1. 链特异性RNA测序/转录组测序(strand specific RNA sequencing),与普通双链RNA测序/转录组测序相比: 有如下优点:
1.1 可以确认同一基因组位置上双向表达不同基因的表达水平。
1.2 实验数据显示,链特异性RNA测序的能测到转录本更长的5'端。
1.3 链特异性转录组测序没有无效的反向互补链的数据,因而减少了拼接干扰,拼接更准确.非常适合无已知基因组参考的转录组测序。
1.4 链特异性RNA测序没有无效的反向互补链的数据,因而减少了拼接干扰,拼接更准确.更易发现可变剪切及低丰度表达转录本。
2. 特别适合如下分析:
2.1 模式生物基因结构分析:模式生物已经有完整的基因注释信息,但是实际研究中存在个体差异性。利用链特异性转录组测序可以对个体表达基因的结构进行深度分析,对基因进行重注释。
2.2 差异基因准确分析:能针对不同转录方向的基因进行精确的表达量统计及差异表达分析,从而推断出与功能状态变化相关联的候选基因,揭示差异基因的功能分类和相关代谢通路。
2.3 原核生物操纵子分析:对原核生物的链特异性转录组测序数据分析,能更加准确地进行操纵子鉴定和分析。
3. 有丰富的RNA抽提及纯化经验,解除您的RNA抽提纯化之忧。
4. 专业的实验操作团队,确保在文库的构建过程的RNA最小的降解、DNA最小的损耗。确保测序结果与样品本身的高度一致性。
5. 测序结果可由国际知名专家为您进行生物信息学分析,根据您的要求提供论文表达所需的数据和图表素材。可参照客户指定的参考文献及方法进行数据分析.
6. 测序周期短,加急测序可三周出数据,加速您的科研进程。
7. 样品起始量要求低,最低10ng total RNA即可进行有效测序。
8. 数据质量高,测序服务好,测序周期短,最快一个月可出结果。
视项目方案而定,一般在20工作日数据下机,40天内完成信息分析.
1: 测序平台:Hiseq 2500, PE2*125
2: 测序平台:Hiseq 2000, PE2*100
1. 组织样品(动植物或微生物)
- 1) 总量大于2g的新鲜样品;植物材料应尽量选取幼嫩部位,避免过老的组织。
- 2) 样本采集立即用液氮速冻,保存于-80℃(保存期不超过1个月),送样时使用干冰运输(不超过72h)。
- 3) 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。
- 4) 样品保存期间切忌反复冻融。
- 5) 样品质量合格与否的判断标准:RNA提取后经变性电泳,各RNA条带清晰,比例适中,完整性好,无降解。
2. RNA样品
- 1) 请提供OD260/280介于1.8~2.2之间,浓度≥250ng/μl,总量≥20μg的总RNA,并确保RNA无降解,无污染;或提供浓度≥50ng/μl,总量≥400ng的mRNA。
- 2) 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。
- 3) 样品保存期间切忌反复冻融。
- 4) 送样时使用干冰运输(不超过72h)。
- 5) 质检以我方电泳胶图、紫外分析仪定量为准。
- 6) 送样时附带提供RNA电泳检测照片。
3. cDNA样品(仅适用于有参考基因组的转录组分析)
- 1) 总量>5μg,浓度>50ng/μl,OD260/280在1.8左右。
- 2) 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。
- 3) 样品保存期间切忌反复冻融。
- 4) 送样时使用干冰运输(不超过72h)。
- 5) 质检以我方电泳胶图、紫外分析仪定量为准。
- 6) 送样时附带提供cDNA电泳检测照片。
转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。
与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。
转录组测序是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。相对于传统芯片而言,转录组测序无需预先设计探针,即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测,能够提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。
单链mRNA有方向性测序,是指在利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序过程中,保留mRNA的方向性信息,只测mRNA的单链信息,从而避免互补序列信息的干扰;并且由于只有单方向的DNA信息,没有了其反向互补序列的重复,因而使测序数据的有效性提高了一倍。
测序结果可进行:转录本结构研究(基因边界鉴定、可变剪接研究等)、转录本变异研究(如基因融合、编码区SNP研究)、基因表达水平研究(差异表达研究)以及全新转录本发现等基因表达调控水平深层次研究。