MUC5AC表达分析
评估MUC5AC在结直肠癌患者组织及细胞系中的表达水平。
使用TCGA数据库、组织芯片免疫组化、qRT-PCR和Western blot检测MUC5AC表达。
Molecular implications of MUC5AC-CD44 axis in colorectal cancer progression and chemoresistance
包括体外细胞功能实验、体内皮下和原位小鼠模型、患者组织芯片及TCGA数据库分析等多个独立证据层级,并明确包含机制验证。
HCT-8结直肠癌细胞系 LS174T结直肠癌细胞系 皮下及结肠原位异种移植小鼠模型 结直肠癌患者组织样本
MUC5AC敲除(KO)克隆的验证 5-FU和奥沙利铂的给药浓度和时间 小鼠模型中细胞注射数量及给药方式 组织芯片和TCGA数据集中的样本量和统计方法 CD44 siRNA转染浓度(80 nM)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估MUC5AC在结直肠癌患者组织及细胞系中的表达水平。
使用TCGA数据库、组织芯片免疫组化、qRT-PCR和Western blot检测MUC5AC表达。
探究MUC5AC对结直肠癌细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。
通过shRNA敲低或CRISPR/Cas9敲除MUC5AC,进行MTT增殖实验、集落形成实验、Boyden小室迁移和侵袭实验。
评估MUC5AC对结直肠癌细胞干性和侧群细胞比例的影响。
使用Hoechst染色和FACS分离侧群(SP)和非侧群(NSP)细胞,检测MUC5AC和CD44表达,并进行肿瘤球形成实验。
阐明MUC5AC与CD44的相互作用及其介导的信号通路。
通过免疫共沉淀和免疫荧光验证MUC5AC与CD44的物理相互作用和共定位,通过Western blot检测Src、paxillin、整合素β4、AKT等信号分子变化。
验证MUC5AC在体内对肿瘤生长和转移的影响。
将MUC5AC敲低或敲除细胞皮下注射或原位注射到裸鼠,监测肿瘤体积和转移。
评估MUC5AC对5-FU和奥沙利铂耐药的影响并探索机制。
用5-FU或奥沙利铂处理细胞,检测细胞活力、细胞周期和凋亡相关蛋白变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 基因沉默 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 基因敲除 | CRISPR/Cas9载体pD1401-AD | ATUM | -- |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche Diagnostics | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 化学发光试剂 | GE Healthcare Bio-Sciences | -- | |
| MUC5AC抗体 | Millipore | #MAB2011 | |
| 磷酸化Src Y416抗体 | Cell Signaling Technology | #2101 | |
| Src抗体 | Cell Signaling Technology | #2108 | |
| CD44抗体 | Cell Signaling Technology | #3570 | |
| Cleaved PARP抗体 | Cell Signaling Technology | #9542 | |
| Cleaved caspase 9抗体 | Cell Signaling Technology | #20750 | |
| p21抗体 | Cell Signaling Technology | #2947 | |
| β-catenin抗体 | Cell Signaling Technology | #19807 | |
| 磷酸化AKT S473抗体 | Cell Signaling Technology | #4060 | |
| AKT抗体 | Cell Signaling Technology | #2920 | |
| Lrp6抗体 | Cell Signaling Technology | #2560 | |
| CD133抗体 | Cell Signaling Technology | #5860 | |
| Paxillin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-365174 | |
| p53抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-126 | |
| Chk1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8408 | |
| β-actin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-47778 | |
| 整合素β4抗体 | Abcam | #ab29042 | |
| Lgr5抗体 | ThermoFisher Scientific | #PA5-49691 | |
| RT-qPCR | Qiagen试剂盒 | Qiagen | -- |
| SuperScript II逆转录酶 | Invitrogen | -- | |
| SYBR Green荧光染料 | -- | -- | |
| 免疫荧光 | 正常山羊血清 | Jackson Immunoresearch Labs | -- |
| FITC标记抗小鼠二抗 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| Vectashield封片剂 | Vector Laboratories | -- | |
| DAPI | -- | -- | |
| LSM 510共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| 细胞周期分析 | 碘化丙啶 | -- | -- |
| Telford试剂 | -- | -- | |
| 免疫沉淀 | Protein A/G plus琼脂糖珠 | Santa Cruz Biotechnology | -- |
| 侧群细胞分离 | 维拉帕米 | -- | -- |
| Hoechst 33342染料 | -- | -- | |
| 条件培养基制备 | Amicon Ultra 15 mL离心过滤器 | -- | -- |
| ELISA | MUC5AC捕获抗体 | -- | -- |
| 生物素化检测抗体 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 链霉亲和素-HRP | -- | -- | |
| TMB底物 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 体内实验 | 萤火虫荧光素酶+IRES-eGFP慢病毒颗粒 | GeneCopoeia | -- |
| D-荧光素 | Caliper Life Sciences | -- | |
| IVIS成像系统 | -- | -- | |
| 免疫组织化学 | 组织芯片 | US Biomax Inc. | -- |
| Impress试剂盒 | Vector Laboratories | -- | |
| DAB底物试剂盒 | Vector Laboratories | -- | |
| Permount封片剂 | Fisher Scientific | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 7.0 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、抗生素浓度、培养条件 阅读提示:Methods: Cell lines and culture |
| 基因沉默 | shRNA序列、转染试剂、转染时间、筛选药物及浓度 阅读提示:Methods: Gene silencing by shRNA or siRNA transfection |
| 基因敲除 | gRNA序列、CRISPR载体、转染时间、单克隆筛选 阅读提示:Methods: CRISPR/Cas9-driven MUC5AC gene knockout in colon cell lines |
| 侧群细胞分离 | 细胞数量、verapamil浓度、Hoechst 33342浓度、孵育时间 阅读提示:Methods: Isolation of side or stem cell population |
| 肿瘤球实验 | 培养基、补充剂、细胞数量、培养时间 阅读提示:Methods: Tumor spheroid assay |
| 免疫沉淀 | 抗体类型和浓度、孵育时间 阅读提示:Methods: Immunoprecipitation |
| 条件培养基实验 | 血清浓度、收集时间、过滤方式、浓缩方法 阅读提示:Methods: Preparation of MUC5AC-conditioned media |
| 体内肿瘤实验 | 细胞数量、注射部位、裸鼠品系和年龄、麻醉方式、监测时间点 阅读提示:Methods: In vivo tumorigenesis |
| 化疗处理 | 药物浓度和处理时间 阅读提示:Methods: Cell cycle analysis; Results: Presence of MUC5AC mediates resistance to 5-FU |