体外验证PA诱导网状自噬
确定PA处理是否在肝癌细胞系中诱导网状自噬
HepG2细胞用低浓度PA处理,通过Western blot检测LC3和SQSTM1,TEM观察自噬体包裹内质网,荧光显微镜检测reporter和LC3-CANX共定位。
RETREG1-mediated reticulophagy is activated by an ATF4-CEBPG/C/EBPγ heterodimer and confers protection against lipotoxicity.
包含体外细胞模型、小鼠急性脂毒性模型、MASLD模型、db/db小鼠模型及GEO数据集分析,进行了功能验证和机制验证。
HepG2细胞 Huh7细胞 AML12细胞 小鼠原代肝细胞 C57BL/6小鼠 HFD诱导的MASLD小鼠模型 db/db小鼠
PA浓度:150-800 μM Baf A1浓度:50 nM;CQ浓度:25 μM HFD喂养时间:16周(模型建立) Fa/R模型:禁食24小时后高碳水化合物饮食12小时 样本量:小鼠每组n=6至12
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定PA处理是否在肝癌细胞系中诱导网状自噬
HepG2细胞用低浓度PA处理,通过Western blot检测LC3和SQSTM1,TEM观察自噬体包裹内质网,荧光显微镜检测reporter和LC3-CANX共定位。
确定哪种网状自噬受体在PA诱导的网状自噬中起主要作用
检测HepG2、Huh7和AML12细胞中多种受体(RETREG1, CCPG1, SEC62, RTN3, TEX264)的表达,并通过siRNA敲低RETREG1观察自噬通量变化。
研究RETREG1介导的网状自噬是否能保护细胞免受PA诱导的损伤
在HepG2细胞中敲低RETREG1,检测细胞死亡和脂肪积累;分离WT和retreg1-/-小鼠原代肝细胞,用PA处理,检测细胞活力、GPT/GOT1/LDH释放、TUNEL染色。
确定ATF4和CEBPG是否作为转录因子调控RETREG1表达及其结合位点
通过Western blot和RT-qPCR检测UPR相关蛋白和CEBP家族表达;siRNA敲低ATF4或CEBP成员;Co-IP检测ATF4-CEBPG相互作用;ChIP验证结合位点。
验证在急性脂毒性条件下网状自噬是否被激活并具有保护作用
使用Fa/R模型诱导急性脂毒性,检测肝TG、血清GPT/GOT1、TEM观察自噬体、RT-qPCR检测Retreg1-2表达,并比较WT和retreg1-/-小鼠的损伤指标。
确定在慢性脂毒性(MASLD)中网状自噬是否受损及其机制
建立HFD诱导的MASLD小鼠模型,检测肝脏组织学、TG、转氨酶、ER应激标志物、网状自噬受体表达、TEM观察自噬体、Retreg1-2表达及ATF4/CEBPG水平。
验证在MASLD患者中RETREG1、ATF4和CEBPG的表达变化及关联
分析GEO数据集(GSE89632, GSE213621),进行相关性分析;对正常人肝组织和脂肪肝组织进行IHC染色检测RETREG1。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 高糖DMEM培养基 | 未明确说明 | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099141C | |
| 地塞米松 | ShanghaiyuanyeBio-TechnologyCo.,Ltd | S17003-1g | |
| ITS培养基添加物 | Beyotime | C0341-10ml | |
| 胶原酶IV | Gibco | 17104019 | |
| William's E培养基 | Pricella | PM151221 | |
| 牛血清白蛋白 | Solarbio | A8850 | |
| 药物处理 | 棕榈酸 | MedChemExpress | HY-N0830 |
| 巴佛洛霉素A1 | MedChemExpress | HY-100558 | |
| 氯喹 | MedChemExpress | HY-17589A | |
| genotyping | MiniBEST通用基因组DNA提取试剂盒 | TaKaRa | 9765 |
| 2× Rapid Taq Master Mix | Vazyme | P222 | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Solarbio | R0010 |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Solarbio | P1261 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | CWBIO | CW0014S | |
| 脱脂牛奶 | Becton, Dickinson and Company | D8340 | |
| TBST缓冲液 | CWBIO | CW0043S | |
| Can Get Signal™免疫反应增强液1 | TOYOBO | NKB-101 | |
| 二抗 | CWBIO | CW0103S, | |
| eECL蛋白质印迹试剂盒 | CWBIO | CW0049S | |
| e-BLOT Touch成像仪 | 未明确说明 | -- | |
| RNA提取 | TRIzon试剂 | CWBIO | CW0580S |
| RT-qPCR | TransScript® All-in-One第一链cDNA合成试剂盒 | TransGen | AT341 |
| TransStart® Top Green qPCR SuperMix | TransGen | AQ131 | |
| 实时PCR系统 | Bio-Rad | CFX96 | |
| 生物化学检测 | GPT、GOT1、LDH检测试剂盒 | BioSino | 10003, |
| 甘油三酯检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A110-1-1 | |
| Multiskan™ FC酶标仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 组织学分析 | 油红O溶液 | Solarbio | G1261 |
| 蔡司Axio Imager.Z2显微镜 | ZEISS | -- | |
| TEM | 磷酸盐缓冲液 | Servicebio | G4202 |
| 环氧树脂 | Sigma-Aldrich | 45345 | |
| 电子显微镜 | Hitachi | HT7700 | |
| 网状自噬检测 | ssmRFP1-EGFP-KDEL慢病毒 | HANBIO | HH20240322GX-LVP01 |
| 聚凝胺 | 未明确说明 | -- | |
| 嘌呤霉素 | 未明确说明 | -- | |
| siRNA转染 | INTERFERin®转染试剂 | Polyplus | 101000028 |
| 质粒构建 | Mut Express II快速突变试剂盒 | Vazyme | C214 |
| ChIP | SimpleChIP® Plus酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9005 |
| 甲醛 | Amresco | 0493 | |
| Sonics & Materials公司VCX 105超声破碎仪 | Sonics & Materials, Inc. | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Biosharp | BS350A |
| TUNEL染色 | CF488 TUNEL细胞凋亡检测试剂盒 | Servicebio | G1504 |
| Hoechst 33342染色液 | Coolaber | SL7131 | |
| 流式细胞术 | Annexin-V-PI凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1062M |
| BD FACSCalibur™流式细胞仪 | BD | -- | |
| 免疫荧光 | 含Triton X-100的免疫染色透化缓冲液 | Beyotime | P0096 |
| Alexa Fluor 647偶联驴抗兔IgG | Thermo Fisher Scientific | A-31573 | |
| Alexa Fluor 488偶联驴抗小鼠IgG | Thermo Fisher Scientific | A-21202 | |
| 抗荧光淬灭封片剂 | Beyotime | P0126 | |
| 共聚焦显微镜 | Nikon | AXR | |
| 免疫共沉淀 | 免疫沉淀试剂盒(含蛋白A+G琼脂糖凝胶) | Beyotime | P2197S |
| 小鼠抗兔IgG轻链二抗 | Abbkine | A25022 | |
| ER提取 | 内质网提取试剂盒 | Solarbio | EX1370 |
| ELISA | 小鼠CK18-M30 ELISA试剂盒 | Cusabio | CSB-E14265m |
| MDA检测 | MDA含量检测试剂盒 | Solarbio | BC0025 |
| 免疫组化 | HRP标记山羊抗兔IgG | Servicebio | GB23303 |
| 油红O染色 | 油红O | Solarbio | G1262 |
| Western blot | EIF2AK3/PERK抗体 | Proteintech | 24390-1-AP |
| 磷酸化EIF2AK3/PERK抗体 | Cell Signaling Technology | 3179 | |
| ERN1/IRE1抗体 | Cell Signaling Technology | 3294 | |
| 磷酸化ERN1/IRE1抗体 | ABclonal | AP0878 | |
| EIF2A/eIF2α抗体 | Cell Signaling Technology | 5324 | |
| 磷酸化EIF2A/eIF2α抗体 | Cell Signaling Technology | 3398 | |
| MAPK/JNK抗体 | ABclonal | A4867 | |
| 磷酸化MAPK/JNK抗体 | Cell Signaling Technology | 9251 | |
| CEBPG/C/EBPγ抗体 | Proteintech | 12997-1-AP | |
| ATF4抗体 | Cell Signaling Technology | 11815 | |
| RETREG1抗体 | Cell Signaling Technology | 83414 | |
| CCPG1抗体 | Proteintech | 13861-1-AP | |
| SEC62抗体 | ABclonal | A18589 | |
| TEX264抗体 | Proteintech | 25858-1-AP | |
| RTN3抗体 | Proteintech | 12055-2-AP | |
| LC3抗体 | Cell Signaling Technology | 43566 | |
| SQSTM1/p62抗体 | Abcam | ab109012 | |
| XBP1抗体 | ABclonal | A1731 | |
| ATF6抗体 | Cell Signaling Technology | 65880 | |
| DDIT3/CHOP抗体 | Cell Signaling Technology | 2895 | |
| CASP9抗体 | Cell Signaling Technology | 9509 | |
| BAX抗体 | Cell Signaling Technology | 2772 | |
| PRKN/parkin抗体 | ABclonal | A0968 | |
| PINK1抗体 | ABclonal | A7131 | |
| ACTB/β-actin抗体 | ABclonal | AC026 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系:HepG2(ATCC HB-8065)和AML12(ATCC CRL-2254);PA浓度:150-800 μM;处理时间:6-24小时;Baf A1浓度:50 nM;CQ浓度:25 μM。 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and treatments; Figure legends 1-6 |
| 原代肝细胞分离 | 小鼠品系:C57BL/6(WT和retreg1-/-);胶原酶IV灌注方法;培养条件(DMEM低糖含10% FBS,后换William's E培养基)。 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and treatments |
| 动物模型 | 急性脂毒性模型:禁食24h,再喂HCD 12h(n=12/组);MASLD模型:60% HFD喂养4、8、16周(n=12/组);db/db小鼠:22周ND(n=9)。 阅读提示:Materials and methods: Mouse experiments; Figure legends 5-6 |
| 基因敲除小鼠 | retreg1-/-小鼠构建方法:CRISPR-Cas9靶向外显子4-6;基因分型引物和PCR条件。 阅读提示:Materials and methods: Mouse experiments |
| 分子检测 | Western blot抗体及稀释比例;RT-qPCR引物序列;ChIP-qPCR引物。 阅读提示:Materials and methods: Western blotting, RNA isolation and RT-qPCR, ChIP assay; Table 1; Supplementary Tables S2 and S5 |
| 细胞功能检测 | siRNA序列和转染试剂(INTERFERin);CCK-8检测条件;流式细胞术凋亡检测试剂盒;TUNEL染色。 阅读提示:Materials and methods: siRNA transfection, Cell viability measurement, Flow cytometry, TUNEL staining |