临床样本中m6A水平及METTL3表达分析
评估子宫内膜异位症中m6A修饰水平及METTL3表达变化
收集异位、在位和正常子宫内膜组织,通过ELISA和dot blot检测m6A水平,RT-qPCR和Western blot检测METTL3等调节因子表达。
METTL3-mediated m6A modification of SIRT1 mRNA inhibits progression of endometriosis by cellular senescence enhancing.
包含体外细胞功能实验、体内小鼠模型(CKO和裸鼠异种移植)以及多组学分析(RNA-seq和m6A芯片),并进行了机制验证。
原代子宫内膜基质细胞(ESCs、EuSCs、NESCs) PgrCre/ + METTL3 −/− 小鼠子宫内膜异位症模型 BALB/c裸鼠异种移植模型 患者子宫内膜组织样本(EC、EU、NC)
METTL3在异位内膜及ESCs中表达降低 METTL3敲低和过表达对ESCs活力、增殖、迁移、侵袭及衰老的影响 METTL3调控SIRT1 mRNA的m6A修饰及其与YTHDF2的结合 体内模型中METTL3缺失对子宫内膜异位症病变大小和SIRT1表达的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估子宫内膜异位症中m6A修饰水平及METTL3表达变化
收集异位、在位和正常子宫内膜组织,通过ELISA和dot blot检测m6A水平,RT-qPCR和Western blot检测METTL3等调节因子表达。
验证METTL3对ESCs增殖、迁移、侵袭和衰老的影响
在ESCs中敲低或过表达METTL3,通过CCK-8、EdU、伤口愈合、Transwell和SA-β-Gal染色检测细胞行为。
鉴定METTL3介导m6A修饰的下游靶基因
对oe-METTL3和oe-NC ESCs进行RNA-seq和m6A表观转录组微阵列分析,通过Venn图筛选差异表达和差异甲基化基因。
验证METTL3通过m6A修饰调控SIRT1表达
通过RT-qPCR、RIP、MeRIP和mRNA稳定性实验检测METTL3对SIRT1 mRNA的结合、m6A修饰和稳定性影响。
验证METTL3敲除对子宫内膜异位症进展的影响
使用PgrCre/ + METTL3 −/−小鼠构建子宫内膜异位症模型,以及裸鼠异种移植模型,观察病变大小和SIRT1表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取与定量 | TRIzol试剂 | Ambion | -- |
| m6A RNA甲基化定量试剂盒(比色法) | Epigentek | P-9005 | |
| m6A dot blot | m6A特异性抗体 | Synaptic Systems | 202003 |
| 山羊抗兔IgG HRP抗体 | Bioss | bs-40295G-HRP | |
| ECL检测试剂 | Meilunbio | MA0186 | |
| RT-qPCR | PrimeScript™ RT试剂盒(含gDNA Eraser) | Takara | RR047A |
| TB Green® Premix Ex Taq™ | Takara | RR820A | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Solarbio | R0010 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Meilunbio | MA0082 | |
| SDS-PAGE | Beyotime | P0015L | |
| PVDF膜 | Roche | -- | |
| 抗METTL3抗体 | Abcam | ab195352 | |
| 抗YTHDF2抗体 | Proteintech | 24744-1-AP | |
| 抗p53抗体 | Proteintech | 10442-1-AP | |
| 抗p21抗体 | Proteintech | 10355-1-AP | |
| 抗Lamin b1抗体 | Proteintech | 12987-1-AP | |
| 抗FOXO3a抗体 | Proteintech | 28755-1-AP | |
| 抗SIRT1抗体 | Proteintech | 13161-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 细胞培养 | IV型胶原酶 | Biosharp | BS165 |
| DMEM/F12培养基 | Meilunbio | MA0214 | |
| 胎牛血清 | BI | -- | |
| 细胞转染 | si-METTL3 | Hanbio | -- |
| si-SIRT1 | Hanbio | -- | |
| si-YTHDF1 | Hanbio | -- | |
| si-YTHDF2 | Hanbio | -- | |
| si-YTHDF3 | Hanbio | -- | |
| si-NC | Hanbio | -- | |
| oe-METTL3 | Hanbio | -- | |
| oe-YTHDF2 | Hanbio | -- | |
| oe-NC | Hanbio | -- | |
| RNA Fit转染试剂 | Hanbio | -- | |
| LipoFiterTM3.0脂质体转染试剂 | Hanbio | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂 | Meilunbio | MA0218-2 |
| 细胞增殖检测 | EdU试剂 | Meilunbio | MA0425 |
| 细胞侵袭检测 | Matrigel基质胶 | BD Biosciences | -- |
| 结晶紫 | Solarbio | G1062 | |
| 衰老染色 | 衰老β-半乳糖苷酶染色试剂盒 | Beyotime | C0602 |
| RIP-qPCR | RNA免疫沉淀试剂盒 | Geneseed | P0102 |
| MeRIP-qPCR | riboMeRIP m6A转录组分析试剂盒 | Ribobio | C11051-1 |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488 | Abcam | ab150077 |
| Cy3 | Abcam | ab6939 | |
| 动物模型 | PRcre小鼠 | Cyagen | C001035 |
| METTL3fl/fl小鼠 | Cyagen | TOS171205 | |
| 17-雌二醇 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 样本类型(异位、在位、正常)、样本量(各30例)、月经周期阶段(增殖期)、患者是否接受激素治疗 阅读提示:Materials and methods - Patients and samples |
| 原代细胞分离与培养 | 胶原酶浓度(1 mg/ml)、消化时间(2小时)、培养基(DMEM/F12+10% FBS)、培养条件(37°C, 5% CO2) 阅读提示:Materials and methods - Isolation and culture of primary endometrial stromal cells |
| 基因敲低/过表达 | siRNA和过表达质粒序列、转染试剂(RNA Fit、LipoFiterTM3.0)、转染条件 阅读提示:Materials and methods - Cell transfection for gene silence and overexpress |
| 体外功能实验 | 细胞接种密度(CCK-8:3×10^4/孔;EdU:2×10^5/孔;迁移:1×10^6/孔)、处理时间(24小时)、基质胶浓度 阅读提示:Materials and methods - Cell viability assay, Cell proliferation assay, Cell migration assay, Cell invasion assay |
| mRNA稳定性实验 | 放线菌素D浓度(5 μg/ml)、处理时间(0, 3, 6小时) 阅读提示:Materials and methods - mRNA stability assessment |
| 体内动物模型 | 小鼠品系、基因型、雌激素剂量和给药频率、移植方法、观察时间点(第3/5/7天)、AAV注射剂量和频率 阅读提示:Materials and methods - Endometriosis CKO-mouse donor-receiptor grafting model, Nude mice xenografts model |