链特异转录组测序strand specific RNA-se

1. 有参考基因组的转录组分析

• 1) 测序原始数据处理（质量剪切、污染序列去除等）
• 2) 全基因组定位，给出样品中mRNA和ncRNA的分布状态。
• 3) mRNA覆盖度和特征分析，包括盒须图分析不同区的reads覆盖度和reads在均一化mRNA上的分布图。
• 4) mRNA表达量分析，标准化获得样品中每个基因的可信表达丰度，并根据表达丰度对样品中的基因分布趋势进行可视化处理。
• 5) 基因功能注释
• 6) 基因表达差异分析（不少于两个样品）
• 7) 预测新的基因

2. 无参考基因组的转录组分析

• 1) 测序原始数据处理（质量剪切、污染序列去除等）
• 2) Contig和Unigene统计分析
• 3) Unigene功能注释（NR、GO 和KEGG等）
• 4) SSR分析(限植物)及SNPs
• 5) 基因表达差异分析（不少于两个样品）

3. 各种个性化分析

• 1) miRNA-mRNA-甲基化 多重表达谱关联分析（限有参）：将miRNA, mRNA甚至甲基化测序数据进行关联分析，利用网络分析手段识别出关键的调控基因。
• 2) 全基因组关联分析（genome-wide association study, SWAS）从编码区序列SNP与基因表达GEM两个水平进行关联分析，从而实现目标性状的精细定位、功能基因的挖掘。是进行复杂基因组多倍体作物进行遗传关联分析的经济有效的方法。
• 3) 蛋白互作网络分析（限模式生物）将差异表达基因映射到相应的蛋白互作网络中，提取子网并对其进行可视化，并根据基因在整个网络中的拓扑性质来筛选关键基因。
• 4) 集群分离分析方法（Bulk segregant analysis，BSA）与RNA-seq相结合形成(Bulk segregant RNA-seq, BSR)方法，是通过对性状分离的子二代RNA进行高通量测序的方法，分析与突变性状高度相关的SNP位点，从而确定SNP位点与性状之间的关系。
• 5) 其它：参照文献或根据实验设计具体协商

1. 组织样品（动植物或微生物）

• 1) 总量大于2g的新鲜样品；植物材料应尽量选取幼嫩部位，避免过老的组织。
• 2) 样本采集立即用液氮速冻，保存于－80℃（保存期不超过1个月），送样时使用干冰运输（不超过72h）。
• 3) 送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。
• 4) 样品保存期间切忌反复冻融。
• 5) 样品质量合格与否的判断标准：RNA提取后经变性电泳，各RNA条带清晰，比例适中，完整性好，无降解。

2. RNA样品

• 1) 请提供OD260/280介于1.8～2.2之间，浓度≥250ng/μl，总量≥20μg的总RNA，并确保RNA无降解，无污染；或提供浓度≥50ng/μl，总量≥400ng的mRNA。
• 2) 送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。
• 3) 样品保存期间切忌反复冻融。
• 4) 送样时使用干冰运输（不超过72h）。
• 5) 质检以我方电泳胶图、紫外分析仪定量为准。
• 6) 送样时附带提供RNA电泳检测照片。

3. cDNA样品（仅适用于有参考基因组的转录组分析）

• 1) 总量＞5μg，浓度＞50ng/μl，OD260/280在1.8左右。
• 2) 送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。
• 3) 样品保存期间切忌反复冻融。
• 4) 送样时使用干冰运输（不超过72h）。
• 5) 质检以我方电泳胶图、紫外分析仪定量为准。
• 6) 送样时附带提供cDNA电泳检测照片。