验证IAV感染诱导caspase-8和CYLD切割
检测IAV感染是否激活caspase-8并切割CYLD。
用不同MOI的H5N1、H5N6和H1N1病毒感染A549和NL20细胞,通过Western blot检测caspase-8和CYLD的切割片段。
Influenza A virus infection activates caspase-8 to enhance innate antiviral immunity by cleaving CYLD and blocking TAK1 and RIG-I deubiquitination.
体外细胞实验包括人A549、NL20细胞系及原代肺泡上皮细胞,采用抑制剂、基因敲除、过表达和泛素化检测等功能验证,但无动物实验,机制验证完整。
A549细胞(人肺腺癌细胞系) NL20细胞(人非癌性支气管上皮细胞系) 原代人肺泡上皮细胞
IAV毒株(H5N1: SY, CK10; H5N6: Y6; H1N1: PR8)感染A549和NL20细胞,MOI和感染时间 Z-VAD和Z-IETD抑制caspase-8后的信号蛋白磷酸化变化 caspase-8、caspase-3、CYLD基因敲除对信号通路的影响 RIG-I和TAK1的K63泛素化水平 IFN-β产生和病毒滴度
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测IAV感染是否激活caspase-8并切割CYLD。
用不同MOI的H5N1、H5N6和H1N1病毒感染A549和NL20细胞,通过Western blot检测caspase-8和CYLD的切割片段。
验证caspase抑制是否影响IAV诱导的NF-κB通路激活。
使用pancaspase抑制剂Z-VAD处理IAV感染的A549和NL20细胞,检测TAK1、IκBα、p65磷酸化及p65核转位和NF-κB荧光素酶报告基因活性。
验证caspase抑制是否影响IAV诱导的TBK1-IRF3通路激活。
用Z-VAD处理IAV感染的细胞,检测TBK1和IRF3磷酸化、IRF3核转位、IRF3和IFN-β报告基因活性及ISG表达。
确定caspase-8是否是增强IAV诱导免疫应答所必需的。
使用caspase-8特异性抑制剂Z-IETD和caspase-8敲除的A549/NL20细胞,检测信号通路蛋白磷酸化、细胞因子表达、IFN-β产生和病毒复制。
检验caspase-3是否参与调节IAV诱导的先天免疫。
使用caspase-3抑制剂Z-DEVD和caspase-3敲除细胞,检测信号通路蛋白磷酸化、报告基因活性及细胞因子表达。
确定CYLD缺陷是否增强IAV诱导的先天免疫反应。
使用CYLD敲除A549和NL20细胞,检测信号通路蛋白磷酸化、p65和IRF3核转位、报告基因活性及IFN-β产生。
证明caspase-8通过切割CYLD增强RIG-I和TAK1的K63泛素化。
在A549细胞中共转染HA-泛素和FLAG-RIG-I或FLAG-TAK1,进行免疫共沉淀检测泛素化水平,并比较caspase-8抑制、敲除或CYLD敲除的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 抑制剂处理 | Z-VAD (OMe)-FMK | MedChemExpress (MCE) | HY-16658 |
| Z-IETD | MedChemExpress (MCE) | HY-101297 | |
| Z-DEVD | MedChemExpress (MCE) | HY-12466 | |
| 细胞染色 | 4,6-二脒基-2-苯基吲哚 | InvivoGen | -- |
| Western blot | 抗β-肌动蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-47778 |
| 抗切割caspase-8抗体 | Cell Signaling Technology | 9496 | |
| 抗CYLD抗体 | Cell Signaling Technology | 8462 | |
| 抗磷酸化p65抗体 | Cell Signaling Technology | 3033 | |
| 抗p65抗体 | Cell Signaling Technology | 3308 | |
| 抗磷酸化IκBα抗体 | Cell Signaling Technology | 9341s | |
| 抗IκBα抗体 | Cell Signaling Technology | 9242 | |
| 抗磷酸化TBK1S172抗体 | Cell Signaling Technology | 5483 | |
| 抗TBK1抗体 | Cell Signaling Technology | 3504 | |
| 抗磷酸化IRF3S396抗体 | Cell Signaling Technology | 29047 | |
| 抗IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | 4302 | |
| 抗RIG-I抗体 | Cell Signaling Technology | 3743 | |
| 抗磷酸化TAK1S187抗体 | Cell Signaling Technology | 4536 | |
| 抗TAK1抗体 | Cell Signaling Technology | 4505 | |
| 抗JAK1抗体 | Cell Signaling Technology | 50996 | |
| 免疫沉淀 | 抗Flag标签抗体 | TransGen Biotech | HT201-01 |
| 抗HA标签抗体 | Cell Signaling Technology | 2367 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488偶联抗兔IgG | Jackson ImmunoResearch Laboratories | AB_2338840 |
| 质粒构建 | TRIzol试剂 | Sangon | -- |
| RT-qPCR | HiScript III RT SuperMix for qPCR | Vazyme | -- |
| ChamQ Universal SYBR qPCR预混液 | Vazyme | -- | |
| 荧光素酶报告基因 | TurboFect转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| ELISA | IFN-β ELISA试剂盒 | Elabscience | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| F12培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 免疫沉淀 | 蛋白A/G琼脂糖珠 | Thermo Scientific | 53132 |
| Western blot | SuperSignal Western Pico增强化学发光底物 | Pierce Chemical Co. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与病毒感染 | 细胞系A549、NL20、MDCK等来源;培养基及补充物;病毒株(SY、CK10、Y6、PR8)及MOI;感染时间 阅读提示:见Materials and methods的Cell cultures and viruses部分 |
| caspase抑制剂处理 | Z-VAD、Z-IETD、Z-DEVD浓度(0-100 µM或80 µM)及处理时长;感染MOI和时间 阅读提示:见Results各图注及Materials and methods的Reagents部分 |
| 基因敲除细胞 | CRISPR敲除靶序列;筛选条件(嘌呤霉素浓度1-2 µg/ml,14天);敲除验证 阅读提示:见Materials and methods的Gene knockout部分 |
| 信号通路检测 | 抗体特异性及稀释度;细胞裂解条件;磷酸化蛋白检测方法(膜剥离重探) 阅读提示:见Materials and methods的Western blot部分 |
| 泛素化检测 | 质粒转染(HA-Ub, FLAG-RIG-I, FLAG-TAK1);免疫沉淀条件;抗体(FLAG, HA) 阅读提示:见Materials and methods的Immunoprecipitation部分 |
| 免疫荧光 | 固定和透化条件;抗体浓度;成像显微镜;核阳性细胞计数方法 阅读提示:见Materials and methods的Immunofluorescence staining部分 |
| 细胞因子和病毒滴度测定 | ELISA试剂盒;TCID50测定方法;病毒感染MOI和时间 阅读提示:见Materials and methods的ELISA部分和Cell cultures and viruses部分 |