体外坏死性凋亡模型验证
验证TSZ诱导HNSCC细胞坏死性凋亡并确认DAMPs促进迁移侵袭。
使用TSZ处理SCC25和FaDu细胞,检测细胞死亡、磷酸化RIP1/MLKL,收集DAMPs处理细胞进行Transwell实验。
cGAS-ISG15-RAGE axis reprogram necroptotic microenvironment and promote lymphatic metastasis in head and neck cancer
包含体外细胞模型、Dox诱导瘤内坏死性凋亡模型、患者样本分析、RNA-seq、蛋白质组学、分子 docking、功能验证和临床队列,多层级验证机制。
SCC25/FaDu细胞系TSZ诱导坏死性凋亡模型 Dox诱导瘤内坏死性凋亡异种移植模型 HNSCC患者肿瘤组织(队列N=108)
TSZ处理浓度及时间(24h/48h) Dox诱导条件(1μg/ml,8-12h) RAGE抑制剂FPS-ZM1浓度(10μM,1mg/kg) 坏死性凋亡抑制剂Nec-1使用条件 患者样本p-MLKL和RAGE表达评分标准
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证TSZ诱导HNSCC细胞坏死性凋亡并确认DAMPs促进迁移侵袭。
使用TSZ处理SCC25和FaDu细胞,检测细胞死亡、磷酸化RIP1/MLKL,收集DAMPs处理细胞进行Transwell实验。
在体内验证坏死性凋亡对淋巴转移的影响。
构建Dox诱导MLKL磷酸化突变的细胞系,接种裸鼠,Dox饮水诱导瘤内坏死性凋亡,观察淋巴转移。
分析坏死性凋亡DAMPs对细胞信号通路的影响及DAMPs组成。
对TSZ处理的SCC25细胞进行RNA-seq,对凋亡、坏死和坏死性凋亡DAMPs进行无标记蛋白质组学,并进行富集分析。
证明坏死性凋亡通过mtDNA-cGAS-STING轴程序性释放ISG15。
检测坏死性凋亡时细胞质mtDNA释放、cGAS-STING激活、ISG15表达和释放,并用siRNA、抑制剂、EB耗竭mtDNA验证。
确定ISG15的受体并验证其介导的细胞功能。
通过分子对接预测RAGE为ISG15受体,用Co-IP、pull-down验证结合,用重组ISG15处理细胞检测信号通路和侵袭。
验证ISG15-RAGE轴在体内和临床样本中的作用。
使用Dox诱导模型结合ISG15敲低或RAGE抑制,观察淋巴转移;在HNSCC患者样本中分析p-MLKL、ISG15、RAGE表达及相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Gibco | -- |
| MEM培养基 | Gibco | -- | |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| McCoy's 5a培养基 | -- | -- | |
| L-15培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 氢化可的松 | Solaria | -- | |
| 胰岛素 | -- | -- | |
| 谷胱甘肽 | -- | -- | |
| 药物处理 | 肿瘤坏死因子-α | PeproTech | -- |
| Smac模拟物AT-406 | Selleck | -- | |
| 泛caspase抑制剂zVAD-fmk | Selleck | -- | |
| 坏死性凋亡抑制剂Nec-1 | Selleck | -- | |
| RIP3抑制剂GSK'872 | Selleck | -- | |
| MLKL抑制剂坏死磺酰胺 | Selleck | -- | |
| cGAS抑制剂G150 | Selleck | -- | |
| STING抑制剂C-170 | Selleck | -- | |
| NF-κB抑制剂BAY 11-7082 | MCE | HY-13453 | |
| STAT3抑制剂Stattic | MCE | HY-13818 | |
| RAGE抑制剂FPS-ZM1 | MCE | HY-19370 | |
| 重组蛋白处理 | His6标记ISG15重组蛋白 | R&D System | UL-510 |
| GST标记ISG15重组蛋白 | R&D System | UL-600 | |
| 人重组ISG15 | R&D System | UL-601 | |
| 人重组HMGB1 | Sino Biological | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 超滤离心管 | Millipore | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | CWBIO | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| Immobilon ECL超敏化学发光底物 | Millipore | -- | |
| GeneGnome XRQ凝胶成像系统 | Syngene | -- | |
| GAPDH抗体 | CWBIO | CW0100M | |
| 抗体 | p65抗体 | Cell Signaling Technology | 8242 |
| 磷酸化p65抗体 | Cell Signaling Technology | 3033 | |
| STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9139 | |
| 磷酸化STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9145 | |
| 磷酸化STAT5抗体 | Cell Signaling Technology | 9351 | |
| MMP-9抗体 | Cell Signaling Technology | 13667 | |
| E-钙粘蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 3195 | |
| N-钙粘蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 13116 | |
| 波形蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 5741 | |
| ISG15抗体 | Cell Signaling Technology | 2758 | |
| IFIT1抗体 | Cell Signaling Technology | 1469 | |
| cGAS抗体 | Cell Signaling Technology | 83623 | |
| STING抗体 | Cell Signaling Technology | 13647 | |
| IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | 11904 | |
| 磷酸化STING抗体 | Cell Signaling Technology | 50907 | |
| 磷酸化TBK1抗体 | Cell Signaling Technology | 5483 | |
| 磷酸化IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | 37829 | |
| 磷酸化H2AX抗体 | Cell Signaling Technology | 9718 | |
| TLR2抗体 | Cell Signaling Technology | 12276 | |
| MLKL抗体 | Abcam | ab184718 | |
| 磷酸化MLKL抗体 | Abcam | ab187091 | |
| IL-6抗体 | Abcam | ab233706 | |
| ISG15抗体 | Abcam | ab285367 | |
| CD11a抗体 | Abcam | ab52895 | |
| HMGB1抗体 | Abcam | ab79823 | |
| IFIT2抗体 | Santa Cruz | sc-390724 | |
| IFIT3抗体 | Santa Cruz | sc-393512 | |
| RAGE抗体 | Santa Cruz | sc-365154 | |
| GST抗体 | Proteintech | 66001-2-Ig | |
| His抗体 | Proteintech | 66005-1-Ig | |
| Transwell实验 | 基质胶 | BD Biosciences | -- |
| 聚碳酸酯膜 | -- | -- | |
| PI染色 | 碘化丙啶 | BD Biosciences | -- |
| 流式细胞术 | CytoFlex流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| qRT-PCR | RNAzol试剂 | Molecular Research Center | -- |
| NanoDrop2000分光光度计 | -- | -- | |
| HiScript III逆转录预混液 | Vazyme | -- | |
| ChamQ SYBR qPCR预混液 | Vazyme | -- | |
| 免疫荧光 | DAPI染色液 | -- | -- |
| 抗荧光淬灭封片剂 | Beyotime | -- | |
| LSM980激光扫描共聚焦显微镜 | ZEISS | -- | |
| 活细胞成像 | PE Operetta CLS高内涵成像系统 | PerkinElmer | -- |
| RNA-seq | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| 蛋白质组学 | SDT裂解缓冲液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Bio-Rad | -- | |
| 胰蛋白酶 | Promega | -- | |
| Q Exactive质谱仪 | Thermo Scientific | -- | |
| Easy nLC液相色谱 | Proxeon Biosystems | -- | |
| C18固相萃取柱 | Sigma | -- | |
| siRNA转染 | Lipofectamine3000转染试剂 | -- | -- |
| RAGE siRNA | Santa Cruz | sc-36374 | |
| 阴性对照siRNA | Santa Cruz | sc-37007 | |
| 免疫共沉淀 | Protein A/G磁珠 | MCE | -- |
| EZ-Link Sulfo-NHS-SS-生物素 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| His标签磁珠 | MCE | HY-K0209 | |
| 链霉亲和素磁珠 | MCE | HY-K0208 | |
| 线粒体DNA分析 | 培养细胞线粒体分离试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Quick-gDNA DNA提取试剂盒 | Zymo Research | -- | |
| PicoGreen荧光染料 | Lumiprobe | -- | |
| MitoTracker红色线粒体染料 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Hoechst 33342荧光染料 | -- | -- | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | -- | -- |
| IVIS活体成像系统 | PerkinElmer | -- | |
| 分子对接 | Rosetta2020软件 | -- | -- |
| Pymol软件 | -- | -- | |
| Ligplot软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基成分、FBS浓度、添加剂(如氢化可的松) 阅读提示:Methods - Cell culture and reagents |
| 细胞死亡诱导 | TSZ处理浓度、时间、顺序;Nec-1浓度;冻融循环次数 阅读提示:Methods - Induction of cell death |
| DAMPs收集 | 处理时间、换液时间、离心条件、是否浓缩 阅读提示:Methods - Collection of DAMPs |
| Transwell实验 | 细胞数、Matrigel稀释比例、迁移时间、染色方法 阅读提示:Methods - Transwell migration and invasion assay |
| 体内坏死性凋亡模型 | 细胞混合比例、接种细胞量、Dox浓度、给药方式、FPS-ZM1剂量和给药频率 阅读提示:Methods - In vivo assay |
| 蛋白质组学 | 样品制备、酶解条件、LC-MS/MS参数、MaxQuant参数 阅读提示:Methods - Label-free proteomic analysis |
| 临床样本分析 | 患者纳入标准、随访时间、IHC评分标准 阅读提示:Methods - Patients' cohort and tissue samples |