建立G3BP1敲低的衰老细胞模型
确认G3BP1缺失是否影响细胞进入衰老。
在WI-38和IMR-90细胞中用siRNA敲低G3BP1,通过电离辐射(10 Gy)或HRASG12V过表达诱导衰老,检测SA-β-gal、SAHF、Lamin B1、γH2AX、Ki-67及p21/p16等标志物。
G3BP1 controls the senescence-associated secretome and its impact on cancer progression.
包含体外细胞模型、RNA测序、分子机制验证及小鼠体内肿瘤模型,具备功能与机制验证。
WI-38人胚肺成纤维细胞 IMR-90人胚肺成纤维细胞 A549肺癌细胞 NSG小鼠皮下共注射肿瘤模型
衰老诱导方式:电离辐射10 Gy或HRASG12V慢病毒过表达 G3BP1敲低:siRNA靶向外显子4(siG3BP1 #1)和外显子7(siG3BP1 #2) EGCG处理浓度:10、20、40 μM 体内共注射细胞数量:A549 mPlum细胞2.5×10^5,衰老WI-38细胞5×10^5 cGAMP补充浓度:1 μg/mL处理24 h
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认G3BP1缺失是否影响细胞进入衰老。
在WI-38和IMR-90细胞中用siRNA敲低G3BP1,通过电离辐射(10 Gy)或HRASG12V过表达诱导衰老,检测SA-β-gal、SAHF、Lamin B1、γH2AX、Ki-67及p21/p16等标志物。
明确G3BP1缺失对衰老相关分泌表型及信号通路的影响。
对照射后WI-38细胞进行RNA测序和IPA分析,用qPCR验证SASP因子mRNA,用多重蛋白芯片检测条件培养基中SASP因子,用Western blot和免疫荧光检测NF-κB和STAT3活化。
确定G3BP1是否通过cGAS及I型干扰素通路影响SASP。
检测IFNB1 mRNA和IRF3磷酸化,免疫荧光观察cGAS与胞质染色质片段共定位,双敲低G3BP1和cGAS,补充cGAMP(1 μg/mL,24 h)检测通路恢复,使用EGCG(10、20、40 μM)抑制G3BP1。
验证G3BP1缺失的衰老细胞是否丧失促进肿瘤细胞增殖和迁移的能力。
使用Transwell共培养体系将衰老WI-38细胞与A549或CBSF-4T细胞共培养,计数A549细胞生长,用划痕实验检测迁移。
在体内验证G3BP1缺失的衰老细胞是否影响肿瘤生长。
将A549 mPlum细胞单独或与衰老WI-38细胞共注射到NSG小鼠皮下,监测肿瘤体积和荧光信号。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良鹰培养基 | Invitrogen | -- |
| 胎牛血清 | Sigma | -- | |
| 青霉素/链霉素抗生素 | Sigma | -- | |
| siRNA转染 | jetPRIME转染试剂 | Polyplus | -- |
| siRNA | 靶向G3BP1外显子1的siRNA | Ambion | n332329 |
| 靶向G3BP1外显子4的siRNA | Ambion | 126650 | |
| 靶向G3BP1外显子7的siRNA | Ambion | 126651 | |
| 对照siRNA | Dharmacon | -- | |
| β-半乳糖苷酶染色 | C12FDG | ThermoFisher | D2893 |
| 巴弗洛霉素A1 | Sigma-Aldrich | B1793-2UG | |
| 衰老细胞组织化学染色试剂盒 | Sigma | CS0030 | |
| 免疫荧光 | 抗H3K9me3抗体 | Abcam | ab8898 |
| 抗磷酸化组蛋白H2A.X抗体 | Cell Signaling Technology | 5438 | |
| 抗Ki-67抗体 | Abcam | ab16667 | |
| 抗p65抗体 | Abcam | ab16502 | |
| 抗cGAS抗体 | Thermo Fisher Scientific | 14-5158-82 | |
| Western blot | 抗G3BP1抗体 | Homemade | -- |
| 抗微管蛋白抗体 | Developmental Studies Hybridoma Bank | -- | |
| 抗核纤层蛋白B1抗体 | Abcam | ab16048 | |
| 抗RB抗体 | Abcam | ab181616 | |
| 抗磷酸化RB抗体 | Cell Signaling Technology | 8516 | |
| 抗p53抗体 | Millipore | OP43-100UG | |
| 抗磷酸化p53抗体 | Cell Signaling Technology | 9284 | |
| 抗p21抗体 | Abcam | ab7960 | |
| 抗p16抗体 | Abcam | ab108349 | |
| 抗STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9139 | |
| 抗磷酸化STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9145 | |
| 抗IκBα抗体 | Cell Signaling Technology | 4814 | |
| 抗磷酸化IκBα抗体 | Abcam | ab92700 | |
| 抗IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | 11904 | |
| 抗磷酸化IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | 4947 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-rad | 1708891 | |
| SsoFast EvaGreen预混液 | Bio-rad | 172-5203 | |
| cGAMP补充 | 哺乳动物环二核苷酸cGAMP | Invivogen | tlrl-nacga23 |
| EGCG处理 | 表没食子儿茶素没食子酸酯 | Sigma | E4143 |
| Transwell共培养 | Transwell渗透性支持膜 | Costar | 3412 |
| 体内肿瘤成像 | CellBrite™ NIR790细胞质膜染料 | Biotium | 30079 |
| Q-Lumi活体成像系统 | MediLumine | -- | |
| 细胞培养 | RPMI培养基 | Wisent | 350-000-EL |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 衰老诱导与G3BP1敲低 | 细胞系(WI-38、IMR-90)、衰老诱导方式(电离辐射10 Gy或HRASG12V过表达)、siRNA靶向外显子(4和7)、检测时间(照射后8天) 阅读提示:Methods中Cell culture和siRNA小节,Figure 1及Supplementary Fig. 1-4 |
| SASP因子检测 | 条件培养基收集时间、qPCR引物序列、多重蛋白分析试剂盒来源(Millipore)、检测指标 阅读提示:Methods中Real-time PCR和Multiplex protein analyses小节,Figure 3和5 |
| cGAS-IFN通路验证 | cGAMP浓度(1 μg/mL)和处理时间(24 h)、EGCG浓度(10、20、40 μM)、免疫荧光抗体稀释比例 阅读提示:Methods中Cyclic GMP-AMP supplementation和Epigallocatechin gallate treatment小节,Figure 4和5 |
| 体外肿瘤细胞生长与迁移 | 共培养体系(Transwell支持膜,Costar Cat# 3412)、A549接种数量(50,000细胞/孔)、检测时间(每24 h计数,划痕后24 h) 阅读提示:Methods中Transwell cancer growth experiments和Transwell in vitro scratch experiments小节,Figure 6 |
| 体内肿瘤生长实验 | 小鼠品系(NSG)、细胞接种数量(A549 2.5×10^5,WI-38 5×10^5)、注射体积(50 μL RPMI)、监测频率(每周两次)和终点(第28-32天) 阅读提示:Methods中In vivo tumor growth assay小节,Figure 7 |