
高通量测序——分子生态学研究(16S/ITS/功能基因)
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- 利用分子生物学手段研究自然界微生物与生物及非生物环境之间相互关系及其相互作用规律的科学,其研究方法包括PCR克隆文库、Geochip芯片分析和第二代高通量测序等。
- 上海市浦东新区
- 2025年07月11日
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- 服务名称:
分子生态学研究
- 提供商:
上海翰宇生物科技有限公司
研究内容
■16s/18s rDNA的不同可变区测序
■各种环境的菌群结构分析
翰宇优势
■翰宇独有的dual-barcode技术,在单个Miseq反应中完成高达1000个样本的混合测序
■每个样品可获得数千条序列,有效获得样本中低丰度的细菌
生物信息学分析
结果示例
稀释曲线
菌群分类
PCA分析
系统发育
成功案例
■ 环境微生物分子生态学:包括海洋浮游微生物、生态学鉴定(16s+ITS)、深海微生物、土壤微生物、粪便微生物、堆肥中微生物、游泳池、酒窖、厌氧发酵池等
■人体微生物分子生态学:口腔、肠道、皮肤、鼻内微生物等
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文献和实验笔者前一段时间忙于为新文章制作配图,多处搜集配图优雅美观的优质论文。最后终于找到一篇发表在 Science Advances 的文章——通过高通量测序分析揭示了小 RNA 在小鼠卵母细胞和早期胚胎中的调控作用。文章中除了复杂的 RNA Seq、Chip Seq 分析,图表的搭配十分美观。虽说我们是崇高的科(ke)学 (yan) 家 (gou),但关乎我们毕业大计的 SCI 也得要「高颜值」。以常见的热图(heatmap)为例,在分子生物学涉及高通量以及芯片的文章中,尤其是 RNA-seq 相关
8 小时限时饮食,可改善高脂饮食导致的肥胖和代谢问题!肠道菌群发挥了关键作用
为了研究高脂饮食(HFD)和限制时间饮食(TRF)对宿主回肠循环活动的影响,他们将小鼠分为三组:限时高脂饮食组(FT)、自由高脂饮食组(FA)和正常饮食组(NA)。喂养 8 周后,研究人员在 24 小时内每 4 h 收集全回肠样本,以研究肠腔和粘附细菌的日间动态。尽管摄入的食物热量相同,TRF 仍能改善与高脂饮食诱导的体重和血糖水平。 经过对宿主样本进行 16S 扩增子测序,发现回肠菌群的组成可因饲喂方式不同而不同,高脂饮食可显著降低回肠菌群的 a-多样性和 β-多样性。限时高脂饮食组和自由高脂
的长期保存样本的方法,该方法可将珍贵样本保存几年甚至10年以上,且大多样本通常有对应的临床匹配追踪数据,若能再结合高通量测序数据,对疾病研究和治疗来说都有非常大的意义。 但也因珍贵样本保存时间长,FFPE组织内存在RNA/DNA降解的情况,片段化的RNA用oligoT探针捕获会丢失很多信息。历经一年时间,空间转录组技术已针对FFPE样本提出了解决方案,不在局限于冰冻组织切片,石蜡样本也可以通过空间转录组技术获取基因表达和空间定位的全部转录组信息,区分和定位功能基因在特定组织区域内的活跃表达情况
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