建立小鼠异位气管移植模型
模拟移植后OB的病理过程,包括上皮损伤、炎症浸润和ECM沉积。
将BALB/c小鼠气管移植到C57/BL6受体皮下,建立同种异体移植模型;对照组为同系移植。术后7天和14天取移植物进行HE染色和细胞因子检测。
HMGA1 drives EMT in obliterative bronchiolitis through epigenetic regulation of chromatin accessibility in pulmonary epithelial cells.
包含动物模型(异位气管移植)、细胞实验(BEAS-2B)、ATAC-seq与RNA-seq等多层级验证,并进行了功能与机制研究。
小鼠异位气管同种异体移植模型 BEAS-2B肺上皮细胞系
小鼠品系组合(BALB/c供体至C57/BL6受体)确保MHC错配 TGF-β1处理浓度10 ng/mL,时间24小时 sh-HMGA1靶序列5'-GAGTCGAGCTCGAAGTCCA-3' ATAC-seq分析分组:sh-NC、sh-NC+TGF-β1、sh-HMGA1+TGF-β1
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
模拟移植后OB的病理过程,包括上皮损伤、炎症浸润和ECM沉积。
将BALB/c小鼠气管移植到C57/BL6受体皮下,建立同种异体移植模型;对照组为同系移植。术后7天和14天取移植物进行HE染色和细胞因子检测。
评估移植后气管的病理改变及炎症反应。
通过HE染色观察管腔闭塞和炎症浸润;ELISA检测IL-1β、IL-6、IL-10水平。
鉴定OB进展中的差异表达基因及染色质可及性变化。
对移植后7天和14天的移植物进行RNA-seq;对BEAS-2B细胞(sh-NC、sh-NC+TGF-β1、sh-HMGA1+TGF-β1)进行ATAC-seq。
验证HMGA1敲低是否影响TGF-β1诱导的EMT。
BEAS-2B细胞用TGF-β1处理,并转染sh-NC或sh-HMGA1;通过Western blot、IF检测EMT标志物(E-cadherin、Vimentin、α-SMA、FN)。
识别HMGA1调控的EMT相关基因。
将ATAC-seq中TGF-β1诱导上调且HMGA1敲低下调的差异可及区域对应的基因与文献报道的EMT驱动基因交叉,选出SP1、DOCK4、SRF、ANLN,并用RT-qPCR验证表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型 | BALB/c小鼠 | Beijing Vital River Laboratory Animal Technology Co., Ltd. | -- |
| C57/BL6小鼠 | Beijing Vital River Laboratory Animal Technology Co., Ltd. | -- | |
| 细胞培养 | BEAS-2B细胞 | Procell Life Science & Technology | -- |
| BEBM培养基 | LONZA | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| ELISA | 小鼠IL-1β高灵敏度ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK201BHS |
| 小鼠IL-6 ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK206 | |
| 小鼠IL-10 ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK210 | |
| TGF-β1 ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK981-96 | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA-seq | NEBNext Ultra RNA文库制备试剂盒 | NEB | -- |
| Illumina HiSeq 2500测序仪 | Illumina | -- | |
| RNA质检 | Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| 免疫荧光 | TGF-β1抗体 | Proteintech | 21898-1-AP |
| MMP2抗体 | Servicebio | GB11130 | |
| DAPI试剂 | Servicebio | -- | |
| 抗E-钙粘蛋白抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| 抗波形蛋白抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| 抗α-平滑肌肌动蛋白抗体 | Proteintech | 14395-1-AP | |
| 抗纤连蛋白抗体 | Proteintech | 15613-1-AP | |
| 蔡司LSM 900共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| 免疫组化 | I型胶原抗体 | Servicebio | GB11022-3 |
| III型胶原抗体 | Servicebio | GB111629 | |
| HMGA1抗体 | Proteintech | 29895-1-AP | |
| VECTASTAIN Elite ABC试剂盒 | Vector Laboratories | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白酶抑制剂(无EDTA鸡尾酒) | Thermo Fisher | 78430 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher | 23227 | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 化学发光试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RT-qPCR | SweScript RT II第一链cDNA合成试剂盒 | Servicebio | -- |
| Fast SYBR Green预混液 | Thermo Fisher Scientific | 4385612 | |
| Applied Biosystems PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| ATAC-seq | NEBNext Ultra DNA文库制备试剂盒 | NEB | -- |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | 小鼠品系组合:BALB/c供体至C57/BL6受体(异体移植)或BALB/c至BALB/c(同系移植);移植部位:皮下;时间点:7天和14天;麻醉剂量:氯胺酮100 mg/kg 阅读提示:参见Materials and methods中的小鼠异位气管同种异体移植模型部分 |
| 细胞培养与处理 | BEAS-2B细胞培养基:BEBM培养基(含生长因子);TGF-β1浓度10 ng/mL,处理24小时;sh-HMGA1靶序列5'-GAGTCGAGCTCGAAGTCCA-3' 阅读提示:参见Materials and methods中的Cell culture and transfection及Results中图5 |
| RNA-seq分析 | 总RNA提取试剂:Trizol;建库试剂:NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit;测序平台:Illumina HiSeq 2500;测序深度:平均45M reads/样本;比对参数:HISAT2,GRCm39;差异表达阈值:|log2FC|>1,q<0.05 阅读提示:参见Materials and methods中的RNA-seq分析部分 |
| ATAC-seq分析 | BEAS-2B细胞分组:sh-NC、sh-NC+TGF-β1、sh-HMGA1+TGF-β1;TGF-β1处理10 ng/mL,24h;建库试剂:NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit;测序平台:Illumina NovaSeq 6000;比对参考基因组:GRCh38;差异峰阈值:|log2FC|>0.58, P<0.05 阅读提示:参见Materials and methods中的ATAC-seq部分 |
| 蛋白检测 | Western blot抗体:HMGA1 (1:10,000)、E-cadherin (1:20,000)、Vimentin (1:5000)、α-SMA (1:5000);内参:ACTB或β-Tubulin 阅读提示:参见Materials and methods中的Western blot assay部分 |