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- 云舟生物提供全面的shRNA基因敲低解决方案，帮助您获得高效的RNAi效果。
- 广州
- 2026年04月25日
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云舟生物科技（广州）股份有限公司
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定制服务
云舟生物提供全面的shRNA基因敲低解决方案，帮助您获得高效的RNAi效果。我们提供基于U6启动子驱动的shRNA的和自定义启动子驱动的miR30 shRNA的两种shRNA表达方式，根据您的实验需求可灵活控制shRNA的表达。我们可以对shRNA载体进行多种类型多种滴度的病毒包装（如慢病毒、AAV、腺病毒），以帮助您将shRNA递送至难以转染的细胞中。我们还可以专门为哺乳动物细胞中的大规模基因功能丧失筛选构建shRNA文库。此外，我们的线载体设计平台与shRNA 数据库涵盖了多种物种，让您轻松找到合适的shRNA打靶您的目的基因。
亮点
- 高度直观的载体在线设计平台，搭载全基因组shRNA数据库，方便快捷地进行shRNA载体设计
- 丰富的载体骨架和载体元件
- 可提供预制的或定制的shRNA文库
- 序列100%验证，周期短、性价比高
- 专业的技术支持为您解决shRNA的选择、载体设计、实验难点等问题
技术详情
短发夹RNA（Short hairpin RNA，shRNA）是具有茎环结构的RNA分子，可用于通过互补碱基配对靶向mRNA序列并促使其降解，因此广泛用于各种RNAi应用。通常可以使用双链DNA载体以病毒和非病毒形式将shRNA引入靶细胞。当用shRNA载体转染或转导细胞时，shRNA在细胞核中转录形成发夹结构。shRNA发夹结构包含一个茎环，一条RNA反义链和与其互补的正义链。转录形成的shRNA离开细胞核，在细胞质中经过Dicer加工，然后加载到RNA诱导的沉默复合体（RNA-induced silencing complex，RISC）复合体上，随后目标mRNA被识别并降解（图1）。
图1 U6 shRNA和miR-shRNA介导的基因敲低
shRNA相对于siRNA具有显著的在基因敲低效率上的有时，因此成为流行的RNAi方式。下表总结了两者的具体的特点：
控制shRNA表达
有两种常用方法来控制载体上的shRNA表达：基于U6启动子的shRNA 表达和基于miR的shRNA表达。虽然基于U6的shRNA载体使用 RNA聚合酶III启动子驱动简单茎环 shRNA 的表达，基于miR的shRNA 载体则使用RNA聚合酶II启动子表达适配microRNA支架的 shRNA。这两种shRNA在细胞质内通过相似的机制被加工，最后导致靶基因沉默。然而，在细胞核内转录后，基于miR的shRNA与基于U6的shRNA不同，由于其结构内存在miR内源序列，其加工方式更像初级miRNA（图1）。
miR shRNA载体中的RNA聚合酶II启动子包含了组织特异性、可诱导的或可变强度等启动子等类型，从而使其可应用于组成型U6启动子无法应用的各种实验场景。相对于其它的基因敲低载体系统，RNA聚合酶II启动子在基于miRNA的shRNA系统中可有效转录长转录本，因此该系统具有几个额外优势。比如说，可以多个shRNAmiR可以转录为单个多顺反子，且在细胞内可加工形成成熟的shRNA。这允许使用单个转录本敲低多个基因或靶向同一基因的多个区域。因此，该载体可用于表达单个或多个shRNAmiR。其次，在该载体系统中，用户选择的蛋白质编码基因可以放在shRNAmiRs的多顺反子中。此ORF的表达可用于直接监测shRNA转录（如果使用标记基因ORF）或用于需要ORF和shRNA共表达的其他情景。
虽然miR shRNA载体在控制shRNA表达上更为灵活，我们发现U6 shRNA载体相对miR shRNA载体的敲低效果的鲁棒性更佳。因此除非必须使用miR shRNA载体，通过我们会推荐首先使用U6 shRNA载体用于RNAi实验。
下表比较了U6 shRNA载体与miR shRNA载体的特点：
试验验证
我们的U6 shRNA慢病毒载体经过基因敲低效率验证，结果如下图所示。结果展现了U6 shRNA与miR30 shRNA之间的敲低效率比较。
图2 U6 shRNA慢病毒载体与miR30 shRNA慢病毒载体对EGFP的敲低效率比较。(A)U6启动子驱动的shRNA表达的慢病毒载体与miR30 shRNA（4条shRNA）慢病毒载体分别包装成慢病毒，然后转导稳定表达EGFP的HEK293T细胞。药筛前后流式细胞术检测EGFP表达情况。（B）药筛前，EGFP表达在U6 shRNA的作用下减少了46%（P<0.001）,在CMV启动子驱动表达的miR30 shRNA（单shRNA）作用下减少了13%（P<0.001），在CMV启动子驱动表达的miR30 shRNA（4条shRNA）作用下减少了44%（P<0.001）。（C）EGFP表达在U6 shRNA的作用下减少了72%（P<0.001）,在CMV启动子驱动表达的miR30 shRNA（单shRNA）作用下减少了60%（P<0.001），在CMV启动子驱动表达的miR30 shRNA（4条shRNA）作用下减少了67%（P<0.001）。EGFP的相对表达量通过转导与未转导细胞的荧光强度中值（Median fluorescence intensities，MFI）的比值计算。三次重复实验，图中显示SD值，p值根据Tukey检验计算。
shRNA数据库
云舟生物的在线shRNA载体设计工具专门为多个物种的shRNA设计进行了优化，可帮助您针对靶基因设计出高干扰效率的shRNA序列。我们设计和评估shRNA的规则与RNAi consortium（TRC）使用的规则类似。所有的干扰分值均≥0，平均数约为5，标准差约为5，95%的分值均≤15。若一个shRNA的干扰分值是15，则表示具有很高干扰效率且易于克隆；若干扰分值为0，则表示干扰效果较差或难以克隆。
当您在我们的在线平台上设计shRNA载体时，您可以选择在我们的数据库中搜索您的目的基因。输入您的基因名称后，您将在我们的数据库中看到针对您的目的基因的所有shRNA的详细信息，包括指向UCSC数据库的链接，从而可查看其基因组序列和所有转录本。我们的数据库按照针对目的基因的shRNA的干扰分值对shRNA进行排序，并推举出三个干扰分值最高的shRNA。请注意干扰分值只是一个参考值。实际的干扰效果可能会与预测的分值有偏差，低分值的shRNA也可能产生较好的干扰效果。同时，靶向转录本的 3’ UTR也可以起到干扰作用。 我们的网站包含丰富的学习资料，可帮助您安排并实施您的RNAi实验。
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文献和实验对 1.8 万种基因的 6.5 万种 sg RNA。用这么多的 sgRNA，张锋在肿瘤细胞和多能干细胞中筛选到了影响细胞活性的基因。最最引人注目的是他在黑色素瘤中筛选到了几种全新的 vemurafenib 耐药基因。 等等，这个全新是如何解释？全新就是以前没发现的，而以前是怎么筛的呢？当然是 shRNA 啊。张锋通过对比发现，在同样的细胞株中，用 shRNA 根本无法筛选到这几种“新的”耐药基因！ 而这就是 Cas9 的价值！相比于 RNAi，Cas9 可以做到对细胞
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