临床样本和公共数据挖掘
探索RARRES2在乳腺癌脑转移中的表达变化。
分析多个公共转录组数据集及单细胞RNA测序数据,并采用IHC验证患者组织中RARRES2的表达。
RARRES2 regulates lipid metabolic reprogramming to mediate the development of brain metastasis in triple negative breast cancer
包含患者组织IHC验证、scRNA-seq、体内动物模型(颅内及心内注射)、体外功能实验及脂质组学和转录组学等多层级验证。
MDA-MB-231细胞系 4T1细胞系 BALB/c小鼠颅内及心内注射模型 乳腺癌患者原发与脑转移组织样本
RARRES2在脑转移中特异性下调(多数据集分析) RARRES2敲低促进细胞增殖与侵袭(体外实验) RARRES2过表达抑制体内脑转移(颅内及心内注射模型) 脂质组学显示甘油磷脂升高和三酰甘油降低 雷帕霉素处理逆转RARRES2敲低引起的增殖和侵袭
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探索RARRES2在乳腺癌脑转移中的表达变化。
分析多个公共转录组数据集及单细胞RNA测序数据,并采用IHC验证患者组织中RARRES2的表达。
验证RARRES2对乳腺癌细胞增殖和侵袭的影响。
构建RARRES2敲低和过表达的MDA-MB-231和4T1细胞系,进行细胞增殖和侵袭实验。
评估RARRES2对乳腺癌脑转移的影响。
采用颅内和心内注射RARRES2过表达或对照4T1细胞的小鼠模型,通过生物发光成像监测肿瘤生长和转移。
探究RARRES2调控的脂质代谢变化及相关基因表达。
对RARRES2敲低和对照MDA-MB-231细胞进行非靶向脂质组学分析;对RARRES2过表达和对照细胞进行RNA测序分析。
验证RARRES2调控的PTEN-mTOR-SREBP1信号通路。
通过Western blot检测相关蛋白表达,并使用雷帕霉素和CMKLR1 siRNA进行功能回复实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | HyClone | -- | |
| 单细胞悬液制备 | RNAlater稳定液 | Qiagen | -- |
| MACS肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- | |
| 40微米细胞筛网 | Merck | -- | |
| 红细胞裂解液 | Sangon Biotech | -- | |
| scRNA-seq | Chromium Next GEM单细胞3'试剂盒v3.1 | 10x Genomics | -- |
| Illumina HiSeq X-Ten测序仪 | Illumina | -- | |
| IHC | 含EDTA抗原修复液 | Zsgb-Bio | ZLI-9066 |
| 内源性过氧化物酶阻断剂 | Zsgb-Bio | PV-9000 | |
| 正常山羊血清 | Zsgb-Bio | ZLI-9022 | |
| 抗RARRES2抗体 | Proteintech | 10216-1-AP | |
| 生物素化二抗 | Zsgb-Bio | PV-9000 | |
| DAB显色底物 | Zsgb-Bio | ZLI-9019 | |
| Aperio病理扫描仪 | Leica | -- | |
| 动物实验 | D-荧光素钾盐 | MedChemExpress | HY-12591B |
| IVIS LUMINA XRMS活体成像系统 | PerkinElmer | -- | |
| 质粒构建和病毒包装 | pCDH-EF1-copGFP-T2A-Puro载体 | Addgene | 72263 |
| PLKO.1-TRC载体 | Addgene | 10878 | |
| psPAX2包装质粒 | Addgene | -- | |
| pMD2.G包膜质粒 | Addgene | -- | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 病毒纯化 | 0.45微米聚醚砜膜 | Millipore | SLHPR33RB |
| 病毒转导 | 聚凝胺 | MedChemExpress | HY-112735 |
| 筛选稳定细胞系 | 嘌呤霉素 | Sangon Biotech | A610593-0025 |
| RNA提取和RNA测序 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RT-qPCR | PrimeScript RT试剂盒 | Takara | RR037A |
| TB Green Premix Ex Taq II试剂盒 | Takara | RR820A | |
| Applied Biosystems实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher | QSDX | |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 |
| 抗mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 2972 | |
| 抗磷酸化mTOR (Ser2448)抗体 | Cell Signaling Technology | 2971 | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 5174 | |
| 抗pan-Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| 抗磷酸化Akt (Ser473)抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗PTEN抗体 | Cell Signaling Technology | 9188 | |
| 抗SREBP1抗体 | Abcam | ab3259 | |
| 抗β-actin抗体 | Sigma | A5316 | |
| 抗RARRES2抗体 | Proteintech | 10216-1-AP | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Zsgb-Bio | ZB-2301 | |
| Super ECL Plus化学发光底物 | Applygen | P1010 | |
| SuperSignal West Femto最大灵敏度底物 | Thermo Fisher | 34095 | |
| Image800荧光成像系统 | Cytiva | -- | |
| 细胞增殖实验 | xCELLigence实时细胞分析系统 | ACEA Biosciences | -- |
| IncuCyte S3活细胞成像系统 | Sartorius | -- | |
| 侵袭实验 | 基质胶 | Corning | 3422 |
| 脂质组学 | UHPLC系统1290 | Agilent Technologies | -- |
| Kinetex C18色谱柱 | Phenomenex | -- | |
| Q Exactive质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 药物处理 | 乙莫克舍 | 文中未明确说明 | -- |
| 雷帕霉素 | 文中未明确说明 | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(MDA-MB-231, 4T1, 293TN)及培养基和血清种类 阅读提示:Methods - Cell culture |
| 基因操作 | shRNA序列、过表达载体、转染试剂及筛选条件 阅读提示:Methods - Plasmid constructs and lentivirus transduction |
| 体外功能实验 | 细胞接种密度、培养时间、检测方法(RTCA/IncuCyte, Transwell) 阅读提示:Methods - Cell proliferation assay and In vitro invasion assay |
| 体内动物模型 | 小鼠品系、周龄、细胞注射数量和途径(颅内/心内)、成像时间 阅读提示:Methods - Mouse model of breast cancer metastasis to the brain |
| 脂质组学 | 细胞数量、裂解液、色谱柱、质谱参数 阅读提示:Methods - Identification of RARRES2-related lipids by mass spectrometry |