DNA甲基化芯片｜Illumina 935k

Illumina DNA 甲基化在调节基因表达中起着重要作用，细胞 DNA 甲基化状态的变化与衰老，发育和疾病病理有关。这十多年来，Illumina 为研究人员提供了由 BeadArray TM  技术驱动的基于微阵列的强大工具，以定量分析整个基因组的 DNA 甲基化。迄今为止，Infinium Human Methylation 450(450K) 和 Methylation EPIC v1.0 BeadChips (850k) 已被研究界用于推动表观基因组范围关联研究 (EWAS) 的数据收集。这些甲基化芯片在癌症研究、遗传疾病、衰老和分子流行病学领域中实现了基于甲基化的生物标志物的发现和应用。在此基础上，Illumina 推出了新一代的升级版甲基化芯片 Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip(935k)，建立在相同可靠的 Infinium 化学基础之上，更新优化了许多甲基化位点，以期在表观遗传学 研究的新时代有更多的生物学发现。Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip Kit（935K）是一种全基因组甲基化筛选工具，靶向人类甲基化组最具生物学意义的区域中超过 935,000 个 CpG 位点，同时在其前代产品 MethylationEPIC v1.0（850k）的基础上极大的提高了向后兼容性。该芯片保留了以单核苷 酸分辨率定量分析全基因组 CpG 的能力，同时提供高度准确和精确的甲基化测量，不受测 序深度的影响。可使用精简、用户友好的 Infinium 甲基化检测分析多种 DNA 样本类型，包 括从 FFPE 分离的 DNA 样本。与其他方法相比，MethylationEPIC v2.0 具有可扩展性和更低 的单个样本总成本，因此可用于探究疾病机制和生物标志物的筛选。

Illumina 甲基化（450K、850K、935K）芯片， 三种芯片位点比较如上图

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上表：是 935k 芯片探针的基因组区域覆盖情况

1、全基因组覆盖，CpG 位点升级

Illumina EPICv2.0-935K 芯片可检测人全基因组约 935,000 个 CpG 位点的甲基化状态， 在 850K 的基础上去除了性能不佳的探针：

（1）新增 186,000 个 CpG 靶向增强子和超级增强子；

（2）更多 CTCF 结合位点、CNV 检测区域、EPIC v1.0 覆盖不足的 CpG 岛以及常见癌症驱动突 变 ；

（3）还 增加了经 ATAC-Seq 和 ChIP-Seq 实验鉴定的与肿瘤有关的染色质开放区域 ；

（4）此外， 基因组版本更新到 hg38 以及 GenCode 数据库 v41 版本 ，是更适合用于表观基因组全关联 分析研究（EWAS）的一款芯片。

2、兼容多种样本类型，包括 FFPE

FFPE 组织样本可获得高质量数据，FFPE 兼容性对于癌症研究极为重要，能够支持以大型肿瘤生物样本库为基础的研究。

935K 芯片检测兼容样本：

（1）FFPE

（2）新鲜 / 冷冻组织；

（3）全血；

（4）口腔细胞；

（5）cfDNA；

（6）唾液；

（7）其他样本类型。

3、高度准确和精确的检测数据

935K 甲基化芯片检测能够检测到 0.2 的 beta 值差异，假阳性率低于 1%，从而实现了较 高的分析灵敏度，同时也具有极好的数据可重现性。如下图（A）935K 芯片技术重复相关 性 R2>0.99（B）935K 芯片和 850K 的交集探针间的相关性 R2>0.99。（C）935K 芯片数据 与甲基化测序（100×测序深度）的相关性 R 2>96%。

1、成熟的服务平台：稳定而系统的芯片实验全面解决方案，可为客户提供总 DNA 抽提、样品质检、RNA 标记、杂交、洗脱、图像扫描、数据分析。

2、多样化的服务内容：提供芯片和测序两种高通量检测技术以及低通量检测技术 RT-PCR。

3、专业的实验人员：从 DNA 抽提到芯片杂交均配有专业的实验人员，丰富的芯片操作经验，确保芯片实验顺利完成。

4、专业的分析团队：实战经验丰富的分析团队，除能快速完成基础分析外，还能根据客户需求完成个性化分析，提供各类高大上的图表。

 

伯豪生物在甲基化芯片检测方面积攒了大量的项目经验，处理过各种类型的人类样本，包括血液，组织和 FFPE 样本等超过 1000 例。大项目经验丰富，服务过几十个单个项目在 50 万以上的客户，无论从项目的方案设计，数据分析等方面都给客户提供了强有力的支持。目前服务的表观研究方向的客户，发表文章最高的 JCO（IF>20）上，累计影响因子超过 150。

 

935K 芯片是 850K 芯片的升级版，具有以下优势：

（1）全面的基因组覆盖范围：检测 > 935,000 个 CpG 位点，全面覆盖 CpG 岛、启动子、编码区及增强子。

（2）探针位点的全面优化：在 EPICv1.0-850K 的基础上去除了性能不佳的探针，新增 186,000 个 CpG 靶向增强子和超级增强子、更多 CTCF 结合位点、CNV 检测区域、EPIC v1.0 覆盖不足的 CpG 岛以及常见癌症驱动突变。

（3）兼容多种样本类型，包括 FFPE。

（4）高质量的数据：沿用了 450k 芯片的 Infinium 技术，同时采用 Infinium I 及 II 探针设计，使检测范围最大化。

（5）分辨率高：单碱基分辨率，可以直接检测到发生甲基化的准确位点。

（6）可重复性高：自身技术重复间的相关性以及与 850K 相同探针间的相关性 R2 > 0.99。

935K 芯片是 850K 芯片的升级版，应用领域（医口方向）：

（1）肿瘤；肺癌，食管癌，胶质瘤，白血病等；

（2）复杂疾病：糖尿病，高血压，免疫性疾病，抑郁症等；

（3）发育：胚胎发育，神经分化，器官分化等；

（4）环境互作：同性恋，PM2.5，铅污染，吸烟，孕期暴露等；

（5）早筛：肿瘤早筛标志物，复发标志物，预后标志物；

（6）衰老。

样品类型：组织、细胞、基因组 DNA

样品纯度：OD 260/280 值应在 1.7～2.0 之间；RNA 应该去除干净；不得有其它个体或其它物种的 DNA 污染。

样品浓度：浓度不低于 50ng/μl；

样品总量：每个样品总量不少于 500ng。

样品溶剂：溶解在 TE 中。

样品运输：DNA 低温运输（-20℃）；在运输过程中请用 parafilm 将管口密封好，以防出现污染。