HK2 SUMO化修饰的鉴定
验证HK2是否发生SUMO化并确定修饰位点及去SUMO化酶。
在293T和PC3细胞中共表达HA-HK2、UBC9和SUMO1/2,通过免疫共沉淀和Western blot检测HK2 SUMO化;利用位点突变(K315R、K492R、DKR)和Ni2+-NTA pull-down确认修饰位点;通过敲低SENP1/2/3和过表达SENP1/UBC9检测去SUMO化酶。
SUMOylation controls the binding of hexokinase 2 to mitochondria and protects against prostate cancer tumorigenesis.
包含体外细胞模型、小鼠皮下移植瘤模型及患者组织芯片队列,并进行了功能验证与机制验证。
PC3前列腺癌细胞系 LNCaP前列腺癌细胞系 22Rv1前列腺癌细胞系 BALB/c nude小鼠皮下移植瘤模型
HK2 SUMO化位点为K315和K492,SENP1介导去SUMO化 SUMO缺陷型HK2(K315/492R)增强与VDAC1结合及线粒体定位 SUMO缺陷型HK2增强糖酵解并降低线粒体呼吸 SUMO缺陷型HK2促进细胞增殖和皮下肿瘤生长 SUMO缺陷型HK2保护细胞免受多西他赛诱导的凋亡
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证HK2是否发生SUMO化并确定修饰位点及去SUMO化酶。
在293T和PC3细胞中共表达HA-HK2、UBC9和SUMO1/2,通过免疫共沉淀和Western blot检测HK2 SUMO化;利用位点突变(K315R、K492R、DKR)和Ni2+-NTA pull-down确认修饰位点;通过敲低SENP1/2/3和过表达SENP1/UBC9检测去SUMO化酶。
探究SUMO化是否调控HK2与线粒体外膜VDAC1的结合及亚细胞定位。
在PC3细胞中敲低UBC9或SENP1,通过免疫共沉淀检测HK2与VDAC1结合;用MitoTracker和免疫荧光共定位分析HK2与线粒体的重叠;通过线粒体分离和Western blot检测HK2在线粒体与胞质组分的分布。
验证SUMO化缺陷型HK2对糖酵解和线粒体呼吸功能的影响。
在PC3细胞中表达不同HK2突变体,测量葡萄糖消耗和乳酸生成;使用Seahorse XF96分析ECAR和OCR;用DCFH-DA和MitoTracker检测ROS水平。
评估SUMO化缺陷型HK2对前列腺癌细胞增殖和体内成瘤能力的影响。
通过细胞计数、BrdU掺入和软琼脂集落形成实验检测细胞增殖;在BALB/c nude小鼠中皮下接种PC3细胞,观察肿瘤生长。
探究SUMO化缺陷型HK2是否保护前列腺癌细胞免受多西他赛诱导的凋亡。
用多西他赛处理PC3和LNCaP细胞,检测HK2 SUMO化和线粒体定位;通过CCK-8和Annexin V/PI流式检测细胞活力和凋亡;在移植瘤模型中给予多西他赛治疗并检测cleaved-caspase 3。
分析SENP1和HK2表达与前列腺癌患者预后及化疗反应的关系。
对前列腺癌组织芯片进行HK2和SENP1免疫组化染色,分析其与Gleason评分、生化进展无生存及多西他赛化疗后生化复发的关系;分析TCGA和GEO数据集。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 质粒构建与突变 | KOD-plus试剂盒 | TOYOBO | -- |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 支原体检测 | MycoAlertTM支原体检测试剂盒 | Lonza | LT07-418 |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Scientific | 23227 |
| 抗SENP2抗体 | Abcam | ab58418 | |
| 抗HIF-1α抗体 | Cell Signaling Technology | 79233 | |
| 抗磷酸苏氨酸抗体 | Cell Signaling Technology | 9386 | |
| 抗Ubc9抗体 | Cell Signaling Technology | 4786 | |
| 抗BrdU抗体 | Cell Signaling Technology | 5292 | |
| 抗泛素抗体 | Cell Signaling Technology | 3936 | |
| 抗cleaved-caspase 3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661 | |
| 抗SUMO1抗体 | Cell Signaling Technology | 4930 | |
| 抗SUMO2/3抗体 | Cell Signaling Technology | 4971 | |
| 抗SENP1抗体 | Cell Signaling Technology | 11929 | |
| 抗SENP3抗体 | Cell Signaling Technology | 5591 | |
| 抗HA标签抗体 | Cell Signaling Technology | 3724 | |
| 抗Flag标签抗体 | Cell Signaling Technology | 14793 | |
| 抗己糖激酶1抗体 | Proteintech | 19662-1-AP | |
| 抗己糖激酶2抗体 | Proteintech | 22029-1-AP | |
| 抗VDAC1抗体 | Proteintech | 10866-1-AP | |
| 抗α微管蛋白抗体 | Proteintech | 66031-1-Ig | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| SUMO化检测 | 镍柱琼脂糖珠 | Qiagen | -- |
| RNA提取与qPCR | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| cDNA合成试剂盒 | Takara | -- | |
| SYBER Green预混液 | Takara | -- | |
| Bio-Rad CFX Manager 3.0系统 | Bio-Rad | -- | |
| 葡萄糖消耗检测 | 葡萄糖(GO)检测试剂盒 | Sigma | GAGO-20 |
| 乳酸生成检测 | D-乳酸比色检测试剂盒 | Sigma | MAK058 |
| ROS检测 | 2′,7′-二氯荧光黄双乙酸盐 | Sigma | D6883 |
| Seahorse分析 | XF96细胞外流量分析仪 | Seahorse Bioscience | -- |
| 细胞线粒体压力测试试剂盒 | -- | -- | |
| 糖酵解压力测试试剂盒 | -- | -- | |
| 己糖激酶活性检测 | 己糖激酶活性检测试剂盒 | Sigma | MAK091 |
| BrdU掺入实验 | Alexa 488标记二抗 | -- | -- |
| 软琼脂集落形成实验 | Bacto琼脂 | Amresco | -- |
| 细胞活力检测 | 多西他赛 | Selleck | S1148 |
| 细胞计数试剂盒-8 | MedChemExpress | -- | |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | Invitrogen | V13242 |
| 免疫荧光 | MitoTracker Red CMXRos线粒体探针 | Invitrogen | M7512 |
| 抗HK2抗体 | Proteintech | 22029-1-AP | |
| 抗HA抗体 | Cell Signaling Technology | 3724 | |
| 驴抗兔IgG H&L,Alexa Fluor® 488 | Abcam | ab150061 | |
| DAPI染料 | Sigma | D9542 | |
| Zeiss LSM710共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| 免疫组化 | 抗SENP1抗体 | Abcam | ab108981 |
| 抗cleaved-caspase 3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661 | |
| 抗己糖激酶2抗体 | Proteintech | 22029-1-AP | |
| 抗兔EnVisionTM试剂盒 | DAKO | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| HK2 SUMO化位点鉴定 | 突变位点K315R、K492R、DKR;转染质粒用量;Ni2+-NTA pull-down缓冲液配方 阅读提示:Methods 'SUMOylation assays by Ni2+-NTA pull down'及Figure 1e |
| SUMO化对HK2线粒体结合的影响 | UBC9/SENP1敲低效率;线粒体分离离心参数;免疫荧光抗体稀释比例 阅读提示:Methods 'Isolation of the mitochondria and protein fractionation'及Figure 2 |
| 糖酵解和线粒体呼吸分析 | Seahorse分析中细胞接种数、药物浓度(oligomycin、FCCP、rotenone、2-DG) 阅读提示:Methods 'Oxygen consumption rate (OCR) and extracellular acidification rate (ECAR)'及Figure 3 |
| 皮下移植瘤实验 | 小鼠品系、细胞接种数量、多西他赛给药剂量和方案、肿瘤体积测量公式 阅读提示:Methods 'Subcutaneous tumor implantation'及Figure 4、Supplementary Fig. 5 |
| 患者组织芯片分析 | 患者样本量、染色评分标准、生存分析终点 阅读提示:Methods 'Human prostate cancer tissue microarray and immunohistochemistry analysis'及Figure 6 |