建立LPS诱导的HMC3细胞SAE体外模型
模拟SAE的体外炎症环境,观察小胶质细胞M1极化和相关蛋白表达变化。
HMC3细胞用1 µg/ml LPS处理24小时,检测细胞活力、M1极化比例、炎症因子水平和相关蛋白表达。
p65 enhanced METTL3-mediated m6A methylation of HMGB1 to promote microglia M1 polarization in sepsis-associated encephalopathy.
基于体外细胞模型,通过基因沉默/过表达、功能验证(M1极化、炎症因子)和机制验证(ChIP、RIP、MeRIP-qPCR),但缺乏体内实验或患者样本验证。
人小胶质细胞HMC3细胞系
LPS浓度:1 µg/ml,处理24小时 JSH-23浓度:10 µM,处理48小时 sh-METTL3序列:5’-GCCTTAACATTGCCCACTGAT-3’ sh-HMGB1序列:5’-CCGTTATGAAAGAGAAATGAA-3’
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
模拟SAE的体外炎症环境,观察小胶质细胞M1极化和相关蛋白表达变化。
HMC3细胞用1 µg/ml LPS处理24小时,检测细胞活力、M1极化比例、炎症因子水平和相关蛋白表达。
明确p65在LPS诱导的小胶质细胞M1极化中的作用。
使用p65抑制剂JSH-23预处理HMC3细胞,再LPS刺激,检测细胞活力、M1极化比例、炎症因子水平和相关蛋白表达。
验证p65是否能与METTL3启动子结合并促进其转录。
通过JASPAR数据库预测结合位点,ChIP实验验证p65与METTL3启动子结合,双荧光素酶报告基因检测p65对METTL3转录活性的影响。
验证METTL3是否能通过m6A甲基化修饰HMGB1并影响其表达。
在HMC3细胞中敲低METTL3,通过MeRIP-qPCR检测HMGB1 m6A水平,RIP验证METTL3与HMGB1 mRNA结合,RNA decay实验检测HMGB1 mRNA稳定性。
验证p65是否通过METTL3促进小胶质细胞M1极化。
在LPS刺激下,分别或联合转染sh-METTL3和oe-p65,检测M1极化比例、炎症因子和相关蛋白表达。
验证METTL3是否通过HMGB1促进小胶质细胞M1极化。
在LPS刺激下,分别或联合转染sh-HMGB1和oe-METTL3,检测M1极化比例、炎症因子和相关蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Cytiva | -- | |
| 脂多糖 | Beyotime Biotech | -- | |
| JSH-23 | Yeasen Biotech | #53852ES05 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | #L3000008 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Elabscience | E-CK-A362 |
| ELISA | TNF-α ELISA试剂盒 | R&D Systems | #DTA00D |
| IL-1β ELISA试剂盒 | R&D Systems | #DLB50 | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | R&D Systems | #D6050 | |
| 流式细胞术 | CD11b抗体 | BD Biosciences | #566314 |
| CD86抗体 | BD Biosciences | #555666 | |
| CD4抗体 | BD Biosciences | #341115 | |
| qRT-PCR | TRNzol通用总RNA提取试剂盒 | Tiangen Biotech | #DP424 |
| Quantscript逆转录试剂盒 | Tiangen | #KR103 | |
| FastFire SYBR Green预混液 | Tiangen | #FP208 | |
| Bio-Rad CFX Opus 96系统 | Bio-Rad | -- | |
| MeRIP-qPCR | 抗m6A抗体 | Proteintech | #68055-1-Ig |
| Western blot | 总蛋白提取试剂盒 | Aidlab Biotech | #PP3001 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio Biotech | #PC0020 | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Sangon | #A600332 | |
| ECL检测试剂盒 | Biolab Biotech | #SNM425 | |
| 抗iNOS抗体 | CST | #13120 | |
| 抗p65抗体 | CST | #8242 | |
| 抗p-p65抗体 | CST | #3033 | |
| 抗METTL3抗体 | Proteintech | #67733-1-Ig | |
| 抗HMGB1抗体 | Proteintech | #66525-1-Ig | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | #60004-1-Ig | |
| 双荧光素酶报告基因实验 | psiCHECK2载体 | Promega | -- |
| ChIP assay | 高灵敏度ChIP试剂盒 | Abcam | #ab185913 |
| 抗IgG抗体 | Abcam | #ab171870 | |
| 抗p65抗体 | Abcam | #ab218533 | |
| RIP assay | Magna RIP RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Millipore | #17-700 |
| 抗METTL3抗体 | Abcam | #ab195352 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与SAE模型建立 | HMC3细胞来源、培养基、LPS浓度(1 µg/ml)和处理时间(24小时) 阅读提示:Methods中的'Cell culture'部分 |
| p65抑制实验 | JSH-23浓度(10 µM)、处理时间(48小时)、LPS刺激条件 阅读提示:Methods中的'Cell culture'部分和Results中的'p65 inhibition attenuated LPS-induced microglia M1 polarization'部分 |
| 基因敲低与过表达 | shRNA序列、转染试剂(Lipofectamine 3000)、转染时间(48小时) 阅读提示:Methods中的'Cell transfection'部分 |
| m6A修饰检测 | MeRIP-qPCR的抗体(抗m6A)、RNA量(100 µg)、磁珠量(3 µg)、孵育时间(1小时) 阅读提示:Methods中的'Methylated RIP-qPCR (MeRIP-qPCR)'部分 |
| RNA稳定性实验 | 放线菌素D浓度(5 µg/ml)、处理时间点(3、6、9、12小时) 阅读提示:Methods中的'RNA decay assay'部分 |