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GOEA分析（Network visualization of Gene Ontology enrichment analysis of basal DE genes）
Jaccard index, 又称Jaccard相似系数（Jaccard similarity coefficient）用于比较功能之间的相似性与差异性。Jaccard系数值越大，功能相似度越高。红色代表上调基因显著性调控的功能，蓝色代表下调基因显著性调控的功能，先对功能进行层级聚类，筛选Jaccard大于0.25的功能集合，最终以网络方式呈现差异基因富集的功能集合。
文章案例： 研究人员利用转录组学、表观遗传学和免疫学的方法发现围产期S100A8 和 S100A9过量表达导致MyD88依赖性促炎基因程序发生改变。图为 LPS刺激后与对照差异基因富集功能网络。
参考文献：S100-alarmin-induced innate immune programming protects newborn infants from sepsis，nature immunology 2017.
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文献和实验本文由丁香园站友 PRESS 转载，点此查看详情 近日由美国加州大学圣地亚哥分校医学院的科学家领导的一个国际研究小组开发了一种新方法可用于解析未知基因的功能，并将其置于交互式功能网络中揭示基因间相互作用及所致相关细胞事件的机制。 加州大学圣地亚哥分校Ludwig癌症研究所有丝分裂机制研究实验室主任、细胞与分子医学教授Karen Oegema和纽约大学生物学系基因组学与系统生物学中心助理教授Kristin C. Gunsalus是这一研究项目的共同负责人。相关研究成果发表
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