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- 2025年07月10日
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arrayCGH分析
芯片质量控制 (Quality control) 通过对数据的各项指标的分析作图，可以评估芯片实验质量，了解数据的分布规律，并为下一步分析方法提供参考。
数据的标准化 对原始数据进行标准化处理，是为了消除背景噪音，过滤脏数据以及去除同一实验的不同芯片之间的实验误差，将不同芯片的数据调整到同一水平，使之具有可比性。
片段化分析(Segmentation) 通过各种统计学方法，如DNAcopy, GLAD, BioHMM, tilingArray等，将芯片的log ratio值按照染色体物理图谱位置平滑化和片段化，以进一步分析基因组异常拷贝区域。
差异基因组区域鉴定(Genomics alteration regions identification) 基于segmentation的分析结果，采用一定的域值和分析方法，可以得到样本基因组的差异拷贝数区域。与翔自主开发了特色的基因组图谱视图，可以同时整合基因组拷贝数和基因表达谱数据。
差异基因组区域基因注释以及功能分析(Gene annotation and functional analysis) 选取位于差异区域的基因，并结合区域CNV值(或基因表达谱)进行功能分析。
全基因组整合视图(Whole genome integrative visualization) 基因组拷贝数变化往往影响表达谱的改变，将各个样本的差异基因组区域在全基因组定位，并结合基因表达谱信息，同时以染色体为背景作图。红色表示扩增和表达上调，蓝色表示缺失和表达下调，颜色的深浅反映了扩增或缺失的程度。
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文献和实验马住这些问卷分析攻略，你也是分析高手！——多选题、排序题、填空题分析
上两期为大家带来问卷分析前的准备，主要针对的是单选题。有读者想知道多选题、排序题、填空题该怎么分析。今天，我就针对多选题、排序题、填空题如何应用 SPSS 软件分析给大家进行分步讲解。 一、多选题 多选题，也称多项选择题、不定项选择题，是一种可选择选项数目通常多于 1 个的选择题题型。 多选题一般选择用二分法记录数据，即 0：未选择，1：被选择，因为各选项均是对同一个问题的回答，各选项之间存在一定的相关，将各选项单独进行分析并不恰当。 例如：您可以购买到的口罩类型有：一次性医用口罩、医用
组 DNA 断裂，进而造成基因组 DNA 残留，此时应按照说明书轻柔翻转操作； ②加入中和缓冲液后，剧烈振荡会造成质粒 DNA 与蛋白交联； ③漂洗时乙醇没有通过离心或者干燥完全去除，从而影响下游的实验。此外避免内毒素残留是转染级以上的质粒需要严格控制的指标，使用 QIAGEN EndoFree Plasmid kit 系列提取质粒，可以把内毒素控制到 0.1EU/ug 以内，并且在操作过程中无需添加额外的操作步骤。 3. Nanodrop 检测数据分析、检测浓度虚高 Nanodrop 检测基本
一般来讲，进行real-time qPCR MasterMix都是2×的浓缩液，只需要加入模板和引物就可以。由于real-time qPCR灵敏度高，所以每个样品至少要做3个平行孔，以防在后面的数据分析中，由于Ct相差较多或者SD太大，无法进行统计分析。通常来讲，反应体系的引物终浓度为100-400mM；模板如果是总RNA一般是10ng-500，如果cDNA，通常情况下是1ul或者1ul的10倍稀释液，要根据目的基因的表达丰度进行调整。当然这些都是经验值，在操作过程中，还需要根据所用
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