分析OTUD4在前列腺癌中的表达
确定OTUD4在正常和肿瘤组织中的表达差异。
利用TCGA数据库进行生物信息学分析,并收集15对良性前列腺增生和前列腺癌组织进行免疫组织化学染色。
OTUD4 Inhibits Prostate Cancer by Deubiquitinating MYH9.
包含细胞功能实验(CCK-8、集落形成、Transwell、EdU)、机制实验(Co-IP、泛素化)、动物模型和临床样本IHC,具备功能验证和机制验证。
前列腺癌细胞系(C4-2、PC-3) 人胚肾细胞系(HEK-293T) BALB/c裸鼠异种移植模型 良性前列腺增生和前列腺癌组织样本
OTUD4在C4-2和PC-3细胞中的表达水平,用于选择沉默/过表达模型 OTUD4过表达对细胞活力和增殖的影响 OTUD4与MYH9的相互作用及去泛素化验证 体内实验中肿瘤体积和重量的测量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定OTUD4在正常和肿瘤组织中的表达差异。
利用TCGA数据库进行生物信息学分析,并收集15对良性前列腺增生和前列腺癌组织进行免疫组织化学染色。
验证OTUD4对细胞增殖、侵袭和分裂的影响。
在C4-2和PC-3细胞系中过表达或敲低OTUD4,进行CCK-8、克隆形成、Transwell和EdU实验,并通过Western blot检测相关蛋白。
寻找OTUD4的下游靶标。
通过免疫沉淀结合质谱分析鉴定与OTUD4相互作用的蛋白,并通过Co-IP和免疫荧光验证。
确认OTUD4通过去泛素化保护MYH9不被降解。
使用MG132和CHX处理细胞,检测MYH9蛋白水平;进行泛素化实验检测MYH9的泛素化水平。
验证MYH9的肿瘤抑制作用。
在C4-2和PC-3细胞中过表达MYH9,通过CCK-8、克隆形成、Transwell和EdU实验检测功能变化。
评估OTUD4在体内的抑瘤效果。
将对照和OTUD4过表达的PC-3细胞皮下注射到裸鼠,测量肿瘤体积和重量,并进行IHC和HE染色。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | BasalMedia | L210KJ |
| 胎牛血清 | HAKATA | HB-FBS-500 | |
| 青霉素-链霉素 | BasalMedia | S110JV | |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | APExBIO | K1018 |
| 细胞裂解 | RIPA裂解液 | Solarbio | R0020 |
| 染色 | 结晶紫脱盐溶液 | Solarbio | G1064 |
| Western blot | 增强化学发光检测试剂 | Proteintech | PK10003 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Ambion | 99089501 |
| Western blot | PVDF膜 | Merck Millipore | PR05507 |
| 抗OTUD4抗体 | Proteintech | 25070-1-AP | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| 抗MYH9抗体 | Proteintech | 81204-1-RR | |
| 抗N-钙粘蛋白抗体 | Proteintech | 22018-1-AP | |
| 抗E-钙粘蛋白抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| 抗MMP9抗体 | Proteintech | 10375-2-AP | |
| 抗Flag抗体 | Proteintech | 20543-1-AP | |
| 抗His抗体 | Proteintech | 66005-1-Ig | |
| 抗波形蛋白抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| 抗Ki-67抗体 | Proteintech | 27309-1-AP | |
| 抗磷酸化组蛋白H2A.X (Ser139)抗体 | Proteintech | 83307-2-RR | |
| 化学发光凝胶成像系统 | Tanon | 5200-Multi | |
| qRT-PCR | BIOG cDNA合成试剂盒 | BioDai | 31014 |
| TOROGreen qPCR预混液 | Transgene | AQ131-02 | |
| 分光光度计 | Eppendorf | 22331 | |
| Transwell | 基质胶 | MCE | HY-K6001 |
| EdU实验 | EdU试剂盒 | AbbVie | KTA2031 |
| 通透 | 曲拉通X-100 | Solarbio | T8200 |
| 核染色 | DAPI染色液 | Solarbio | C0065 |
| 免疫荧光 | Coralite 488二抗 | ProteinTech | SA00013-1 |
| Coralite 594二抗 | ProteinTech | SA00013-2 | |
| 免疫沉淀 | 免疫沉淀试剂盒 | Proteintech | PK10007 |
| 免疫组化 | 免疫组化试剂盒 | ProteinTech | PK10017 |
| HE染色 | HE染色试剂盒 | Solarbio | G1120 |
| 细胞培养 | C4-2细胞系 | Procell | CL-0182 |
| PC-3细胞系 | Procell | CL-0185 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系C4-2和PC-3来源于Procell,培养基为RPMI 1640+10%FBS+1%P/S,温度37°C,5% CO2 阅读提示:Methods 2.1 Cell Culture |
| 细胞增殖检测 | CCK-8实验细胞密度1×10^3/孔,培养1-5天,CCK-8孵育2小时,测量450nm吸光度 阅读提示:Methods 2.5 Cell Counting Kit-8 Assay |
| 细胞功能实验 | 克隆形成接种密度1×10^3/孔,培养14天;Transwell侵袭5×10^4细胞,48小时;EdU 4×10^4细胞 阅读提示:Methods 2.6, 2.7, 2.8 |
| 蛋白互作验证 | Co-IP使用免疫沉淀试剂盒,抗体OTUD4或MYH9,IP产物经Western blot验证 阅读提示:Methods 2.10 Mass Spectrometry Analysis, Results 3.3 |
| 体内实验 | BALB/c裸鼠12只,每组6只,皮下注射2×10^6细胞,肿瘤生长14天后测量体积和重量 阅读提示:Methods 2.13 Tumor Xenografts in Nude Mice |