验证APE2在顺铂处理的毛细胞中的表达和定位
确定APE2在顺铂诱导的耳毒性中的表达变化和亚细胞定位
对患者耳蜗组织进行IHC分析;对HEI-OC1细胞进行顺铂处理,免疫印迹检测APE1/APE2/ MYH9表达,免疫荧光观察APE2与线粒体共定位。
Cisplatin-Induced APE2 Overexpression Disrupts MYH9 Function and Causes Hearing Loss.
包含体外细胞实验(HEI-OC1)、体内转基因小鼠模型(Prestin-CreERT2; hAPE2LSL)、患者组织样本、蛋白质组学(LC/MS)和多种功能验证(听力测试、凋亡分析、线粒体功能检测)。
HEI-OC1小鼠耳蜗毛细胞系 Prestin-CreERT2; hAPE2LSL条件性转基因小鼠模型(外毛细胞特异性APE2过表达) 患者耳蜗组织样本(顺铂相关听力损失患者和正常供体)
APE2过表达是否足以导致听力损失(通过ABR和DPOAE测试评估) APE2敲低是否保护细胞免受顺铂诱导的凋亡(通过流式细胞术Annexin V/PI检测) APE2与MYH9的直接结合及其关键结构域(E853-A922) APE2敲低对线粒体功能的影响(Seahorse XF分析) APE2敲低对p53线粒体转位和凋亡信号的影响(免疫荧光和免疫印迹)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定APE2在顺铂诱导的耳毒性中的表达变化和亚细胞定位
对患者耳蜗组织进行IHC分析;对HEI-OC1细胞进行顺铂处理,免疫印迹检测APE1/APE2/ MYH9表达,免疫荧光观察APE2与线粒体共定位。
评估APE2过表达是否足以导致听力损失
将hAPE2LSL/−小鼠与Prestin-CreERT2+/−小鼠杂交,通过他莫昔芬诱导Cre重组,使APE2在外毛细胞中过表达。
检测APE2过表达对听力和毛细胞结构的影响
进行ABR和DPOAE测试评估听力,免疫荧光染色观察毛细胞,扫描电镜和透射电镜观察静纤毛和线粒体形态。
确定APE2的相互作用蛋白及关键结合域
在HEI-OC1细胞中过表达FLAG-APE2,进行免疫沉淀和质谱分析;构建MYH9截短片段和缺失突变体,通过共免疫沉淀和免疫荧光验证结合。
评估APE2敲低对顺铂诱导的细胞凋亡和线粒体功能的影响
使用ASO gapmers敲低APE2,进行凋亡检测(流式),线粒体呼吸功能检测(Seahorse),Western blot分析凋亡相关蛋白,免疫荧光观察p53线粒体转位。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | #11965092 |
| 胎牛血清 | Gibco | #10437028 | |
| 药物处理 | 顺铂 | Cayman Chemical Company | #13119 |
| 凋亡检测 | Annexin V结合缓冲液 | -- | -- |
| APE2敲低 | 脂质体转染试剂 | -- | -- |
| RNA分析 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| TaqMan MicroRNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | -- | |
| SYBR Green PCR预混液 | Applied Biosystems | -- | |
| 实时细胞生长检测 | IncuCyte ZOOM活细胞成像系统 | Essen BioScience | -- |
| 免疫沉淀和质谱 | 胰蛋白酶 | -- | -- |
| 质谱 | LTQ-Orbitrap Elite质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 荧光显微镜 | 徕卡TCS SP8共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| 线粒体功能检测 | 海马XFe24分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| 海马XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Agilent Technologies | -- | |
| XF DMEM培养基 | Agilent Technologies | -- | |
| 免疫组织化学 | DAB显色试剂盒 | Abcam | ab64238 |
| 徕卡DM2000 LED显微镜 | Leica | -- | |
| 徕卡DMC2900相机 | Leica | -- | |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 线粒体分离试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | Millipore | -- | |
| SuperSignal West Femto最大灵敏度底物试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 扫描电子显微镜 | 蔡司Sigma VP扫描电子显微镜 | ZEISS | -- |
| 透射电子显微镜 | EM UC7超薄切片机 | Leica Microsystems | -- |
| Tecnai G2 SpiritBT透射电子显微镜 | FEI | -- | |
| 免疫荧光 | APE2抗体 | GeneTex | GTX13691 |
| MYH9抗体 | GeneTex | GTX113236 | |
| ATP5A抗体 | Abcam | ab176569 | |
| p53抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-6243 | |
| 细胞色素C抗体 | Cell Signaling Technology | 4280 | |
| 山羊抗兔AF488二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-11008 | |
| 山羊抗小鼠AF594二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-11005 | |
| 山羊抗人AF647二抗 | Thermo Fisher Scientific | A55749-50UL | |
| 免疫荧光(转基因小鼠) | Myo7a抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-37182 |
| Alexa 488偶联二抗 | Abcam | -- | |
| 免疫印迹 | APE2多克隆抗体 | Bioss | bs-6587R |
| APE1多克隆抗体 | Novus Biologicals | NB100-116SS | |
| α-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 2144 | |
| CHK1抗体 | Cell Signaling Technology | 37010 | |
| 磷酸化CHK1-S317抗体 | Cell Signaling Technology | 2344 | |
| Bax抗体 | Cell Signaling Technology | 2772 | |
| 磷酸化p53-S15抗体 | Cell Signaling Technology | 9284 | |
| GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 5014 | |
| ATR抗体 | Cell Signaling Technology | 2790 | |
| 磷酸化ATR-T1989抗体 | GeneTex | GTX128145 | |
| ATM抗体 | Cell Signaling Technology | 2873 | |
| 磷酸化ATM-S1981抗体 | Cell Signaling Technology | 5883 | |
| PCNA抗体 | Cell Signaling Technology | 2586 | |
| caspase 9抗体 | Cell Signaling Technology | 9502 | |
| HRP偶联抗兔IgG二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| HRP偶联抗小鼠IgG二抗 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| 免疫组织化学 | APE2多克隆抗体 | Bioss | bs-6587R |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与药物处理 | HEI-OC1细胞培养条件(33°C,10% CO2,DMEM含10% FBS);顺铂浓度范围250-10,000 ng/mL;处理时间点(3,6,9,12,24小时等) 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture |
| 动物模型 | 小鼠品系Prestin-CreERT2+/−; hAPE2LSL/−;他莫昔芬注射年龄(3周龄);分析时间点(7天后) 阅读提示:Materials and Methods: APE2 transgenic mice; Results: APE2 transgenic mice |
| 听力功能测试 | ABR测试参数(频率、声压级范围、步长);DPOAE测试参数(频率范围,刺激强度f1=65 dB, f2=55 dB) 阅读提示:Materials and Methods: Auditory brainstem response test; Distortion product otoacoustic emission test |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V/PI染色步骤;流式细胞仪型号(BD LSR II);数据分析软件(FlowJo) 阅读提示:Materials and Methods: Apoptosis assays |
| 线粒体功能检测 | Seahorse XFe24分析仪;XF Cell Mito Stress Test试剂盒;细胞种植密度(5×10^4);药物浓度(oligomycin 1 μM, FCCP 2 μM, rotenone/antimycin A 0.5 μM) 阅读提示:Materials and Methods: Oxygen consumption assay |