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arrayCGH分析
芯片质量控制 (Quality control) 通过对数据的各项指标的分析作图,可以评估芯片实验质量,了解数据的分布规律,并为下一步分析方法提供参考。
数据的标准化 对原始数据进行标准化处理,是为了消除背景噪音,过滤脏数据以及去除同一实验的不同芯片之间的实验误差,将不同芯片的数据调整到同一水平,使之具有可比性。
片段化分析(Segmentation) 通过各种统计学方法,如DNAcopy, GLAD, BioHMM, tilingArray等,将芯片的log ratio值按照染色体物理图谱位置平滑化和片段化,以进一步分析基因组异常拷贝区域。
差异基因组区域鉴定(Genomics alteration regions identification) 基于segmentation的分析结果,采用一定的域值和分析方法,可以得到样本基因组的差异拷贝数区域。与翔自主开发了特色的基因组图谱视图,可以同时整合基因组拷贝数和基因表达谱数据。
差异基因组区域基因注释以及功能分析(Gene annotation and functional analysis) 选取位于差异区域的基因,并结合区域CNV值(或基因表达谱)进行功能分析。
全基因组整合视图(Whole genome integrative visualization) 基因组拷贝数变化往往影响表达谱的改变,将各个样本的差异基因组区域在全基因组定位,并结合基因表达谱信息,同时以染色体为背景作图。红色表示扩增和表达上调,蓝色表示缺失和表达下调,颜色的深浅反映了扩增或缺失的程度。
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