Activation of class IA phosphatidylinositol 3-kinases (PI3Ks) occurs through stimulation of receptor
dynamics. The chapter focuses attention on the analysis of quantitative models based on differential equations using biochemical control theory. Basic pathway motifs are discussed, including straight chain, branched, and cyclic systems. In addition
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