临床样本和数据库分析
分析RORA在ESCC组织和正常组织中的表达差异及其与诊断和预后的关联
利用UCSC XENA数据库(TCGA和GTEx)分析RORA mRNA表达,并通过IHC检测5对ESCC患者癌与癌旁组织中RORA蛋白表达。进行ROC曲线和Kaplan-Meier生存分析评估RORA的诊断和预后价值。
DNMT1-driven methylation of RORA facilitates esophageal squamous cell carcinoma progression under hypoxia through SLC2A3.
包含体外细胞功能实验、体内异种移植瘤模型、临床样本分析、DNA pull-down/蛋白质组学、ChIP-qPCR、双荧光素酶报告基因和糖酵解检测等多个独立证据层级,且进行了功能验证和机制验证。
KYSE150和TE-1人ESCC细胞系 BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型 5例ESCC患者癌与癌旁组织样本
缺氧条件:1% O2、94% N2、5% CO2,处理24小时 DNMT1抑制剂地西他滨(DCA)处理浓度0.5 µM,处理48小时 RORA敲低(shRORA)或过表达(RORA cDNA)的细胞模型 异种移植瘤实验中每组5只BALB/c裸鼠,每只接种5×10^6个KYSE150细胞,观察28天 SLC2A3过表达质粒的拯救实验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析RORA在ESCC组织和正常组织中的表达差异及其与诊断和预后的关联
利用UCSC XENA数据库(TCGA和GTEx)分析RORA mRNA表达,并通过IHC检测5对ESCC患者癌与癌旁组织中RORA蛋白表达。进行ROC曲线和Kaplan-Meier生存分析评估RORA的诊断和预后价值。
评估RORA在缺氧条件下对ESCC细胞活力、迁移和侵袭的影响
在KYSE150和TE-1细胞中敲低或过表达RORA,在缺氧条件下通过CCK-8、伤口愈合、Transwell和IF实验检测细胞活力、迁移、侵袭及MMP2/MMP9表达,并通过Western blot检测EMT标志物。
验证RORA在体内对ESCC肿瘤生长的抑制作用
将稳定过表达RORA或对照的KYSE150细胞皮下注射至BALB/c裸鼠,28天后测量肿瘤体积和重量,并通过RT-qPCR、Western blot、IHC和IF检测RORA、HIF1A、Ki67、PCNA、MMP2和MMP9的表达。
探究DNMT1对RORA启动子的甲基化调控及其在缺氧条件下的作用
通过DNA pull-down结合蛋白质组学鉴定RORA启动子结合蛋白,发现DNMT1;通过ChIP-qPCR验证DNMT1与RORA启动子结合;使用DCA或shDNMT1处理细胞,通过RT-qPCR和Western blot检测RORA表达,通过DNA焦磷酸测序检测启动子甲基化水平。
确定RORA调控的参与糖酵解的下游靶基因
对RORA过表达和对照的缺氧ESCC细胞进行RNA-seq,筛选差异表达基因,发现SLC2A3作为候选靶基因;通过RT-qPCR和Western blot验证RORA对SLC2A3的负调控;通过JASPAR预测结合位点,利用ChIP-qPCR和双荧光素酶报告基因实验验证RORA与SLC2A3启动子F1区域的结合。
验证RORA的抗肿瘤作用是否依赖于SLC2A3
在RORA过表达的ESCC细胞中同时转染SLC2A3过表达质粒,在缺氧条件下检测细胞迁移、侵袭、EMT标志物及糖酵解指标(葡萄糖摄取、乳酸和ATP产量)。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Servicebio | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| Corning培养板/皿 | Corning | -- | |
| 药物处理 | 地西他滨 | Selleck | S1200 |
| 细胞培养 | TE-1细胞系 | Servicebio | STCC11904G |
| KYSE150细胞系 | Procell | CL-0638 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA提取 | RNAeasy提取试剂盒 | Beyotime | R0027 |
| 反转录 | SweScript RT II cDNA合成试剂盒 | Servicebio | G3333 |
| RT-qPCR | 2× SYBR混合液 | ABI | 4472908 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 磷酸酶抑制剂 | Beyotime | -- | |
| 高灵敏度ECL试剂盒 | Servicebio | G2020 | |
| 抗RORA抗体 | Proteintech | 10616-1-AP | |
| 抗HIF1A抗体 | Proteintech | 20960-1-AP | |
| 抗Snail抗体 | Proteintech | 13099-1-AP | |
| 抗N-cadherin抗体 | Proteintech | 22018-1-AP | |
| 抗E-cadherin抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| 抗SLC2A3抗体 | Proteintech | 20403-1-AP | |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech | 81115-1-RR | |
| 细胞活力检测 | CCK-8底物 | Beyotime | C0041 |
| 细胞迁移与侵袭 | Transwell小室(8.0 μm孔径) | BD Biosciences | -- |
| 细胞侵袭 | Matrigel侵袭小室 | BD Biosciences | -- |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Shulaibao | VM0020 |
| 免疫组织化学 | VECTASTAIN Elite ABC试剂盒 | Vector Laboratories | -- |
| 抗Ki67抗体 | Proteintech | 27309-1-AP | |
| HRP-IgG二抗 | Servicebio | GB23303 | |
| 免疫荧光 | 抗MMP2抗体 | Proteintech | 10373-2-AP |
| 抗MMP9抗体 | Proteintech | 10375-2-AP | |
| Alexa-488偶联IgG | Servicebio | GB25303 | |
| 抗PCNA抗体 | Abcam | ab92552 | |
| Cy3标记IgG | Servicebio | GB21303 | |
| DNA pull-down | 链霉亲和素磁珠 | Invitrogen | SA10004 |
| HRP偶联链霉亲和素 | Servicebio | G3431 | |
| 尼龙膜(0.45 μm) | Beyotime | FFN10 | |
| 核蛋白提取 | 胞浆胞核蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0028 |
| 蛋白质组学 | L-3000高效液相色谱系统 | -- | -- |
| 染色质免疫沉淀 | ChIP检测试剂盒 | Beyotime | P2078 |
| 抗DNMT1抗体 | Proteintech | 24206-1-AP | |
| 兔正常IgG | Proteintech | 30000-0-AP | |
| DNA焦磷酸测序 | PyroMark Q48测序平台 | Qiagen | -- |
| RNA-seq | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| 双荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- |
| FLUOstar OPTIMA多功能酶标仪 | BMG Labtech | -- | |
| 糖酵解检测 | 葡萄糖检测试剂盒 | Beyotime | S0201S |
| 乳酸检测试剂盒 | Servicebio | GM3029 | |
| ATP含量检测试剂盒 | Servicebio | G4309-48T | |
| 质粒构建 | pLV3-U6-RORA(human)-shRNA1质粒 | Miaolingbio | P37005 |
| pLV3-U6-RORA(human)-shRNA3质粒 | Miaolingbio | P37004 | |
| pLV3-CMV-RORA(human)质粒 | Miaolingbio | P37357 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 缺氧处理 | 缺氧条件:1% O2、94% N2、5% CO2,处理时间24小时 阅读提示:Methods: Cell lines, treatment and hypoxia stimulation |
| DNMT1抑制处理 | DCA浓度0.5 µM,处理时间48小时 阅读提示:Methods: Cell lines, treatment and hypoxia stimulation |
| 细胞转染 | shRORA质粒转染比例1:1;Lipofectamine 3000转染试剂;稳定转染后嘌呤霉素筛选72小时 阅读提示:Methods: Cell transfection |
| 异种移植瘤模型 | BALB/c裸鼠,每组5只,皮下接种5×10^6 KYSE150细胞,观察28天 阅读提示:Methods: Xenograft studies |
| RORA启动子结合蛋白鉴定 | DNA pull-down实验:探针10 µg,链霉亲和素磁珠35 µL,室温孵育30分钟,加核蛋白后孵育60分钟 阅读提示:Methods: DNA pull-down assay and proteomic analysis |
| ChIP实验 | 超声破碎DNA片段400-800 bp;抗体:anti-DNMT1或anti-RORA;使用A+G Agarose/Salmon Sperm DNA沉淀 阅读提示:Methods: Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay |
| 双荧光素酶报告基因 | HEK293T细胞转染报告质粒和RORA质粒,转染48小时后检测荧光素酶活性 阅读提示:Methods: Dual-luciferase reporter assay |
| 糖酵解检测 | 检测葡萄糖摄取、乳酸和ATP产量,使用相应试剂盒 阅读提示:Methods: Glycolysis analysis |