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- 文献和实验
- 技术资料
- 提供商:
北京青莲百奥生物科技有限公司
- 服务名称:
限制性酶解质谱分析服务
深度洞察药物、小分子、多肽、核酸及蛋白与蛋白质相互作用的结构变化,蛋白质结构的“X光片”。
技术特点
LiP-MS技术原理

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当蛋白构象发生变化时(例如与小分子结合),会暴露出不同的广谱性蛋白酶酶切位点。
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一次酶切后再将蛋白样品变性,用胰酶进行二次酶切。
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通过质谱检测,比较不同处理条件的样品中,全酶切及半酶切肽段(LiP酶切)的信号强度变化,可以分析蛋白构象变化。
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通过分析差异肽段的情况可以确定小分子与蛋白结合的区域。
LiP-MS技术流程

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无需化学修饰
无需对小分子进行改造,不影响小分子的活性。
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大规模分析蛋白质的结构变化
包括小分子/蛋白-蛋白质相互作用(药物-靶点)及酶的变构引起的构象变化。
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同时检测蛋白质丰度和结构变化两个维度的信息
平行设置胰酶组检测丰度变化以及胰酶和限制酶组检测结构变化。
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提供靶蛋白的结合序列信息
引入限制性酶使得蛋白质的水解可及性得以衡量,从而可以获得靶蛋白结合序列的信息。
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适用样本类型广
适用于蛋白质溶液、组织、细胞、细菌、酵母、血清和脑脊液等。
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检测方式灵活
根据研究需求,灵活选择靶向和非靶向的蛋白质组学检测方式。
应用方向
研究蛋白-蛋白/小分子相互作用
发现蛋白质/小分子(代谢物和DNA等)与蛋白质相互作用导致的结构变化,明确蛋白质/小分子(代谢物和DNA等)介导的酶、转录因子和转运蛋白等一系列调控过程如何使细胞进行正常的生命活动。
发现药物靶点
通过检测药物结合靶蛋白导致的构象变化明确药物靶点,解析药物发挥作用的机制,利于疾病的治疗及药物的研发。
鉴定新型疾病标志物
结构影响蛋白质功能,全局分析结构蛋白质组以判断是否反映病理变化并产生新型疾病生物标志物。
检测蛋白结构变化
从蛋白结构层面解析蛋白功能状态的改变,研究肿瘤和疾病患者蛋白质组结构上的不同,深入研究癌症和疾病的发生、发展机理。
分析流程
LiP-MS生信分析流程

结果展示
LiP-MS生信分析结果




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文献和实验Nat Commun:结直肠癌致癌突变 RNF43_pG659fs 对 PI3K/mTOR 抑制剂敏感
信号的促癌作用。 为了解 RNF43_p.G659fs 的下游通路及潜在的药物靶点,该研究通过药物筛选文库(超过 5000 种化合药物,包括了 FDA 批准和临床前试验药物)有意思地发现 RNF43_p.G659fs 突变的细胞对 PI3K/mTOR 抑制剂(阿培利司 Alpelisib 和 PF-04691502)的敏感性比野生型的细胞强,并在肿瘤类器官和小鼠移植瘤实验中得到验证。 进一步通过蛋白质谱分析 p.G659fs 突变和野生型的差异互作蛋白,在非变性条件下进行免疫沉淀,用 TMT
。这就涉及到蛋白质结构域边界如何确定的问题。目前的主要方法是限制性酶解:比如将重组蛋白与 trypsin 孵育,取不同孵育时间的样品进行 SDS-PAGE 鉴定。一般来说,独立的结构域具有结构上的稳定性,能抵抗住蛋白酶酶解作用,这样我们从 SDS-PAGE 图上就可以观察到一条稳定条带,然后通过质谱、N 端测序等手段确定该片段的起始 - 终止位置。然后就以这个片段构建克隆,制备重组蛋白,进行后续的一系列实验。在完成蛋白质结构测定之后,就需要对蛋白质结构进行分析。通过结构,我们可以找到酶的活性位点、分子
血液里都有啥,当时的检测机构用的是啥呢?气相色谱 —— 质谱联用(GC-MS),是不是听着就很高端,大气,上档次。气相色谱 - 质谱联用仪常应用于医学、物理学,对未知化合物具有独特的鉴定能力,且灵敏度极高,因此 GC-MS 是分离和检测复杂化合物的最有力工具之一。多组分的混合样品进入色谱柱后,由于吸附剂对每个组分的吸附力不同,经过一定时间后,吸附力弱的组分容易被解吸下来,最先离开色谱柱进入检测器,而吸附力最强的组分最不容易被解吸下来,因此最后离开色谱柱。如此,各组分得以在色谱柱中彼此分离,顺序进入
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