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新一代代谢组学 NGM Pro
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新一代代谢组学NGM解决了代谢组学中物质鉴定不准确、鉴定数量少的问题,是代谢组学核心研究手段之一,可高效完成样本中代谢物的检测定性,即通过液质联用(Liquid Chromatograph Mass Spectrometer, LC-MS)方法检测生物体受外界刺激前后体内大多数小分子代谢物的动态变化,重点寻找在实验组和对照组中有显著变化的代谢物,进而研究这些代谢物与生理病理变化的相关关系,其研究对象大都是分子量1500Da以内的小分子物质。
代谢物鉴定准确率翻倍提升,高达98% (Level 1)准确鉴定代谢物数量近10倍提升,高达800+ Level 1代谢物可靠代谢物总体鉴定数量2000+
案例分析
▶ 通过知识驱动的多层代谢网络从已知到未知的代谢注释
Metabolite annotation from knowns to unknowns through knowledge-guided multi-layer metabolic networking
期刊: Nature communication
影响因子: 16.6
时间: 2022年
▶ 研究背景 基于液相色谱-质谱 (LC-MS) 的非靶向代谢组学可以检测样本中已知和未知的代谢物。 然而,未知代谢物的注释是非靶向代谢组学的主要挑战。
▶ 研究结果在MetDNA2中,作者开发了一种方法,即知识驱动的多层网络技术(Knowledge-guided multi-layer networking, KGMN),以实现代谢组学中从已知到未知的全局代谢物注释。 KGMN方法集成了三层网络,包括基于知识的代谢反应网络、知识引导的MS/MS相似网络和全局代谢峰相关性网络。
▶ 结果展示利用上述原理,MetDNA 2将已知代谢物的鉴定准确度从70%提升至95%以上,同时还可以注释到约 100-300 个未知代谢物。生物样本中代谢物的鉴定数量可以达到2000-5000. MetDNA 2可以实现有效的未知注释,并大大推进常见生物样品中经常出现的未知代谢物的发现,从而破译非靶代谢组学中的未知物质。
Fig. 使用化学标准品验证两个未知物:肌苷和肌苷 5'-硫酸盐
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