临床样本分析YAP与O-GlcNAcylation相关性
验证肝癌组织中YAP表达与整体O-GlcNAcylation是否相关。
对超过200例肝癌样本的组织芯片进行IHC染色,检测YAP、O-GlcNAc、TEAD、CTGF和Ki67,并进行相关性分析。
The essential role of YAP O-GlcNAcylation in high-glucose-stimulated liver tumorigenesis.
包含肝癌细胞系体外实验、患者组织芯片、裸鼠移植瘤模型、STZ糖尿病小鼠模型,并有功能验证和机制验证。
Bel-7402肝癌细胞系 SMMC-7721肝癌细胞系 Balb/c裸鼠皮下移植瘤模型 STZ诱导的糖尿病小鼠模型
YAP O-GlcNAcylation位点为Thr241,T241A突变降低YAP O-GlcNAcylation水平 高糖(15 mM)处理抑制LATS1与WT YAP结合,对T241A突变体作用不显著 YAP敲低可消除高糖诱导的细胞增殖和克隆形成增强 STZ诱导糖尿病小鼠中YAP O-GlcNAcylation升高,YAP敲低消除STZ诱导的移植瘤生长 PuGNAc(25 μM)联合GlcNAc(4 mM)处理24小时增强YAP O-GlcNAcylation和稳定性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证肝癌组织中YAP表达与整体O-GlcNAcylation是否相关。
对超过200例肝癌样本的组织芯片进行IHC染色,检测YAP、O-GlcNAc、TEAD、CTGF和Ki67,并进行相关性分析。
验证增强细胞O-GlcNAcylation是否影响YAP表达、磷酸化和转录活性。
在Bel-7402和SMMC-7721细胞中,用GlcNAc和/或PuGNAc处理、过表达或敲低OGT,检测TEAD荧光素酶活性、YAP及p-YAP蛋白水平、YAP和CTGF mRNA水平。
验证O-GlcNAcylation是否通过抑制βTrCP介导的降解来稳定YAP。
用CHX追踪YAP半衰期,过表达βTrCP和/或OGT,共免疫沉淀检测YAP与βTrCP相互作用。
验证O-GlcNAcylation是否通过YAP维持肝癌细胞的转化表型。
敲低OGT,同时过表达YAP或c-Fos,检测细胞增殖、克隆形成和Caspase 3/7活性;裸鼠移植瘤实验检测肿瘤生长。
确定YAP的O-GlcNAcylation位点及其功能重要性。
质谱分析鉴定YAP O-GlcNAc修饰肽段,点突变验证Thr241,检测T241A突变对YAP O-GlcNAcylation、磷酸化、LATS1结合、稳定性和促肿瘤能力的影响。
验证高糖是否通过YAP Thr241 O-GlcNAcylation促进肝肿瘤发生。
不同浓度葡萄糖处理细胞,检测YAP O-GlcNAcylation、LATS1结合、细胞增殖和凋亡;YAP敲低后检测高糖效应;STZ糖尿病小鼠模型检测肝脏YAP O-GlcNAcylation和移植瘤生长。
验证YAP是否通过调控HBP相关基因影响整体O-GlcNAcylation。
检测YAP过表达或敲低对HBP代谢物、葡萄糖摄取、OGT/Nudt9/SLC5A3表达和启动子活性的影响,以及整体O-GlcNAcylation水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 药物处理 | D-葡萄糖 | Sigma | -- |
| L-葡萄糖 | Sigma | -- | |
| PuGNAc | Sigma | -- | |
| GlcNAc | Sigma | -- | |
| 氯化钠 | Sangon | -- | |
| 质粒构建 | pGL4.21载体 | Promega | -- |
| 免疫组化 | 抗YAP抗体 | Abcam | ab52771 |
| 抗TEAD4抗体 | Abcam | 97460 | |
| 抗CTGF抗体 | Abcam | 6992 | |
| 抗O-GlcNAc抗体 | Abcam | ab2739 | |
| 抗cleaved Caspase 3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664 | |
| 抗Ki67抗体 | Abcam | ab15580 | |
| 抗O-T241-YAP抗体 | Biolynx Biotechnology LTD | -- | |
| Vectastain ABC试剂盒 | Vector Labs | -- | |
| 免疫荧光 | 抗YAP抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-101199 |
| 抗p-YAP抗体 | Abcam | ab76252 | |
| 抗OGT抗体 | Abcam | ab184198 | |
| Alexa-Fluor-488或-555标记二抗 | Life technologies | -- | |
| Western blot | 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 5174 |
| 抗OGT抗体 | Abcam | ab177941 | |
| 抗Myc标签抗体 | Cell Signaling Technology | 2276 | |
| 抗泛素抗体 | Cell Signaling Technology | 3936 | |
| 抗CTGF抗体 | Abcam | ab135812 | |
| 抗HA抗体 | Cell Signaling Technology | 2367 | |
| 抗FLAG抗体 | Cell Signaling Technology | 8146 | |
| 抗βTrCP抗体 | Cell Signaling Technology | 4394 | |
| 抗SLC5A3抗体 | Abcam | ab113245 | |
| 抗Nudt9抗体 | Abcam | ab170576 | |
| 抗c-Fos抗体 | Cell Signaling Technology | 2250 | |
| 抗p-LATS1抗体 | Cell Signaling Technology | 9157 | |
| 抗LATS1抗体 | Abcam | 70561 | |
| IRDye 800CW山羊抗小鼠IgG | LICOR | 926-32210 | |
| IRDye 800CW山羊抗兔IgG | LICOR | 926-32211 | |
| HRP标记抗兔IgG抗体 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| HRP标记抗小鼠IgG抗体 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| Odyssey双色红外激光成像系统 | LICOR | -- | |
| 荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶试剂 | Promega | -- |
| 细胞增殖实验 | MTT | -- | -- |
| Caspase 3/7活性检测 | Caspase 3/7 Glo荧光素酶试剂 | Promega | -- |
| qPCR | SYBR premix Ex Taq | TaKaRa | -- |
| 代谢物检测 | 葡萄糖检测试剂盒 | Applygen Biotechnology LTD | -- |
| ATP检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology LTD | -- | |
| 免疫共沉淀 | protein A/G-Sepharose | Novex | -- |
| Western/IP裂解液 | Beyotime | -- | |
| 蛋白质连接实验 | Duolink原位红色起始试剂盒(小鼠/兔) | Sigma | -- |
| 体外O-GlcNAcylation | 纯化人YAP蛋白 | Abnova | H00000116-P01 |
| 人OGT蛋白 | Abnova | H00008473-P01 | |
| UDP-GlcNAc | Sigma | -- | |
| O-GlcNAc位点酶标记 | Gal-T1Y289L | Invitrogen | -- |
| UDP-GalNAz | Invitrogen | -- | |
| 生物素炔烃 | Invitrogen | -- | |
| TAMRA炔烃 | Invitrogen | -- | |
| HRP标记链霉亲和素 | Beyotime | A0303 | |
| 抗TAMRA抗体 | Invitrogen | A6397 | |
| 动物实验 | 链脲佐菌素 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系来源(Bel-7402、SMMC-7721等)、GlcNAc 4 mM、PuGNAc 25 μM、葡萄糖浓度5.5-50 mM、处理时间24小时 阅读提示:Methods 'Cell culture and vectors'及Figure 2、Figure 6图注 |
| 动物模型 | STZ 40 mg/kg腹腔注射、5周龄Balb/c雄性小鼠、连续4天;裸鼠8周龄、皮下注射5×10^6细胞、每组n=5、肿瘤监测36或72天 阅读提示:Methods 'Mouse experiments' |
| 组织芯片分析 | TMA来源(U.S. Biomax #20810)、抗体稀释比例、卡方检验 阅读提示:Methods 'Immunohistochemistry and immunofluorescence'及Figure 1图注 |
| YAP O-GlcNAcylation位点鉴定 | 质谱参数(肽段质量容差20 p.p.m.、碎片质量容差0.05 Da、动态修饰+203.079373 Da)、点突变列表 阅读提示:Methods 'Mass spectrometry analysis'及Supplementary Fig. 5-8 |
| 体外O-GlcNAcylation反应 | YAP 1 μM、OGT 0.125 μM、UDP-GlcNAc 10 μM、37°C 90分钟 阅读提示:Methods 'In vitro O-GlcNAcylation of YAP' |