染色体重排检测

       美国食品药品监督管理局（FDA）明确指出使用CRISPR基因编辑治疗时需对其脱靶活性、染色体重排等进行安全性评估。基于此，珠海舒桐医疗提供了两种可以高灵敏检测由基因编辑引起的染色体重排技术—LAM-HTGTS（Linear Amplification–mediated High-throughput Genome-wide Translocation Sequencing，以下简称LAM-HTGTS）和PEM-seq（primer-extension-mediated sequencing），可供广大科研学者灵活选择。LAM-HTGTS是一种稳健、灵敏度高且无偏倚的体内脱靶检测技术，可以识别由CRISPR/Cas9的靶向/脱靶活动诱导的所有已知的全基因组范围的复发性DSB，可以检测哺乳动物细胞中由于DSBs末端连接而导致的染色体重排。而PEM-seq在LAM-HTGTS的基础上进行改进，对染色体重排的检测更加灵敏，更加全面，实验流程更少，周期更短，大大节约了时间成本和资金成本，并且适用于任何细胞系。
 

染色体重排检测的原理与实验流程

 

应用场景

1、染色体重排检测，包括大片段缺失、插入、染色体易位等常规GUIDE-seq、SITE-seq难以检测到的严重不良脱靶事件；

2、客户可灵活选择使用LAM-HTGTS和PEM-seq，需了解具体详情可与舒桐平台联系。

 

服务优势

1、灵敏度高：可检测低水平的DSBs；

2、检测稳健: 重复性高；

3、检测的范围广：可检测所有已知的全基因组范围的复发性DSB；

4、技术成熟，专业性强：具有优秀且成熟的技术团队和生物信息分析团队，可以根据客户的不同要求制定个性化内容。


标准服务内容

*高级服务内容：根据项目/课题的需求可定制个性化分析，具体可与舒桐平台联系。

送样要求

1、我司可免费设计sgRNA，并构建质粒；

2、若我司进行转染及后续建库测序，客户需提供细胞系；

3、若我司进行建库测序，需客户提供DNA样本。DNA样本要求如下：DNA样品总量：20µg以上，浓度50ng/ul以上；DNA样品纯度OD260/280=1.8~2.0 。DNA样品完整性：DNA无降解，需提供凝胶电泳检测胶图。

4、送样时需提供实验组和对照组样本；

5、若需我司完成一体化服务，可与舒桐平台联系。

 

参考文献

[1] Hu, J. et al. Detecting DNA double-stranded breaks in mammalian genomes by linear amplification-mediated high-throughput genome-wide translocation sequencing. Nat Protoc 11, 853-871, doi:10.1038/nprot.2016.043 (2016).

[2] Yin, J. et al. Optimizing genome editing strategy by primer-extension-mediated sequencing. Cell Discov 5, 18, doi:10.1038/s41421-019-0088-8 (2019).