单细胞测序分析肺腺癌微环境
鉴定肺腺癌组织和癌旁组织中免疫细胞亚群差异,并分析Tregs亚群及其与TGF-β通路的关系。
对3例肺腺癌患者的肿瘤组织和癌旁组织进行scRNA-seq,鉴定主要细胞类型和Treg亚群,并进行拟时序分析和通路富集分析。
Cryoablation-induced modulation of Treg cells and the TGF-β pathway in lung adenocarcinoma: implications for increased antitumor immunity.
包含临床样本前瞻性观察、scRNA-seq、bulk RNA-seq、细胞冷冻消融共培养模型及小鼠皮下移植瘤模型,并进行了功能验证(Treg、IFN-γ)和机制验证(TGF-β/SMAD/FOXP3通路)。
肺腺癌患者外周血样本 肺腺癌组织及癌旁组织 A549、H1299和LLC肺腺癌细胞系 C57BL/6小鼠皮下移植瘤模型
临床患者:冷冻消融方案(双冻融循环:冰球形成20分钟、融化10分钟、再冷冻15分钟,探针温度-196°C)及Treg和TGF-β1检测时间点(术前1天、术后3天、术后1个月) 体外冷冻消融模型:细胞冻融条件(-80°C 7分钟或液氮5分钟)及坏死培养基比例(2:1) 体内冷冻消融:小鼠肿瘤冷冻消融参数(-120°C,10秒,两次循环)及SB431542给药剂量和途径(1μM,腹腔注射,每日一次,术后0-14天) 细胞共培养条件:PBMC激活(anti-CD3 5μg/mL包被,anti-CD28 5μg/mL,IL-2 0.4μL/mL)及共培养时间(72小时)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定肺腺癌组织和癌旁组织中免疫细胞亚群差异,并分析Tregs亚群及其与TGF-β通路的关系。
对3例肺腺癌患者的肿瘤组织和癌旁组织进行scRNA-seq,鉴定主要细胞类型和Treg亚群,并进行拟时序分析和通路富集分析。
评估肺腺癌患者冷冻消融后外周血中Tregs和TGF-β1水平的动态变化。
收集接受冷冻消融的IIIb/IV期肺腺癌患者外周血,在术前、术后3天和术后30天通过流式细胞术检测Tregs,ELISA检测TGF-β1。
在体外验证冷冻消融对Treg分化的影响,并区分坏死和亚致死细胞的作用。
构建A549和H1299细胞冷冻消融模型,分为四组(A:健康细胞+完全培养基,B:健康细胞+坏死培养基,C:亚致死细胞+完全培养基,D:亚致死细胞+坏死培养基),与抗CD3/CD28和IL-2激活的PBMC共培养,72小时后流式检测Treg比例。
在动物水平验证冷冻消融对肿瘤生长、转移及Tregs和TGF-β通路的影响。
C57BL/6小鼠皮下注射LLC细胞构建移植瘤模型,随机分为Con、SB431542、Cry和Cry+SB431542四组,进行冷冻消融或药物处理,观察肿瘤体积、组织学变化、Tregs比例及通路蛋白表达。
通过bulk RNA-seq鉴定冷冻消融后差异表达基因及富集通路,预测潜在机制。
提取冷冻消融组和对照组小鼠肿瘤组织的RNA进行测序,鉴定DEGs,并进行GO和KEGG富集分析。
验证冷冻消融通过TGF-β/SMAD/FOXP3通路抑制Treg分化,并增强IFN-γ表达。
通过qPCR和Western blot检测小鼠肿瘤组织中TGF-β1、Smad2/3、p-Smad2/3、Foxp3的表达;ELISA检测人和小鼠血清及细胞上清中TGF-β1、IFN-γ、IL-2水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本保存 | sCelLive™ | -- | -- |
| 单细胞RNA文库构建 | GEXSCOPE®单细胞RNA文库试剂盒 | -- | -- |
| 冷冻消融 | 冷冻消融系统 | -- | -- |
| 细胞培养 | 高糖DMEM培养基 | HyClone | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | -- | |
| RPMI-1640培养基 | HyClone | -- | |
| T细胞激活 | 抗CD3抗体 | BioLegend | clone: UCHT1 |
| 抗CD28抗体 | BioLegend | Clone: CD28.2 | |
| 白细胞介素-2 | Novoprotein | GMP-CD66 | |
| 动物实验 | SB431542 | APExBIO | -- |
| 组织学 | 抗Ki67抗体 | Abcam | ab15580 |
| ELISA | TGF-β1 ELISA试剂盒 | Proteintech | -- |
| IFN-γ ELISA试剂盒 | Proteintech | -- | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA提取液 | Servicebio | -- | |
| RT-qPCR | Reveraid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Scientific | -- |
| SYBR qPCR SuperMix Plus | Novoprotein | -- | |
| Western blot | 抗TGF-β1抗体 | Proteintech | 21898-1-AP |
| 抗SMAD2抗体 | Proteintech | 12570-1-AP | |
| 抗p-SMAD2抗体 | Abcam | ab188334 | |
| 抗SMAD3抗体 | Proteintech | 66516-1-Ig | |
| 抗p-SMAD3抗体 | Abcam | ab52903 | |
| 抗FOXP3抗体 | Abcam | ab215206 | |
| 小鼠抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 兔抗GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 流式细胞术 | Foxp3染色缓冲液套装 | eBioscience | -- |
| 共培养 | Transwell小室(0.4 μm) | Corning | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 患者分期、冷冻消融具体参数、Treg和TGF-β1检测时间点 阅读提示:Methods:Sample collection and processing |
| scRNA-seq分析 | 组织处理时间、文库构建试剂盒、测序平台、质控标准 阅读提示:Methods:Tissue preparation and scRNA-seq library construction,Cell cluster analysis |
| 体外冷冻消融模型 | 细胞冻融条件、坏死培养基比例、共培养细胞数和时间 阅读提示:Methods:Construction of the cryoablation cell model,Co-culture assay |
| 小鼠模型和冷冻消融 | 小鼠品系、性别、周龄、细胞接种量、冷冻消融参数、SB431542给药方案 阅读提示:Methods:Mouse models and cryoablation |
| 机制验证 | 抗体货号、内参、qPCR定量方法 阅读提示:Methods:Western blot (WB) analysis,Real-time quantitative polymerase chain reaction |