建立刚度可控的3D乳腺腺泡与类器官培养
在接近正常乳腺和肿瘤组织的ECM刚度下观察上皮形态与侵袭。
在胶原I包被的聚丙烯酰胺水凝胶上以Matrigel覆盖法培养人MCF10A、MCF10DCIS、小鼠Eph4Ras腺泡及PIM025/PIM046 PDX类器官。
Extracellular matrix rigidity controls breast cancer metastasis via TYK2-mediated mechanotransduction.
含3D水凝胶腺泡、PDX类器官、小鼠原位移植瘤与患者组织芯片,并做遗传和药理功能及机制验证
人MCF10A及MCF10DCIS乳腺腺泡3D培养 小鼠Eph4Ras乳腺腺泡3D培养 PIM025/PIM046患者来源TNBC PDX类器官 MCF10DCIS及PIM025原位移植瘤小鼠模型
3D聚丙烯酰胺水凝胶刚度范围150–5700 Pa,培养5天 TYK2抑制剂deucravacitinib 200 nM、zasocitinib及AZD1480处理5天 原位移植后deucravacitinib 30 mg/kg/day每日口服灌胃3~5周 MCF10DCIS每侧注射100万个细胞,每组6~10只雌性NSG小鼠 侵袭结构按预定形态标准计数,每组至少5个随机视野,三次独立生物学重复
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
在接近正常乳腺和肿瘤组织的ECM刚度下观察上皮形态与侵袭。
在胶原I包被的聚丙烯酰胺水凝胶上以Matrigel覆盖法培养人MCF10A、MCF10DCIS、小鼠Eph4Ras腺泡及PIM025/PIM046 PDX类器官。
验证TYK2在低刚度下是否抑制EMT和侵袭。
shRNA敲低TYK2,或用momelotinib、filgotinib、deucravacitinib、zasocitinib、AZD1480处理腺泡和PDX类器官,计数侵袭结构并检测E-cadherin、vimentin、TWIST1定位。
解析TYK2抑制EMT的分子链路。
检测TWIST1核定位、TWIST1/G3BP2邻位连接、TYK2与EPHA2共免疫沉淀、EPHA2 S897和LYN Y416磷酸化,并进行TWIST1/TYK2双敲低及LYN抑制剂bafetinib处理。
检验IFNAR1是否作为TYK2膜锚定分子而不依赖经典干扰素/JAK/STAT信号。
敲低IFNAR1、IFNAR2或JAK1,使用I型干扰素中和抗体、IFNα、STAT3抑制剂,检测侵袭、TYK2定位及TYK2与IFNAR1/EPHA2相互作用。
确定TYK2在乳腺肿瘤原位生长和肺转移中的功能。
将GFP标记的MCF10DCIS或PIM025 PDX类器官原位注入雌性NSG小鼠乳腺脂肪垫,敲低TYK2或IFNAR1,或用deucravacitinib口服灌胃,评估原发瘤重量、局部侵袭和GFP阳性肺转移结节。
验证TYK2膜定位丢失与侵袭性乳腺癌的关联。
对正常乳腺组织、乳腺癌组织芯片BR248a及Human Protein Atlas免疫组化图像进行TYK2、E-cadherin和DAPI染色及线扫描分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | -- | -- |
| 马血清 | -- | -- | |
| 人表皮生长因子 | -- | -- | |
| 胰岛素 | -- | -- | |
| 氢化可的松 | -- | -- | |
| 霍乱毒素 | -- | -- | |
| 支原体检测 | 支原体检测试剂盒 | Lonza | -- |
| 质粒构建 | 定点突变试剂盒 | Agilent | -- |
| 病毒包装与感染 | 转染试剂 | Mirus Bio | -- |
| 病毒浓缩 | 慢病毒浓缩试剂 | -- | -- |
| 病毒感染 | 硫酸鱼精蛋白 | -- | -- |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 杀稻瘟菌素 | -- | -- | |
| 水凝胶制备 | 3-氨丙基三乙氧基硅烷 | Sigma-Aldrich | -- |
| 磺基-SANPAH | -- | -- | |
| 大鼠尾I型胶原 | -- | -- | |
| 细胞培养 | 基质胶 | Corning | -- |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | -- | -- |
| 山羊血清 | -- | -- | |
| MOM试剂 | -- | -- | |
| 含DAPI封片剂 | Vector Laboratories | -- | |
| 免疫沉淀 | 蛋白G磁珠 | Invitrogen | -- |
| 蛋白A磁珠 | Invitrogen | -- | |
| 二琥珀酰亚胺辛二酸酯 | Pierce | -- | |
| 蛋白裂解 | 蛋白酶抑制剂混合物 | CalBiochem | -- |
| 免疫沉淀 | LDS上样缓冲液 | -- | -- |
| Simple Western | 5X荧光预混液 | -- | -- |
| RNA提取 | TRI试剂 | Sigma Aldrich | -- |
| RNA提取试剂盒 | Takara | -- | |
| 逆转录 | cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | -- |
| 邻位连接实验 | Duolink邻位连接试剂盒 | Sigma Aldrich | -- |
| 免疫组化 | 正常马血清封闭液 | Vector Labs | -- |
| HRP马抗小鼠IgG聚合物检测试剂盒 | Vector Labs | -- | |
| DAB底物试剂盒 | Vector Labs | -- | |
| PDX类器官分离 | 胶原酶A | -- | -- |
| DNA酶 | -- | -- | |
| 100 μm滤网 | -- | -- | |
| Western blot | TYK2抗体 | Sigma-Aldrich | HPA005157 |
| TYK2抗体 | GeneTex | GTX61449 | |
| 磷酸化TYK2抗体 | Cell Signaling Technology | 68790 | |
| 磷酸化酪氨酸抗体 | Cell Signaling Technology | 9411 | |
| TWIST抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-81417 | |
| G3BP2抗体 | Sigma-Aldrich | HPA018425 | |
| E-钙黏蛋白抗体 | BD Biosciences | 610181 | |
| 波形蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 5741 | |
| 纤连蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | F3548 | |
| STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9139 | |
| 磷酸化STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9145 | |
| STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 9172 | |
| 磷酸化STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 9167 | |
| STAT5抗体 | Cell Signaling Technology | 57580 | |
| 磷酸化STAT5抗体 | Cell Signaling Technology | 4322 | |
| EPHA2抗体 | Cell Signaling Technology | 6997 | |
| 磷酸化EPHA2抗体 | Cell Signaling Technology | 6347 | |
| LYN抗体 | Cell Signaling Technology | 2796 | |
| 磷酸化SFK抗体 | Cell Signaling Technology | 2101 | |
| IFNAR1抗体 | Abcam | ab45172 | |
| FLAG抗体 | Cell Signaling Technology | 14793 | |
| 免疫沉淀 | 兔IgG | Cell Signaling Technology | 2729 |
| Western blot | FAK抗体 | Cell Signaling Technology | 13009 |
| 磷酸化FAK抗体 | Invitrogen | 44-625G | |
| 功能阻断 | AIIB2 β1整合素阻断抗体 | Developmental Studies Hybridoma Bank | AB_528306 |
| 免疫荧光 | 层粘连蛋白V抗体 | -- | -- |
| KRT5抗体 | Invitrogen | PA5-32465 | |
| 免疫组化 | Ki-67抗体 | Invitrogen | MA5-14520 |
| Western blot | GAPDH抗体 | GeneTex | GTX100118 |
| 药物处理 | 莫美替尼 | -- | -- |
| 非戈替尼 | -- | -- | |
| 氘可来昔替尼 | InvivoChem | -- | |
| zasocitinib | -- | -- | |
| AZD1480 | -- | -- | |
| 巴非替尼 | -- | -- | |
| VS-4718 | -- | -- | |
| C188-9 | -- | -- | |
| SH-4-54 | -- | -- | |
| 动物实验 | 聚乙二醇300 | -- | -- |
| 维生素E聚乙二醇琥珀酸酯 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 3D水凝胶腺泡与类器官培养 | 聚丙烯酰胺水凝胶刚度校准范围150–320 Pa与1100–5700 Pa;胶原I包被;Matrigel覆盖;培养5天 阅读提示:Methods中Three-dimensional (3D) cell culture in polyacrylamide hydrogels of various stiffness及Supplementary Fig. 1 |
| TYK2遗传学和药理学抑制 | TYK2 shRNA序列见Supplementary Table 1;momelotinib和filgotinib 20 nM、100 nM;deucravacitinib 200 nM;处理5天;每组n=5~6孔,三次独立实验 阅读提示:Fig. 1、Fig. 2图注及Methods中Lentivirus and retrovirus packaging |
| TWIST1与EPHA2/LYN机制验证 | 低刚度320 Pa与高刚度1100、5700 Pa;TYK2/TWIST1双敲低;bafetinib处理;EPHA2 S897和LYN Y416磷酸化检测 阅读提示:Fig. 3图注及Supplementary Fig. 3 |
| IFNAR1锚定与干扰素信号独立性 | IFNAR1、IFNAR2或JAK1敲低;I型干扰素中和抗体和IFNα处理;STAT3抑制剂C188-9和SH-4-54;培养5天,每组n=5孔,三次独立实验 阅读提示:Fig. 5图注及Supplementary Fig. 6 |
| MCF10DCIS原位移植瘤与deucravacitinib治疗 | 每侧注射100万个GFP标记细胞;6~8周龄雌性NSG小鼠;deucravacitinib 30 mg/kg/day每日口服灌胃3~5周;每组n=6~7只,肿瘤n=12~14 阅读提示:Fig. 6图注及Methods中Xenograft tumor assay and PDX-derived tumor assay in vivo |
| PIM025 PDX类器官原位移植与deucravacitinib治疗 | 每侧注射100万个GFP标记PDX类器官细胞;移植2周后随机分组;deucravacitinib每日口服灌胃5周;每组n=10只,肿瘤n=20 阅读提示:Fig. 7图注及Methods中Xenograft tumor assay and PDX-derived tumor assay in vivo |
| 患者组织芯片TYK2定位分析 | BR248a含6例正常乳腺、17例浸润性癌和1例髓样癌;TYK2、E-cadherin和DAPI染色;10X物镜扫描并盲法评分 阅读提示:Fig. 4图注及Methods中Normal and tumor breast tissue microarrays |