生物信息学筛选候选介质
鉴定介导HDAC6抑制所致中枢瘦素增敏的候选因子。
对TubA处理DIO小鼠下丘脑转录组和瘦素处理LepR+神经元基因表达特征进行CMap分析,取连接性评分均值,优先选择黏着斑激酶。
The focal adhesion kinases regulate leptin action and the weight reducing effect of HDAC6 inhibition.
含体外细胞系、Pyk2 KO小鼠、AAV下丘脑敲低小鼠及DIO模型,并有功能与机制验证
N1-LepRb小鼠下丘脑细胞系 HEK-293T细胞 JAK2−/− MEF和γ2a成纤维细胞 Pyk2 KO小鼠及DIO野生型小鼠
TubA腹腔注射剂量15 mg/kg,连续5天或约2周 PF-431396中枢注射剂量2.5 µg(icv,500 nL) 瘦素腹腔注射剂量5或10 mg/kg AAV2-CMV-Pyk2/Fak shRNA双侧注射500 nL至弓状核和DMH HFD喂养24周诱导Pyk2 KO小鼠肥胖
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定介导HDAC6抑制所致中枢瘦素增敏的候选因子。
对TubA处理DIO小鼠下丘脑转录组和瘦素处理LepR+神经元基因表达特征进行CMap分析,取连接性评分均值,优先选择黏着斑激酶。
确定黏着斑激酶是否参与TubA诱导的体重下降。
DIO野生型小鼠侧脑室置管后中枢输注PF或溶剂,同时腹腔注射TubA或溶剂;另用Pyk2 KO小鼠和野生型同窝对照进行TubA处理。
确定FAK/PYK2是否作为STAT3激酶发挥作用。
HEK-293T细胞共过表达STAT3与FAK或PYK2(野生型或激酶失活突变体),免疫共沉淀和免疫印迹检测;N1-LepRb细胞敲低Fak/Pyk2后瘦素刺激检测pSTAT3;STAT3荧光素酶报告基因检测PF对转录活性的影响。
评估中枢抑制或敲除黏着斑激酶对瘦素厌食效应和STAT3活化的影响。
瘦素禁食再喂养实验中侧脑室注射PF后腹腔注射瘦素,检测摄食和体重;免疫印迹和免疫组化检测下丘脑pSTAT3;Pyk2 KO小鼠进行瘦素反应测试;AAV介导下丘脑Pyk2/Fak双敲低后检测瘦素反应、体重、摄食和体成分。
确定下丘脑黏着斑激酶是否介导HDAC6抑制剂的减重作用。
对AAV shScr或shPyk2/Fak的DIO小鼠进行TubA或ACY775处理,监测体重和摄食。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | PF-431396 | Tocris Bioscience | -- |
| Tubastatin A盐酸盐 | Medchem Express | -- | |
| 重组小鼠瘦素 | Sigma-Aldrich | L3772 | |
| 血管紧张素II | Sigma-Aldrich | -- | |
| 细胞培养 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 聚凝胺 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 嘌呤霉素 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Western blot | 抗磷酸化STAT3Y705抗体 | Cell Signaling Technology | 9145 |
| 抗STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9139 | |
| 抗磷酸化PYK2Y402抗体 | Cell Signaling Technology | 3291 | |
| 抗PYK2抗体 | Cell Signaling Technology | 3480 | |
| 抗磷酸化FAKY397抗体 | Cell Signaling Technology | 8556 | |
| 抗FAK抗体 | Cell Signaling Technology | 13009 | |
| HRP偶联抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 8884 | |
| 抗α微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 3873 | |
| 抗乙酰化α微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 5335 | |
| 抗FLAG标签抗体 | Cell Signaling Technology | 14793 | |
| 抗myc标签抗体 | Cell Signaling Technology | 2278 | |
| HRP偶联抗兔IgG | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| HRP偶联抗鼠IgG | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| Dylight 800偶联抗兔IgG | Cell Signaling Technology | 5151 | |
| Dylight 680偶联抗鼠IgG | Cell Signaling Technology | 5470 | |
| 免疫沉淀 | Protein A/G磁珠 | -- | -- |
| Western blot | West Femto ECL底物 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RNA提取与逆转录 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | cDNA逆转录试剂盒 | Invitrogen | -- |
| RT-qPCR | SYBR Green qPCR预混液 | Invitrogen | -- |
| RNAscope原位杂交 | RNAscope Mm-Ptk2-C1探针 | Advanced Cell Diagnostics | 511721 |
| RNAscope Mm-Ob-r-C2探针 | Advanced Cell Diagnostics | 402731-C2 | |
| RNAscope Mm-Ptk2b-C3探针 | Advanced Cell Diagnostics | 506861-C3 | |
| 病毒注射 | AAV2-CMV-Pyk2/Fak shRNA病毒 | VectorBuilder/University of Michigan Vector Core | -- |
| AAV2-CMV-乱序shRNA病毒 | University of Michigan Vector Core | -- | |
| 侧脑室置管 | 不锈钢引导套管 | Plastics One | -- |
| 侧脑室注射 | 2微升Hamilton注射器 | Plastics One | -- |
| 动物饲养 | 常规饲料5LOD | Lab Diet, Purina | -- |
| 高脂饲料D12492 | Research Diets | D12492 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| TubA减重效应与中枢PF干预 | TubA剂量15 mg/kg、腹腔每日一次、连续5天;PF中枢剂量2.5 µg(500 nL);DIO小鼠n=4–7/组 阅读提示:Methods“Fasting and re-feeding studies”及Fig. 2图注 |
| Pyk2 KO小鼠TubA响应 | Pyk2 KO小鼠HFD喂养24周;TubA每日腹腔注射约2周;n=6 WT、n=5 Pyk2 KO 阅读提示:Fig. 2图注及Methods“Mice” |
| FAK/PYK2激活STAT3的体外验证 | Stat3转染0.25 µg;Fak/Pyk2转染0.25–1.75 µg;瘦素40 ng/mL;PF 330 nM–3.3 µM 阅读提示:Fig. 3图注及Methods“Cell culture and transfection” |
| 下丘脑AAV双敲低 | AAV注射量500 nL/侧,双侧注射至弓状核和DMH;病毒注射后恢复3周;仅男性小鼠;n=6–25/组 阅读提示:Methods“Stereotaxic viral injections”及Fig. 7图注 |
| 瘦素厌食效应体内实验 | 禁食23 h后侧脑室注射PF 2.5 µg,30 min后腹腔注射瘦素5或10 mg/kg;摄食监测3、6、16、24 h 阅读提示:Methods“Fasting and re-feeding studies”及Fig. 5图注 |