基因表达与表型分析
评估KCNB1缺失对下丘脑转录组和基础代谢表型的影响。
对WT和NULL小鼠的下丘脑进行转录组测序,并检测体重、摄食量、循环瘦素、脂肪量、血糖和胰岛素等代谢参数。
KCNB1-Leptin receptor complexes couple electric and endocrine function in the melanocortin neurons of the hypothalamus.
包含转录组分析、行为学实验、生化检测、免疫荧光、原位杂交、免疫共沉淀及原代神经元培养等多个独立证据层级,并包含功能验证(如瘦素敏感性)和机制验证(如STAT3、PI3K/Akt通路)。
C57BL/6J野生型小鼠 Kcnb1NULL小鼠(C57BL/6J-Kcnb1em2Sesf/J) 原代下丘脑LepR+神经元
小鼠基因型:WT (C57BL6/J) vs NULL (C57BL/6J-Kcnb1em2Sesf/J) 瘦素注射剂量:1.0 mg/kg体重(急性)、3.0 mg/kg体重(慢性),腹腔注射 发育阶段:E13-14胚胎及1、3、5、6月龄小鼠 样本量:行为学实验中每组N=7-9只小鼠 检测时间点:注射后90分钟进行分子检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估KCNB1缺失对下丘脑转录组和基础代谢表型的影响。
对WT和NULL小鼠的下丘脑进行转录组测序,并检测体重、摄食量、循环瘦素、脂肪量、血糖和胰岛素等代谢参数。
验证NULL小鼠对瘦素厌食作用的敏感性。
使用慢性瘦素注射(3 mg/kg,4天)和急性禁食-再喂养结合瘦素注射(1.0 mg/kg)的协议,测量食物摄入和体重变化。
确定KCNB1缺失对POMC水平及其对瘦素反应的影响。
通过免疫荧光和Western blot检测WT和NULL小鼠在基线及瘦素刺激下下丘脑POMC蛋白水平。
阐明KCNB1缺失如何影响LepR下游信号通路。
通过Western blot和ELISA检测STAT3、Akt、FOXO1、ERK的磷酸化水平,以及LepR和αMSH的表达。
证实KCNB1和LepR在POMC神经元中共表达并形成复合物。
使用RNAscope原位杂交和免疫荧光检测KCNB1、LepR和POMC的mRNA及蛋白共定位,并通过免疫共沉淀验证蛋白相互作用。
评估KCNB1缺失对弓状核神经元基础活性和瘦素反应的影响。
通过RNAscope和Western blot检测c-Fos mRNA和蛋白水平,在基线及瘦素刺激下比较WT和NULL。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| Western blot | POMC (D3R1U) 兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 23499 |
| Western blot / Immunofluorescence | c-Fos (9F6) 兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 2250 |
| Western blot | Stat3 (124H6) 小鼠单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 9139 |
| 磷酸化Stat3 (Tyr705) (M9C6) 小鼠单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 4113 | |
| FoxO1 (C29H4) 兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 2880 | |
| 磷酸化FoxO1 (Ser256) (E1F7T) 兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 84192 | |
| p44/42 MAP激酶(磷酸化Erk1/2)抗体 | Cell Signaling Technology | 9101 | |
| p44/42 MAPK (Erk1/2) (137F5) 兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| Co-IP / Western blot | 整合素β5 (D24A5) 兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 3629 |
| 整合素β1抗体 | Cell Signaling Technology | 4706 | |
| Immunofluorescence | α-促黑素细胞激素多克隆兔抗体 | Bioss Antibodies | bs-1848R |
| AgRP多克隆抗体 | ThermoFisher | PA5-118934 | |
| Immunofluorescence / Co-IP | 瘦素受体多克隆抗体 | ThermoFisher | PA1-053 |
| Immunofluorescence | 瘦素受体重组兔单克隆抗体 | ThermoFisher | MA5-32685 |
| Co-IP control | GFP单克隆抗体(GF28R)生物素 | ThermoFisher | MA5-15256-BTIN |
| ELISA? | 小鼠瘦素R生物素化抗体 | R&D systems | BAF497 |
| Co-IP control | IgG (3E8) 小鼠单克隆抗体 | Santa Cruz Biotechnology | Sc-69786 |
| Immunofluorescence | c-Fos抗体 (E-8) | Santa Cruz Biotechnology | sc-166940 |
| Co-IP / Immunofluorescence | 抗Kv2.1/KCNB1抗体 [K89/34] | ABCAM | ab192761 |
| Immunofluorescence | 抗MAP2抗体 | ABCAM | ab5392 |
| Western blot loading control | 抗肌动蛋白抗体,克隆C4 | Millipore | MAB1501 |
| Immunofluorescence | 链霉亲和素,Alexa Fluor™ 594偶联物 | ThermoFisher | S11227 |
| 驴抗小鼠IgG (H+L)高度交叉吸附二抗,Alexa Fluor™ Plus 488 | ThermoFisher | A32766 | |
| 驴抗兔IgG (H+L)高度交叉吸附二抗,Alexa Fluor™ Plus 488 | ThermoFisher | A32790 | |
| 山羊抗兔IgG (H+L)高度交叉吸附二抗,Alexa Fluor™ 594 | ThermoFisher | A11037 | |
| 山羊抗鸡IgY (H+L)交叉吸附二抗,Alexa Fluor™ Plus 64 | ThermoFisher | A32933 | |
| Western blot | 兔抗小鼠IgG (H+L)二抗,HRP | ThermoFisher | 61-6520 |
| 山羊抗兔IgG (H+L)二抗,HRP | ThermoFisher | 31460 | |
| Western blot / ELISA | 链霉亲和素辣根过氧化物酶(HRP)偶联物 | ThermoFisher | 434323 |
| 药物处理 | 重组瘦素(小鼠) | Phoenix Pharmaceuticals, INC. | 003-13 |
| 重组小鼠瘦素 | Leinco Technologies, INC | L.117 | |
| 细胞培养基 | D-(+)-葡萄糖 | Sigma Aldrich | G8270 |
| Western blot blocking | 牛血清白蛋白 | Sigma Aldrich | A9418-5G |
| 免疫荧光封闭 | 正常驴血清,无菌 | Sigma Aldrich | 566460 |
| 免疫沉淀 | 蛋白G-琼脂糖 | Millipore | 11719416001 |
| 链霉亲和素琼脂糖树脂 | ThermoFisher | 20349 | |
| 蛋白定量 | Pierce™ BCA蛋白定量试剂盒 | ThermoFisher | 23225 |
| RT-qPCR | TaqMan基因表达检测-瘦素 | ThermoFisher | 4331182 |
| TaqMan基因表达检测-GAPDH | ThermoFisher | 4331182 | |
| TaqMan™ Fast Virus 1-Step预混液用于qPCR | ThermoFisher | 4444434 | |
| 组织裂解 | 蛋白酶抑制剂混合物Set I | Calbiochem | 539131 |
| RNAscope | RNAscope®多重荧光试剂盒入门套件 | ACD, (Biotechne) | 323280 |
| 小鼠瘦素受体(Ob-r) mRNA完整编码序列 | ACD, (Biotechne) | 402731-C2 | |
| RNAscope®探针 - Mm-Kcnb1-C3 | ACD, (Biotechne) | 316941-C3 | |
| RNAscope®探针 - Mm-Fos-C2 | ACD, (Biotechne) | 316921-C2 | |
| RNAscope®探针 - Mm-Pomc | ACD, (Biotechne) | 314081 | |
| ELISA | 瘦素小鼠ELISA试剂盒 | ThermoFisher | KMC2281 |
| 胰岛素小鼠ELISA试剂盒 | ThermoFisher | EMINS | |
| AKT(总)人ELISA试剂盒 | ThermoFisher | KHO0101 | |
| AKT(磷酸化)[pS473]人ELISA试剂盒 | ThermoFisher | KHO0111 | |
| 小鼠α-黑素细胞刺激素(夹心ELISA)ELISA试剂盒 | LifeSpan BioSCiences, Inc. | LS-F55869 | |
| 神经元分离 | 神经元组织解离试剂盒-出生后神经元 | Miltenyi Biotec | 130-094-802 |
| 抗生物素微珠 | Miltenyi Biotec | 130-090-485 | |
| MiniMACS™分离器和启动套件 | Miltenyi Biotec | 130-090-312 | |
| 神经元培养 | HBSS 1X Hanks平衡盐溶液 | Gibco | 14025-092 |
| 动物模型 | 小鼠:C57BL6/J背景 | The Jackson Laboratory | 000664 |
| 小鼠:NULL小鼠 | Genome Editing Share Resource Core Facility at Rutgers | C57BL/6J-Kcnb1em2Sesf/J | |
| 显微镜 | 蔡司Axiophot | -- | -- |
| 奥林巴斯FV1000MPE | -- | -- | |
| 尼康Eclipse Ti2系列 | -- | -- | |
| 徕卡TCS SP8 tauSTED 3X | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型 | 基因型:WT (C57BL6/J) 和 NULL (C57BL/6J-Kcnb1em2Sesf/J);年龄和性别:E13-14胚胎及1、3、5、6月龄,雌雄兼有 阅读提示:见Methods 'Mice'部分 |
| 瘦素处理 | 给药剂量和方式:急性1.0 mg/kg,慢性3.0 mg/kg,腹腔注射;溶解和稀释方法 阅读提示:见Methods 'Leptin Injection'、'Chronic control/leptin fasting protocol'和'Acute control/leptin fasting protocol'部分 |
| POMC检测 | 注射后90分钟收取组织;抗体验证;蛋白定量方法(Bradford/BCA) 阅读提示:见Methods 'Western blotting'和Figure 5 legend |
| 信号通路检测 | 磷酸化蛋白检测位点(STAT3 Y705, FOXO1 S256, Akt S473, ERK1/2 T202/T204);抗体货号 阅读提示:见Methods 'Western blotting'、'ELISA'和Figure 6 legend |
| RNAscope | 探针种类和货号;组织固定和切片厚度;信号量化方法 阅读提示:见Methods 'RNAscope in situ hybridization'和Figure 7 legend |
| 免疫共沉淀 | 抗体:抗LepR和抗KCNB1;裂解液缓冲液;洗涤条件 阅读提示:见Methods 'Immunoprecipitations'和Figure 9 legend |