CAFs的分离和表征
从胃癌组织中分离CAFs和正常成纤维细胞,并验证其CAF特征。
从胃癌患者手术标本中分离CAFs(CAF1和CAF2)和NFs,通过免疫荧光检测CAF标志物(FAP、α-SMA、COL1A1、Vimentin)。
C3+ cancer-associated fibroblasts promote tumor growth and therapeutic resistance in gastric cancer via activation of the NF-κB signaling pathway.
包含患者样本、动物模型、细胞实验和组学分析等多个独立证据层级,并进行功能验证(siRNA敲低)和机制验证(NF-κB通路)。
胃癌患者来源的CAFs(CAF1和CAF2) HGC27和AGS胃癌细胞系 Balb/c裸鼠移植瘤模型 胃癌患者组织样本(FUSCC队列)
CAF分离和组织来源:胃癌组织和相邻正常组织(距离肿瘤至少5cm) 体内实验:5周龄雌性Balb/c裸鼠,每组8只,皮下共注射HGC27细胞(2×10^6)和CAFs(1×10^6),观察12天 siRNA敲低序列:siRNA-C3#1和#2,siRNA-P65#1和#2 细胞活力实验:奥沙利铂浓度(0-80μM)和5-FU浓度(0-32μM)处理48h 体外共培养:CAFs与T细胞共培养48小时,加入蛋白转运抑制剂后继续6小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从胃癌组织中分离CAFs和正常成纤维细胞,并验证其CAF特征。
从胃癌患者手术标本中分离CAFs(CAF1和CAF2)和NFs,通过免疫荧光检测CAF标志物(FAP、α-SMA、COL1A1、Vimentin)。
评估不同CAF亚群对胃癌细胞体内肿瘤生长的影响。
将HGC27细胞与CAF1或CAF2按2:1比例皮下共注射到裸鼠,观察12天,测量肿瘤体积和重量。
鉴定促肿瘤CAF亚群中的关键分子标记。
对CAF2和CAF1进行RNA-seq,对公共scRNA-seq数据进行分析,通过差异表达和与PFS相关基因交集,筛选出C3等候选基因。
验证C3在CAFs中对胃癌细胞EMT、迁移、化疗敏感性和免疫细胞功能的影响。
用siRNA敲低CAFs中C3,与HGC27/AGS共培养,检测EMT标志物、迁移能力、药物敏感性;与T细胞共培养检测细胞因子表达和凋亡。
验证C3+ CAFs中C3表达是否由NF-κB信号通路调控。
通过蛋白质印迹检测C3+ CAFs中NF-κB通路组分的磷酸化水平,通过siRNA敲低p65观察C3表达的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Hyclone | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 细胞消化 | IV型胶原酶 | Sigma-Aldrich | C5138 |
| 细胞培养 | 磷酸盐缓冲液 | Absin | abs962 |
| ELISA | 人IFN-γ ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0108 |
| 人TNF-α ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0109 | |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-PE/7-AAD凋亡检测试剂盒 | Vazyme | A213 |
| RNA提取 | Vezol试剂 | Vazyme | R411-01 |
| Western blot | 抗E-钙黏蛋白抗体 | CST | 3195 |
| 抗波形蛋白抗体 | CST | 5741 | |
| 抗P65抗体 | CST | 8242 | |
| 抗磷酸化P65抗体 | CST | 3033 | |
| 抗IKKα抗体 | CST | 11930 | |
| 抗磷酸化IKK抗体 | CST | 2697 | |
| 抗IKKβ抗体 | CST | 8943 | |
| 抗IκBα抗体 | CST | 4814 | |
| 抗磷酸化IκBα抗体 | CST | 2859 | |
| 抗GAPDH抗体 | CST | 5174 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Affinity | AF7018 | |
| 抗Slug抗体 | Zenbio | 350136 | |
| 抗C3抗体 | Proteintech | 21337-1-AP | |
| 抗Lamin B1抗体 | Abcam | ab133741 | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Abmart | M21003 | |
| 增强化学发光底物 | Thermo | -- | |
| 免疫荧光 | 抗FAP抗体 | Abclone | A6349 |
| 抗α-SMA抗体 | Abclone | A17910 | |
| 抗COL1A1抗体 | CST | 72026 | |
| 抗波形蛋白抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| CoraLite488标记的山羊抗小鼠IgG | Proteintech | SA00013-1 | |
| CoraLite594标记的山羊抗兔IgG | Proteintech | SA00013-4 | |
| CoraLite488标记的山羊抗兔IgG | Proteintech | SA00013-2 | |
| DAPI | Servicebio | G1012 | |
| 牛血清白蛋白 | Servicebio | G5001 | |
| 细胞迁移实验 | Transwell小室(8 μm孔径) | Corning | -- |
| 结晶紫 | Biosharp | -- | |
| 细胞活力实验 | 奥沙利铂 | Selleck | S1224 |
| 氟尿嘧啶 | Selleck | S1209 | |
| CCK-8试剂 | Selleck | B34302 | |
| 流式细胞术 | 白细胞分离液 | Solarbio | P8680 |
| 蛋白转运抑制剂混合物 | Invitrogen | C5138 | |
| PE/Cyanine7抗人CD8抗体 | Biolegend | -- | |
| FITC抗人IFN-γ抗体 | Biolegend | -- | |
| PE抗人TNF-α抗体 | Biolegend | -- | |
| PE/Cyanine5抗人GZMB抗体 | Biolegend | -- | |
| 透化洗涤缓冲液 | Biolegend | 421002 | |
| CytoFLEX S流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 数据分析 | GraphPad Prism 9.0 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| CAF分离与培养 | CAF来源:胃癌组织,NF来源:相邻正常组织(至少5cm);培养条件:RPMI-1640+10%FBS;使用第2至第6代细胞。 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and isolation of fibroblasts |
| 体内肿瘤生长实验 | 小鼠品系、性别、周龄:Balb/c裸鼠,5周龄,雌性;分组:每组8只;细胞比例:HGC27:CAFs=2:1;注射体积:150μL PBS;观测时间:6-12天,每两天测量。 阅读提示:Materials and methods: Animal experiments; Results: Fig. 1C-F |
| siRNA敲低实验 | siRNA序列:siRNA-C3#1和#2,siRNA-P65#1和#2;转染试剂盒品牌:RIBOBIO;转染后培养时间。 阅读提示:Materials and methods: Small interfering RNA (siRNA) transfection |
| 细胞活力实验 | 细胞密度:5000细胞/孔;药物处理:奥沙利铂(0-80μM)、5-FU(0-32μM)处理48h;CCK-8检测:加入10% CCK-8孵育2h,测450nm。 阅读提示:Materials and methods: Cell viability assay |
| T细胞功能分析 | PBMC来源:GC患者;共培养:CAFs与T细胞共培养48h,后加蛋白转运抑制剂6h;流式抗体:CD8、IFN-γ、TNF-α、GZMB;凋亡检测试剂盒:Annexin V-PE/7-AAD。 阅读提示:Materials and methods: Flow cytometry; Apoptosis assay |