构建肾上腺单细胞转录图谱
鉴定中国树鼩肾上腺的细胞类型和组成
使用单细胞RNA测序技术对8只不同性别和成熟度的树鼩肾上腺进行测序,并鉴定出13种主要细胞类型。
Human-like adrenal features in Chinese tree shrews revealed by multi-omics analysis of adrenal cell populations and steroid synthesis.
该研究包含单细胞RNA测序、空间转录组、质谱、免疫组化、原代细胞培养和多种动物模型比较等多个独立证据层级,并进行了功能验证和机制验证。
中国树鼩肾上腺组织 树鼩原代肾上腺细胞培养 人类肾上腺单细胞数据 猕猴和鼠肾上腺数据
树鼩年龄和性别(3个月和18个月,雌性和雄性) 用于单细胞RNA测序的8只树鼩 细胞消化条件(Liberase TL和DNase I浓度) 类固醇激素检测方法(液相色谱-串联质谱)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定中国树鼩肾上腺的细胞类型和组成
使用单细胞RNA测序技术对8只不同性别和成熟度的树鼩肾上腺进行测序,并鉴定出13种主要细胞类型。
确定关键细胞类型和基因在肾上腺组织中的空间分布
使用空间转录组技术分析肾上腺切片,并将单细胞数据映射到空间位置。
验证类固醇合成关键酶在蛋白水平的表达
通过免疫组化检测STAR、CYP11B1、CYP11B2、CYB5A、CYP21A2、SULT2A1等蛋白的表达。
确证树鼩肾上腺产生哪些类固醇激素
使用液相色谱-串联质谱检测肾上腺组织和培养上清中的类固醇激素水平。
验证胆固醇刺激是否促进DHEA的产生
原代培养肾上腺细胞,并用胆固醇处理24小时,然后测定DHEA水平。
比较树鼩肾上素细胞类型和基因表达与人类、猕猴和鼠的相似性
整合人、猕猴、小鼠的公开单细胞RNA测序数据,进行相关性分析和差异表达分析。
探索树鼩肾上腺转录组与人类肾上腺疾病遗传风险的相关性
将树鼩肾上腺细胞类型的表达谱与GWAS中疾病相关基因进行相关分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞RNA测序 | RPMI 1640培养基 | Gibco | C11875500BT |
| 胎牛血清 | HyClone | SH30070.03 | |
| 杜氏磷酸盐缓冲液 | Wisent | 311-425-CL | |
| Liberase TL酶 | Roche | 5401020001 | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Roche | 10104159001 | |
| 细胞筛网 | Falcon | 352350 | |
| 红细胞裂解缓冲液 | BioLegend | 420301 | |
| Chromium控制器 | 10x Genomics | -- | |
| T100热循环仪 | Bio-Rad | -- | |
| 测序 | NovaSeq 6000 | Illumina | -- |
| 空间转录组学 | OCT包埋剂 | Sakura | 4583 |
| 低温恒温切片机 | Leica | CM3050S | |
| 原代细胞培养 | 6孔板 | Corning | 3516 |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140-122 | |
| L-谷氨酰胺 | Gibco | 25030081 | |
| 胆固醇 | Sigma | C3045 | |
| 质谱分析 | UPLC-ExionLC AD系统 | -- | -- |
| QTRAP 6500+系统 | -- | -- | |
| 组织学 | NanoZoomer S60数字切片扫描仪 | Hamamatsu | C13210-01 |
| 电镜 | Gluta固定缓冲液 | Solarbio | P1126 |
| EMbed 812 | SPI | 90529-77-4 | |
| HT7700透射电子显微镜 | Hitachi | -- | |
| 免疫组化 | EDTA | Solarbio | C1034 |
| 兔抗人STAR抗体 | Novus | NBP1-33485 | |
| 兔抗人CYP11B1抗体 | Bioss | bs-3898R | |
| 兔抗人CYP11B2抗体 | Bioss | bs-10161R | |
| 兔抗人SULT2A1抗体 | Invitrogen | PA5-83561 | |
| 兔抗人CYP21A2抗体 | Abcam | ab230327 | |
| 兔抗人CYB5抗体 | Abcam | ab69801 | |
| 兔抗人CHGA抗体 | Abcam | ab283265 | |
| 兔抗人MPZ抗体 | Bioss | bs-0337R | |
| 生物素标记的山羊抗兔/小鼠二抗 | ZSGB-BIO | SAP-9100 | |
| 碱性磷酸酶标记的链霉亲和素 | ZSGB-BIO | SAP-9100 | |
| DAB溶液 | ZSGB-BIO | ZLI9018 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞RNA测序 | 动物年龄(3个月和18个月)和性别(雌雄各2只),消化液浓度(Liberase TL 0.1 mg/mL,DNase I 1 mg/mL),目标细胞数(10000) 阅读提示:Materials and Methods, Single-cell RNA sequencing of tree shrew adrenal glands |
| 原代细胞培养 | 胆固醇浓度(0.1 mmol/L),刺激时间(24小时),培养时间(4-6小时) 阅读提示:Materials and Methods, Primary adrenal cell culture |
| 激素检测 | 样品处理(甲醇提取,离心) 阅读提示:Materials and Methods, Liquid chromatography-tandem mass spectrometry |
| 免疫组化 | 抗体稀释度和抗原修复条件(EDTA pH 8.5,煮沸5-10分钟) 阅读提示:Materials and Methods, Expression of key steroid enzymes |