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如果两个分子存在相互作用,那么二者在表达上往往具有某种关联,基于这个原理因此,我们开发了lncRNA(包括mRNA)共表达分析技术,应用于目标分子的功能预测。本技术利用不断更新的海量数据库(目前已经包括6万张Affymetrix 表达谱芯片数据及5000套TCGA数据),建立共表达分析流程,预测功能相关基因,并建立功能分类网络、信号通路、蛋白互作网络,通过对数据的深入挖掘,可获得相关的重要蛋白及其功能和所在通路,以指导下一步的lncRNA功能验证。
本服务项目提供分析结果包括:
表一.xls:与目标lncRNAmRNA 具有正向和反向共表达关系的基因各500个;
表二.xls:共表达基因功能分类网络
表三.xls:共表达基因信号通路网络
图一.jpg:蛋白互作网络
表四.xls:网络元素权重分析
完整分析报告.pdf:内容包括功能预测、靶点基因、正负调控关系及相关文献查询结果分析。
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文献和实验近年来lncRNA的研究进展迅猛,各类 lncRNA 被大量发现,lncRNA的研究将是 RNA 基因组研究领域非常热门的一个方向。小编也正好也在做lncRNA相关的课题,今天就总结一下lncRNA的研究套路和最新研究进展。 • LncRNA基本介绍 LncRNA:long non-coding RNAs是一类长度大于200nt,但不编码蛋白质的RNAs,广泛存在于动植物中。它们曾长期被误认为是遗传暗物质,但近些年研究证实这类RNAs在生物的生命活动过程中起着重要的调控作用
研究背景: 长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一类不编码蛋白的RNA分子,长度在200 bp以上,起初被认为是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能;近期的研究表明lncRNA具有保守的二级结构,可以与蛋白、DNA和RNA相互作用,参与多种生物学过程的调控,尤其在肿瘤当中发挥了重要的调控角色,如染色质修饰、转录激活和抑制、转录后调解以及作为miRNA的诱导分子干扰基因的表达等。随着高通量测序技术的发展,越来越多的lncRNA被注释
了作为一条 RNA 的使命,我这颗静如止水的心也按捺不住了,我也渴望被发掘,我也渴望被研究,我也渴望完成我的使命,让大家深入的了解我。终于,机会来了,一位年轻的科研工作者从众多的 RNA-SEQ 的数据中发现了我们,进行不同时期的实时荧光量 PCR 的检测之后,他决定对我这条期特异性表达的非编码 RNA 进行研究。我终于守得云开见月明,有了被研究的价值。由于我的长度大于 200bp,所以我的主人称我为长链非编码 RNA,简写为 lncRNA。我很喜欢我的名字。然而研究的过程并非一帆风顺。我的主人首先需要
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