筛选BAT富集的RBPs
鉴定参与棕色脂肪分化和产热的新型RNA结合蛋白
整合多个公共GEO数据集(GSE181123、GSE222424、GSE29897)分析RBPs表达变化,结合BioGPS组织表达谱,筛选出BAT富集的YBX3。
RNA-binding protein YBX3 promotes PPARγ-SLC3A2 mediated BCAA metabolism fueling brown adipogenesis and thermogenesis.
包含体外细胞功能实验、AAV介导的体内敲低/过表达、转录组分析、代谢表型检测及机制验证等多个独立证据层级。
C3H10T1/2前脂肪细胞分化棕色脂肪细胞 C57BL/6J小鼠BAT特异性Ybx3敲低模型 C57BL/6J小鼠BAT特异性Ybx3过表达模型
BAT特异性Ybx3敲低/过表达通过Fabp4启动子驱动的AAV原位注射实现 冷暴露条件:小鼠单笼、无垫料、6°C或4°C CL-316,243处理:腹腔注射1 mg/kg,30°C持续7天或急性注射 高脂饮食:60% kcal HFD(Research Diets D12492)喂养4周 mRNA稳定性实验:放线菌素D处理浓度10 mg/ml
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定参与棕色脂肪分化和产热的新型RNA结合蛋白
整合多个公共GEO数据集(GSE181123、GSE222424、GSE29897)分析RBPs表达变化,结合BioGPS组织表达谱,筛选出BAT富集的YBX3。
验证YBX3对棕色脂肪细胞分化和产热的影响
在C3H10T1/2前脂肪细胞中敲低或过表达Ybx3,诱导棕色脂肪分化,检测分化标志物、产热基因、线粒体功能。
评估YBX3在体内对BAT产热和代谢的影响
通过原位注射AAV-shYbx3或AAV-Ybx3实现BAT特异性敲低或过表达Ybx3,进行冷暴露、CL-316,243处理、高脂饮食诱导的肥胖模型,检测体温、能量消耗、葡萄糖耐量和胰岛素敏感性。
阐明YBX3调控棕色脂肪产热的分子机制
RNA-seq和GSEA分析、mRNA稳定性实验、BCAA代谢相关基因表达检测、回补实验确定YBX3通过稳定Slc3a2和Pparg mRNA促进BCAA代谢。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | C57BL/6J小鼠 | 北京维通利华实验动物技术有限公司 | -- |
| CL-316,243 | MedChem Express | 138908-40-4 | |
| 高脂饮食 | Research Diets | D12492 | |
| AAV-shYbx3 | 汉恒生物科技有限公司 | -- | |
| AAV-Ybx3 | 汉恒生物科技有限公司 | -- | |
| AAV-shNC | 汉恒生物科技有限公司 | -- | |
| AAV-GFP | 汉恒生物科技有限公司 | -- | |
| 代谢监测 | Promethion代谢笼系统 | Sable Systems International | -- |
| 生化检测 | BCAA检测试剂盒 | Abcam | ab83374 |
| 甘油三酯检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K261-M | |
| 总胆固醇检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K109-S | |
| 高密度脂蛋白检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K221-M | |
| 低密度脂蛋白检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K205-M | |
| 游离脂肪酸检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K792-M | |
| 血清氨基酸测定 | Ultimate 3000高效液相色谱 | -- | -- |
| API 3200 Q-TRAP质谱仪 | -- | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 细胞分化 | IBMX | Sigma | I5879 |
| 地塞米松 | Sigma | D4902 | |
| 胰岛素 | Sigma | 91077C | |
| 三碘甲状腺原氨酸 | MedChem Express | HY-A0070A | |
| 罗格列酮 | MedChem Express | HY-17386 | |
| 细胞处理 | 毛喉素 | MedChem Express | HY-15371 |
| 慢病毒包装 | Hieff Trans脂质体转染试剂 | Yeasen | -- |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | -- | -- |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | MedChem Express | HY-K1057 |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| siRNA转染 | siYbx3 | Ribobio | -- |
| siSlc3a2 | Ribobio | -- | |
| siPparg | Ribobio | -- | |
| 线粒体压力测试 | Seahorse XFe96细胞代谢分析仪 | Agilent | -- |
| 寡霉素A | Glpbio | -- | |
| FCCP | Sigma | -- | |
| 鱼藤酮 | Sigma | -- | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Elabscience | -- |
| ATP测定 | 增强型ATP检测试剂盒 | Beyotime | S0026 |
| RNA提取 | AG RNAex Pro试剂 | Accurate Biotechnology (Hunan) Co., Ltd | -- |
| 抗体 | YBX3抗体 | Proteintech | 27785-1-AP |
| YBX3抗体 | Invitrogen | 40-2800 | |
| UCP1抗体 | Abcam | ab10983 | |
| PGC-1α抗体 | SCBT | sc-517380 | |
| PRDM16抗体 | Abcam | ab106410 | |
| PPARγ抗体 | SCBT | sc-7273 | |
| FABP4抗体 | CST | 2120 | |
| SLC3A2抗体 | Proteintech | 15193-1-AP | |
| SLC7A5抗体 | Proteintech | 28670-1-AP | |
| p-CREB抗体 | CST | 9198 | |
| CREB抗体 | Proteintech | 12208-1-AP | |
| p-PKA底物抗体 | CST | 9621 | |
| ATGL抗体 | CST | 2138 | |
| p-HSL抗体 | CST | 4126 | |
| HSL抗体 | CST | 4107 | |
| p-P38抗体 | CST | 4511 | |
| P38抗体 | CST | 8690 | |
| p-ERK抗体 | CST | 4370 | |
| ERK抗体 | CST | 4695 | |
| Tubulin抗体 | Proteintech | 11224-1-AP |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系、性别、年龄、饲养条件 阅读提示:Methods 2.1 Animals |
| BAT特异性敲低/过表达 | AAV血清型、启动子、注射剂量和方式 阅读提示:Methods 2.2 Intra-BAT injection of adeno-associated virus |
| 冷暴露实验 | 温度、持续时间、是否单笼、有无垫料 阅读提示:Methods 2.1 Animals |
| CL-316,243处理 | 剂量、给药方式、环境温度、持续时间 阅读提示:Methods 2.1 Animals |
| 高脂饮食诱导肥胖 | 饮食成分(60% kcal)、喂养时间 阅读提示:Methods 2.1 Animals |
| 体外棕色脂肪分化 | 细胞系、分化诱导因子及浓度、处理时间 阅读提示:Methods 2.8 Cell culture, adipogenic differentiation, and treatment |
| 线粒体压力测试 | 细胞密度、测试培养基成分、药物注射浓度 阅读提示:Methods 2.11 Mitochondrial stress test and intracellular ATP measurement |
| mRNA稳定性实验 | 放线菌素D浓度、处理时间点 阅读提示:Methods 2.14 mRNA stability assay |