HSCB在HSCs红细胞生成中的功能鉴定
检验HSCB是否参与人CD34+CD90+HSCs的红细胞生成,并区分其作用是否依赖铁硫簇生物合成。
用shRNA敲低HSCB、ISCU和NFS1,诱导红系分化17天,检测红系分化标志物、乌头酸酶和PDH活性及血红素含量。
PI3K/HSCB axis facilitates FOG1 nuclear translocation to promote erythropoiesis and megakaryopoiesis.
包含细胞系和原代细胞两种证据层级,并涵盖基因敲低/敲除、挽救实验、蛋白互作和机制验证。
K562人红白血病细胞 脐带血来源人CD34+CD90+造血干细胞
HSCB敲低或敲除效率及维持时间(shRNA或CRISPR/Cas9) EPO诱导K562细胞红系分化条件(5 U/ml EPO,48小时) CD34+CD90+HSCs红系或巨核系分化诱导培养基及时间(如Ery 17天或MK 14天) PI3K抑制剂wortmannin处理浓度(K562 200 nM,HSCs 100 nM) TACC3抑制剂KHS101处理浓度(K562 5 μM,HSCs 4 μM)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检验HSCB是否参与人CD34+CD90+HSCs的红细胞生成,并区分其作用是否依赖铁硫簇生物合成。
用shRNA敲低HSCB、ISCU和NFS1,诱导红系分化17天,检测红系分化标志物、乌头酸酶和PDH活性及血红素含量。
在K562细胞中验证HSCB敲除对EPO诱导红系分化的影响,并筛选受HSCB调控的核蛋白。
建立HSCB敲除K562细胞,用EPO诱导分化,检测红系标志物,并通过TMT-MS分析核蛋白组。
阐明HSCB缺失如何导致FOG1核转位受阻,并验证其因果作用。
通过FOG1过表达、细胞分级分离和免疫荧光检测FOG1定位,并通过亲和纯化-MS鉴定FOG1差异结合蛋白。
验证HSCB是否通过结合并介导TACC3蛋白酶体降解来促进FOG1核转位。
检测EPO处理后HSCB与TACC3、TACC3与FOG1的相互作用,并用MG132抑制蛋白酶体观察TACC3水平变化。
确定EPO/EPOR信号下游哪条通路对HSCB功能化至关重要,并检验PI3K磷酸化HSCB是否影响其铁硫簇传递功能。
使用JAK2、PI3K、RAS抑制剂处理EPO诱导的K562细胞,检测TACC3水平和FOG1核转位,并检测HSCB磷酸化水平。
验证PI3K-HSCB轴是否也参与CD34+CD90+HSCs的巨核细胞生成。
敲低HSCB或使用wortmannin处理HSCs,诱导巨核分化14天,检测巨核标志物、FOG1核转位和TACC3水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Iscove改良Dulbecco培养基 | Procell | PM150510 |
| 胎牛血清 | Wisent Bioproducts | 085-150 | |
| 青霉素-链霉素 | Procell | PB180120 | |
| StemSpan无血清扩增培养基II | STEMCELL Technologies | 09655 | |
| StemSpan CD34+扩增补充剂 | STEMCELL Technologies | 02691 | |
| 红细胞分化诱导 | StemSpan红系扩增补充剂 | STEMCELL Technologies | 02692 |
| 巨核细胞分化诱导 | StemSpan巨核细胞扩增补充剂 | STEMCELL Technologies | 02696 |
| 药物处理 | 人重组促红细胞生成素 | GlpBio | GP20193 |
| 鲁索替尼 | GlpBio | GC14191 | |
| 渥曼青霉素 | GlpBio | GC12338 | |
| 洛那法尼 | GlpBio | GC10330 | |
| MG132 | GlpBio | GC10383 | |
| KHS101 | GlpBio | GC13582 | |
| 转染 | RFectSP质粒DNA转染试剂 | Biodai | 21027 |
| 筛选 | 嘌呤霉素 | GlpBio | GC16384 |
| 酶活性检测 | 乌头酸酶活性检测试剂盒 | Abcam | ab109712 |
| PDH酶活性微量板检测试剂盒 | Abcam | ab109902 | |
| 蛋白浓度测定 | Omni-Easy即时BCA蛋白检测试剂盒 | Epizyme | ZJ102 |
| 裂解 | RIPA裂解液 | Epizyme | PC101 |
| 流式细胞术 | CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| 细胞分选 | CD34磁珠试剂盒UltraPure | Miltenyi Biotec | 130-100-453 |
| 人CD90磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-096-253 | |
| 人CD71磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-046-201 | |
| 人CD235a(血型糖蛋白A)磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-050-501 | |
| Mini & MidiMACS起始试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-091-632 | |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | Omiget | Omn-02 |
| 逆转录 | All-In-One 5X RT预混液 | ABM | G592 |
| qRT-PCR | BlasTaq 2X qPCR预混液 | ABM | G891 |
| QuantStudio 3实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 免疫荧光 | 免疫染色洗涤液 | Beyotime | P0106 |
| 免疫染色封闭液 | Beyotime | P0102 | |
| ZFPM1兔多克隆抗体 | ABclonal | A18183 | |
| 免疫荧光染色试剂盒(Alexa Fluor 647标记山羊抗兔IgG) | Beyotime | P0180 | |
| DAPI | Sigma-Aldrich | MBD0015 | |
| 蔡司LSM 880 AxioObserver共聚焦激光扫描显微镜 | Zeiss | -- | |
| 细胞分级分离 | 线粒体分离试剂盒 | Thermo Scientific | 89874 |
| 免疫共沉淀 | 经典磁性蛋白A/G免疫沉淀/免疫共沉淀试剂盒 | Epizyme | YJ201 |
| 正常兔IgG | Cell Signalling Technology | 2729 | |
| 小鼠对照IgG | ABclonal | AC011 | |
| 核蛋白提取 | NE-PER核和细胞质提取试剂盒 | Thermo Scientific | 78833 |
| 质谱分析 | 胰蛋白酶 | Promega | V5113 |
| C18分离柱 | Waters | WAT023590 | |
| TMTpro 16plex同位素标记试剂 | Thermo Fisher | A44520 | |
| Q Exactive HF-X质谱仪 | Thermo Fisher | -- | |
| 亲和纯化 | Anti-FLAG M2磁珠 | Sigma-Aldrich | M8823 |
| 蛋白质印迹 | PAGE凝胶快速制备试剂盒 | Epizyme | PG112 |
| Tanon High-sig ECL蛋白质印迹底物 | Tanon | 180-501 | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Epizyme | LF101 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| K562细胞红系分化 | K562细胞系来源、FBS剥夺处理时间、EPO浓度和处理时间 阅读提示:Materials and methods 的 'Culturing and treatment of K562 cell line and HSCs' 部分 |
| HSCs红系/巨核系分化 | CD34+CD90+HSCs来源、扩增条件、分化培养基和天数(Ery 2/4/10/17/24天,MK 3/14天) 阅读提示:Materials and methods 的 'Culturing and treatment of K562 cell line and HSCs' 部分 |
| HSCB敲低/敲除 | shRNA质粒(sc-75306-SH)或CRISPR/Cas9 KO质粒(sc-409377)及HDR质粒(sc-409377-HDR)、转染试剂、筛选浓度和时间 阅读提示:Materials and methods 的 'Gene knockdown, overexpression, and knockout' 部分 |
| 抑制剂处理 | ruxolitinib(300 nM)、wortmannin(200 nM或100 nM)、lonafarnib(2 μM)、MG132(10 μM)、KHS101(5 μM或4 μM)的处理时间和溶剂 阅读提示:Materials and methods 的 'Culturing and treatment of K562 cell line and HSCs' 部分 |
| FOG1核转位检测 | 细胞质/核分级分离方法、Western blotting检测C-FOG1和N-FOG1、免疫荧光(K562) 阅读提示:Materials and methods 的 'Separation of cytosolic and mitochondrial fractions'、'Western blotting'、'Immunofluorescence assay' 部分 |